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问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...rr: uclust v1.2.22q (C) Copyright 2009-10 Robert C. Edgar Licensed ONLY for use in PyNAST and QIIME. 00:00  37Mb    0.0% Reading lib, 0 seeds 00:01  74Mb    0.6% Reading lib, 788 seeds 00:02 306Mb    4.2% Reading lib, 6577 seeds 00:03 519Mb    7.5% Reading lib, 11845 seeds 00:04 74...

文章 RDA CCA 分析

... (1)R包vegan初步运行RDA RDA包含标准全因子RDA： tb-RDA(Transformation-basedredundancy analysis，基于转化的冗余分析) 偏RDA(Partial canonical ordination，偏冗余分析) db-RDA(Distance-basedredundancy analysis，基于距离的冗余分析)(CAP) 非线性RDA等多种模...

文章 微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！

... 688.[4] Chao, A., and Yang, M.C.K. (1993). Stopping rules and estimation for recapture debugging with unequal failure rates. Biometrika 80, 193-201.[5] Chao, A. (1984). Nonparametric Estimation of the Number of Classes in a Population. Scandinavian Journal of Statistics 11, 265-270. 更多生...

文章 蛋白3D结构预测 3D Protein Structure Prediction

...库的学习总结出的可以区分正误结构的平均势函数（ Mean Force Field ），做为判别标准来选择出最佳的匹配方式。这种方法的局限性在于它假设蛋白质折叠类型是有限的，所以只有未知蛋白质和已知蛋白质结构相像的时候，才有可...

文章 基因编辑RAW264.7细胞系—助力炎症以及破骨细胞生成相关研究-源井生物

... C, Lu Z, Luo Y, et al. Targeting of NLRP3 inflammasome with gene editing for the amelioration of inflammatory diseases.[J]. Nature Communications, 2018, 9(1). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6484317/ 作者 | Dr. ASAD UZZAMAN 注明 | 文章是源井生物原创，转载请...

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

... ./configuremakemake install 　　#注意出现make[] Nothing to be done for '***' 　　　　　　　make[] leaving directory '***' 　　不是make错误！make时最好用root权限，即在make前加sudo   （3）安装Orthmcl： 下载链接：http://orthomcl.org/common/downloads/softw...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...K, Li L. A novel prognostic model based on single-cell RNA sequencing data for hepatocellular carcinoma. Cancer Cell Int. 2022 Jan 25;22(1):38. doi: 10.1186/s12935-022-02469-2. PMID: 35078458; PMCID: PMC8787928.

文章 基因组组装GC 含量与深度图：

...argument( "--pt.size ", type="double", default=0.7,help="Adjust point size for plotting [default  %(default)s]",metavar="pt.size")parser$add_argument( "-H", "--height", type="double", default=5,help="the height of pic   inches  [default  %(default)s]",metavar="height")parser$add_argument("-W", ...

文章 vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

...://www.pilotedit.com/）。 官方说明：http://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/ 下面是一个典型VCF文件的部分示例（可左右拖动）： ##fileformat=VCFv4.0##fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=1000GenomesPilot-NCBI36##phasing=partial##...

问题 R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

...32165 > # 绘制富集的pathway,针对结果中的所有pathway > for (pathway_id in kegg$ID){ + map = pathview(gene.data  = map_ids, + pathway.id = pathway_id, + species    = "hsa", kegg.native = TRUE) + } Error in pathview(gene.data = map_ids, pathway.id = pathway_id, species = "h...

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...adata [required]  --log2                whether do log2 transfrom for expression data                        [optional, default: False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix          ...

文章 医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑 | 源井生物

...perimental Cell Research, 2019 (377) 24–35. Reversible RNA acylation for control of CRISPR-Cas9 gene editing. Chem. Sci., 文章是源井生物原创，转载请注明！

文章 2018年最新SCI影响因子及中科院分区统计

...9952区生物生化与分子生物学SCIE较易约3.3个月http://pubs.acs.org/journal/acbcct 2ACTA AGRICULTURAE SCANDINAVICA SECTION B-SOIL AND PLANT SCIENCEACTA AGR SCAND B-S P0.8940.6514区农林科学农艺学SCI0.66约2.2个月http://www.tandf.co.uk/journals/sagb 3ACTA ASTRONAUTICAA...

文章 Docker Volume - 目录挂载以及文件共享

...alid volume specification: '/hostTest:conainterTest': invalid mount config for type "bind": invalid mount path: 'conainterTest' mount path must be absolute.See 'docker run --help'.直接报错，提示 conainterTest 不是一个绝对路径，所谓的绝对路径，必须以下斜线“/”开头...