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问题 老师,如果不在linux运行,在分析外显子时如何获得gff格式的文件,谢谢

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

[pool-1-thread-1] ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: Position      Chr:1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of...

文章 HISAT和STAR比对软件比较

分析流程: 人基因组比对 比对参数 比对用时 比对率 找到的差异基因 参考文献:https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/10178793

文章 组学大讲堂携手网易,所有线上课程折上折

...说起来简单,做起来有点难。各种问题摆在眼前,都是“怎么办?”: 1、看不懂数据怎么办? 2、没有文章思路怎么办? 3、没有时间做实验怎么办? 4、没有实验数据文章怎么办? 5、……………………………………? 6、...

文章 细胞焦亡、铁死亡及铜死亡等基因集

细胞焦亡、铁死亡及铜死亡浅析细胞死亡在维持多细胞生物的稳态和发育中起关键作用,迄今为止,可分为两类:意外性细胞死亡(Accidental cell death,ACD)和程序性细胞死亡(Programmed cell death,PCD)。ACD是由暴露于严重的物理、...

问题 WGCNA-MAD

...吗真是奇怪啊,这个代码。GEO那边演示也没有看到用什么格式的数据格式。。 Gene_expressionMatrix.xls

问题 Tassel做GWAS分析时混合线性模型报错,文件格式如下,内存足够,但是还是报错。

问题 请问进行基因组比对BWA软件如何安装

问题 染色体挂载,bwa比对问题

您好,根据基基因组装与注释课程,我在做自己物种染色体挂载时,使用bwa aln 和bwa sampe 参数,提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用,这种情况怎么解决?

问题 老师,图1是我用图2的代码实现的,现在我想仿照提取细胞亚类的方式,使用图3的代码单独提取TIP这个maker基因,不提取整个cluster3,这个代码可以实现吗,或者是否有其他代码可以使用

文章 BWA比对及Samtools提取mapped reads

...(sequence Alignment mapping)文件,将SAM转换为二进制对应的BAM格式。二进制格式对于计算机程序来说更容易使用。要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令。 bwa mem ref.fas sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz | samtools view -Sb - > sample.bam 三.samtool...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...结果.zip我在ensembl上下载了一个基因组,该基因组是用gtf格式进行注释的,用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系(mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid),分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换(https://www.omicscl...

问题 SSR批量设计引物

...a.statistics(统计微卫星的类型和频数),而是出现一堆txt格式的,contig1,contig1等等和quercus.fasta.statistics,没有quercus.fasta.misa。打开一看这些是SSR位点,我该怎么批量设计呢?为什么我的跟课程上出现的不一样呢?

问题 cytoscape软件中cytohubba计算问题

你好,冒昧打扰你啦。我看到你好像也遇到过cytohubba得到的结果每次都不一样的情况,不知道你后来解决了吗,想来请教你一下

文章 parted磁盘分区 格式化,挂载

磁盘分区与格式化 parted命令可以对大容量磁盘进行格式化: #查看分区: parted -l #1:选择要分区的盘  parted /dev/sdb #2:格式化分区  mklabel gpt #3:分区  mkpart primary 0% 100% #4:退出  q #5:格式化 磁盘 mkfs.xfs /dev/sdb1 #或者mkfs.ext4 /dev/s...