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文章 施一公:如何提高英文的科研写作能力

...,John告诉我,“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意 - 我原本就对新闻感兴趣!于是,...

文章 blast+在linux上的用法

blast+在Linux的用法 下面简要介绍一下BLAST+的使用: 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname -title dbtitle -logfile filename 参数说明: -dbtype:数据库类型,prot或nucl -parse_seqids:解析序列标识(建议加上) -out:数据库...

问题 xpclr 软件不能运行

...cle/1334#python 版本的xpclr,结果说明见:  https://github.com/hardingnj/xpclrfor i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do  #不同的染色体分别计算    xpclr --format vcf --input $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \        --samplesA ../wild_popid.txt --samplesB ../cultivate...

问题 我使用的服务器,由于文件很多,在使用FOR循环的时候一直出错,老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗?

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

... Song B, Buckler ES. The Practical Haplotype Graph, a platform for storing and using pangenomes for imputation. Bioinformatics. 2022 Aug 2;38(15):3698-3702. doi: 10.1093/bioinformatics/btac410. PMID: 35748708; PMCID: PMC9344836. [main] INFO net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - Tassel Pipelin...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...们的《TCGA差异表达分析》课程中,我们介绍了采用TCGAbiolinks 去下载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本,只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示: 我查看了一下TCGAbiolinks的文档,发现该软...

文章 awk正则表达式使用外部变量

...量,先在变量外加双引号,再加单引号即可,如: for i in read write print; do cat file.txt | awk '{ if ($7~/'"$i"'/) {print $0} }'| wc -l ; done 在写shell脚本时,经常会使用到awk程序。但是有些复杂的逻辑,可能需要在awk中使用在shell中定义...

文章 GATK ERROR MESSAGE

...样一个问题: 运行命令: /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analysis/donkey1.bam.dedupped.bam ...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...rmula for the treatment of heart failure: Efficacy, bioactive ingredients, and mechanisms》这篇论文中的弦图(下图所示),首先该图总体想要传递的信息为不同基因所对应的KEGG通路,其次细分下来还包含了不同样本的基因表达量水平,高表达为红...

文章 微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级;tax_bar_plot.r

#!/usr/bin/Rscript#############################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2020.07.29#version 1.1  增加样本按照fastmap的分组排序功能#学习R课程:#R 语言入门与基础绘图:# https://study.163...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...enomics Database 对于群体数据来说,多样本同时时行 SNP Calling 的准确度要优于单个样本的 SNP Calling. GATK3 的多样本 SNP Calling 功能是 CombineGVCFs,GATK4 新出了 GenomicsDBImport功能,官网建议它适合1000个样本以上的 SNP Calling,但是它的另...

文章 R及R包的更新、移除、卸载

...更新、卸载和删除 一、更新R version #查看现有R版本install.packages("installr")library("installr")updateR() #安装并加载installr包,并调用里面的函数updateR() 二、更新R包 1.更新所有R包 如果用的是Rstudio,要更新library里所有包,...

问题 建立索引时报错,有很多关于mRNA的错误输出文件为部分为0KB

...2 on chrB6+, this line is on chrB6-, all group members must be on same seq and strand RUN CMD: retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile elepant_grass_genome.fa  unknown_refGene.txt --out unknown_refGeneMrna.fa NOTICE: Reading region file unknown_refGene.txt ... Done with 4143 regions...

文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...CN99 Corp. http://mirrors.cn99.com/centos/ Dalian Neusoft University of Information http://mirrors.neusoft.edu.cn/centos/ HUAWEI CLOUD http://mirrors.huaweicloud.com/centos/ Lanzhou University Open Source Society http://mirror.lzu.edu.cn/centos/ Nanjing University http://mirrors.nju.ed...

文章 GSDS网站docker镜像本地构建

...            0omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0omicsclass/ampliseq-q2         Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image        0omicsclass/bsaseq              NGS Bulk Segregant Analysis image               0omicsclas...