文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...与  基因家族分析  课程中学习！ MCscan可以用于查看多个基因组（或单个基因组内）中共线性区段的关系。今天我们介绍python版的MCscan(JCVI 包)，其中包装了很多的绘图功能。这里介绍具体使用方法（以葡萄和桃子两基因组分析...

文章 甲基化水平如何计算

...的计算通常基于测序数据，例如全基因组甲基化测序（WGBS）数据。这种数据提供了每个碱基位点的甲基化状态。甲基化水平一般定义为某个特定位点或区域内甲基化的碱基数占总覆盖碱基数的比例。以下是计算甲基化水平的具...

问题 全转录组到底能不能测到circRNA？

今天问了个测序公司销售，说是全转录组能够测到mRNA，LncRNA，circRNA，确实如此吗？

文章 一分钟让你学会PDCA循环项目管理模式

某家婴儿车公司的CEO接到了一个严重的产品质量问题投诉，句句在理，针针见血。CEO非常重视，紧急召开高阶主管会议，研究对策。讨论几小时后，各部门都有不少改进的提议，执行长也提出很多要求。最后执行长说：「不看广...

问题 比较基因组共线性分析

老师，我做拟南芥和苜蓿之间我的基因的协同性分析，拟南芥中有3个，苜蓿中有七个，协同性分析结果只有一条基因配上了， 水稻里面也是三个，一个都没配上，请问正常吗？

文章 singularity使用基础

singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似，但是相比与docker需要root权限，或者专门添加用户组，singularity在非root时也可使用，且轻量级，修改方便。singularity镜像有两种格式：sif格式可用于部署；sanbox格式是可写...

问题 基因家族鉴定完后，如何做基因表达？

基因家族有80个成员，对材料有两种处理分时间取样，基因表达该采取哪种办法合适？转录组？基因芯片？还是自己荧光定量PCR呢？

问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

进行排序时提示 ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:N...

问题 您好，我在检索完一个2.3G大小的基因组文件后，得到.misa 和.statistics为后缀两个文件，在用调用primer 3.0批量设计引物时，这块看不懂，您能叫我一下吗

问题 扩增子分析结果的差异显著性的p值在哪里找到

在输出结果文件夹里好像没有找到

问题 基因结构注释效果不理想

...录本注释以后，得到的结果evm.out.gff中的基因数量在20000个左右，但是相关文章中已经有30000+的基因注释了，那怎么去提升注释的结果啦。

问题 使用lordec 利用二代数据校正三代数据

有4个时期的二代数据 每个时期三个重复 一共12组数据 利用二代数据对三代数据进行校正，是选取 十二组中的一组还是都要进行校正

问题 基因家族鉴定

老师您好，我所研究的基因家族通过PFAM和HMMER筛选出187个符合条件，但是将其fasta文件提交至SMART在线数据库有多达42个是no match，请问那是把找不到的删除掉吗？还有就是我所选择的基因家族包括两个亚族，两个亚族下面有分为1...

问题 基因家族分析 scaffold 基因可以删除吗

基因家族分析后，90个基因中有一个定位在scaffold上，这个基因可以删除吗？不删除的话后续染色体定位和共线性分析作图不好看

文章 目前已测序植物基因组汇总

有个网站plabipd 收录了目前已经测序的361种植物基因组信息，包括基因组大小，发表年份和对应的文章链接。 如下图所示，最近几年发表的植物基因组越来越多。点击物种名称，即可跳转到物种基因组对应的文献。