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文章 meme安装报错

                 from xsltutils.c:33:/usr/include/libxml2/libxml/tree.h:1124:3: note: expected ‘xmlBufferPtr’ but argument is of type ‘xmlBufPtr’   xmlBufferWriteQuotedString(xmlBufferPtr buf,   ^xsltutils.c: In function ‘xsltSaveResultToString’:xsltutils.c...

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

...果于近日在线发表在 Nature Medicine 上，论文题目为《Safety and feasibility of CRISPR-edited T cells in patients with refractory non-small-cell lung cancer》，为 CRISPR/Cas9 基因编辑的 T 细胞临床应用基本的安全可行提供了重要证明。 1. 实验简介：这...

问题 单倍型分析报错

...非常丝滑，但是我只要换成自己的数据，就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing number of rows: 168, 0”。我已经检查了自己的文件，包括gff3文件，site文件，表型文件以及分组文件，对比了demo文件，可以...

文章 BiocManager::install("seqinr")时报错

...source* package ‘Rcpp’ ... ** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation ** libs g++ -std=gnu++14 -I"/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/share/work/biosoft/zlib/include -I/share/work/biosoft/bzip2/bzip2-v...

文章 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

... [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e85076: Already existsc1efb2f31722: Already exists06e3b...

文章 p值还是 FDR ?

...设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法，简称BH法。该方法分两步完成，具体如下：  2.1  假设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是p(1),p(2),…,p(m)  2.2  若想控制FDR不能超过q...

问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp在运行perl $scriptdir/vcf_start.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Il...

文章 linux下Circos安装

... tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz 然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录 cd  circos-0.67-pre4/bin 检查所需模块： ./circos -modulesok       1.26 Carpok       0.40 Cloneok       2.63 Config::Generalok       3.40 Cwdok      2.145 Data::Dumperok       2.55 Digest::...

文章 ggplot中用字符窜传递变量名称列名等

...erflow.com/questions/22309285/how-to-use-a-variable-to-specify-column-name-in-ggplot 用get  或者 !! 方法 方法： ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate, colour= get(column), group=get(column) ) ) ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate,...

问题 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

... [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e85076: Already existsc1efb2f31722: Already exists06e3b...

文章 ICGC数据库的数据下载

...GC数据库（https://daco.icgc.org/），即国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium），数据库中收集了50种不同癌症类型或不同亚型的肿瘤数据，其中包括基因表达数据，体细胞突变数据（单核苷酸突变和拷贝数变异），以...

问题 老师，您好，找不到临床数据该如何解决？

.../Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/GDC/TCGA_OV_methylation.txt" > clin_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/Clinical/GDC/TCGA_OV_clinical.txt" > work_dir <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab" > p_cutoff <- 0.05 > top_n_select <- 50 > # 工作目录...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...n approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

问题 cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=gnu++11"

...rce* package ‘later’ ... ** package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation Running configure script -latomic linker flag not needed. ** libs g++ -std=gnu++11 -I"/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/include" -DNDEBUG -pthread -DSTRICT_R_HEADERS...

问题 老师您好，我是刚接触生物网络分析的小白，在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况：

...码： Abu=read.table('family_nor.out',header=T)Abu<-as.matrix(Abu)#Min support filtering for each taxaAbu[Abu<0.01]<-0#Filter taxa by abundance sumAbu<-Abu[which(rowSums(Abu)>10),]#Filter taxa by Occupancytable<-Abutable[table>0]<-1table1<-Abu[which(rowSums(table)>=10...