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问题 GATK分析的第二种方法是是有问题,怎么运行报错,结果也和第一种一样,是特别明白alt列

问题 老师您好,我用plantcare分析顺式作用元件时,只要一上传文件就报错,上传文本(一条序列)的话能正常出结果,知道这是什么情况

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文章 IF=4.3 | 秋茄树SOS1基因家族分析

... and expression analyses under salt and copper stress”的SOS1基因家族分析文章。” SOS(salt overly sensitive)是协调耐盐相关的信号通路,SOS信号通路由三个主要蛋白组成,SOS1/SOS2/SOS3。其中SOS1是钠/氢反转运蛋白,当植物受到盐胁迫时,由SOS...

问题 分歧时间算出来结果

程序运行中无报错,但是输出的figtree里面分化时间是NAN。如下:UTREE 1 = (((Spermwhale: -nan, (Cow: -nan, Sheep: -nan)。我用seq模式和近似自然法都是同样的情况,我的序列是cds序列,我输入的树文件是:(((A,(C,S)'U(0.15)')'B(0.47,0.58)',((((B,LA),B...

文章 biolinux导入虚拟机后启动报错,报错信息返回代码:E_FALL(0x80004005)

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 转录组+?分析+?实验=2区文章

...)上的转录组测序文章。 该文章总的来说是转录组测序分析+荧光定量PCR验证+少量的实验,思路清晰,设计简单,值得借鉴! 本文以银杏为实验材料,在取样之前,作者通过显微镜观察,来确认银杏胚珠花粉室形成过程中的各...

问题 QTL-seq数据分析实操课程中命令中用到的qtlplot,如果使用docker,怎么下,从哪里获得

下面命令中用到的qtlplot怎么下,从哪里下安装到服务器上,使用docker的情况下 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

文章 科学分析:国自然的评委都是哪些人?

...委员、副主任委员和主任委员; 最后,学霸姐姐想说: 分析这么多有啥用!!还如好好写写本子! 申请获得资助主要是看工作基础和申请书质量,分析函评专家是谁的目的,主要是提醒大家努力工作哈, 大家向相关领域...

文章 Biopython之序列输入

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑 | 源井生物

...白中的功能区域,包括Walker A基序,(B)每个G674突变体版本中Walker A基序中的局部DNA和氨基酸序列,(C)用于实验的向导RNA和ssODN的结构。(D)Sanger方法确认每个已建立的HeLa克隆。 这项研究已成功获取了MSH2突变的HeLa克隆...

文章 NCBI 数据下

...网站上。今天主要是介绍如何在大型生物数据库NCBI上下数据。 1. 直接下:数据量小于5G的时候适用 ① 检索:搜索一个sra号,进入RUN的详情页 ② 下到本地:选择download一栏会直接下到本地,想下到本地请看③ ...

文章 Minimap2安装与使用

...@'开始,体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等#主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列列 关键字 描述1 QNAME Query序列ID2 FLAG Bwise FLAG(表示...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

三代转录组,当多个样本进行常规的分析之后需要将多个样品中的转录本合并成一套unigene, 这个可以采用Cupcake 中的“chain_samples.py” 这个脚本来分析。该脚本的运行命令如下: usage: chain_samples.py [-h] [--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION] ...

问题 请教老师,用自己的hmm文件,进行了domain的二次搜索,结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后,再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是,如果要这些部分的结果截取序列,做进化树就会差异太大。如果要部分比对上的,又怕少了家族序列。只有一部对比上的,到底如何取舍呢?这样的情况如何处理,有没有相关的标准?谢谢