问题 使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

#代码 vcftools --gzvcf xxx.vcf.gz --max-missing 1.0 --recode --stdout | gzip -c > xxx.recode.vcf.gz #报错 Error: Require Genotypes in variant file to filter by frequency and/or call rate

问题 GCVF合并

...ir  -R $REF --batch-size 20 \   --reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

问题 老师，麻烦您再帮忙看看下载镜像v2.0时出现了pulling fs layer，但是查找镜像时又显示有了2.0这个镜像，我下载成功了吗

问题 IBD计算

...py这个脚本， python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open fil...

问题 hmmersearch命令出错

01-2.data_prepare文件夹里有文件，但是在02-2.hummserach里面运行这个 hmmsearch --domtblout Sucrose_synth_hmmerOut.txt --cut_tc Sucrose_synth.hmm ../01-2.data_prepare/Vdarrowii.gene.pep.fasta出不来。

问题 老师您好，我在做不同物种之间共线性分析的时候，在#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件出现如下错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'mcscan_layout'

我在做不同物种之间共线性分析的时候，在#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件出现如下错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'mcscan_layout' 目录下的文件

问题 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G -m MFP+ASC -redo -B 1000 -bnni --prefix iqtree 出现报错

文章 做进化树，到底哪种算法适合我？

...析需要以下几个步骤：⑴ 对所分析的多序列进行排列（To align sequences）⑵ 构建一个进化树（To reconstrut phylogenetic tree）。 构建进化树的算法主要分为两类 独立元素法（discrete character methods）：是指进化树的拓扑形状是由序...

问题 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G \ -m GTR -redo \ -B 1000 -bnni \ --prefix iqtree 命令怎么加入外类群分析

问题 基因家族2.0数据准备，跑完代码后生成新的gff文件会加一列新的id

#设置基因组文件名字变量 genome=Gura_genome.fa gff=Glycyrrhiza_uralensis_Fisch.gene.gff species=Glycyrrhiza_uralensis_Fisch #保留蛋白编码基因 agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_codin...

文章 linux用户密码错误次数过多锁定解锁

1、pam_tally2 --user       查看当前所有用户密码错误次数  2、pam_tally2 -r -u user  解锁user用户

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师，请问用自己的数据，前面处理都没有问题，运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables，运行给的filter部分代码后，总是显示0 variables，请问该怎么解决呢？谢谢

问题 GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

我的GFF文件是这样的： 运行perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的： 请问怎么处理啊，老师？

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

...t clinical information file path[required] --mclust whether to cluster the samples[optional,default:False] -g group, --group group Group the samples into several categories[optional,default:3] -n model_name, --model_name model_name ...

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.