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文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...这时就可以使用下面的代码了。 用法如下: perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件,All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...nome-wide Association Study Identifies Genomic Regions and Candidate Genes for Important Agronomic Traits in Wheat·        基础数据:本研究中,通过对来自于我国黄淮麦区、北方冬麦区、西南麦区和长江中下游麦区等小麦主产区的768份优良小麦品种(...

文章 Bowtie2使用方法与参数详细介绍

... as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 22-i S,0,2.50--fast Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -iS,0,2.50--sensitive Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 22-i S,1,1.15 (default in --end-to-endmode)--very-sensitive Same as: -D 20 -R 3 -N 0-L 20 -i S,1,0.50–loca模式下的预设参数--very-fast-local Same as: -D 5 -R 1 -N 0-L ...

文章 科研汪必须知道的实验技术,你还差几门?

...素条件下纯化蛋白。 二十七、RNA酶保护试验方法 (RNase Protection Assay,RPA) RNA酶保护法是近十年发展起来的一种全新的mRNA定量分析方法。 基本原理:将标记的特异RNA探针(32P或生物素)与待测的RNA样品液相杂交,标记的特异RN...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

...rary(asreml) library(tidyverse) dat <- read.csv("MaizeRILs.csv",head=T) for (i in 1:4) dat[,i] <- as.factor(dat[,i]) as1 <- asreml(height ~ location/rep + location*RIL,data=dat) ASReml: Tue May 08 11:07:55 2018 LogLik S2 DF wall cpu -723.8797 64.8862 244...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

..., Hu X, et al. Elevated circulating miR-182 acts as a diagnostic biomarker for early colorectal cancer. Cancer Management and Research. 2018;10:857-865. doi:10.2147/CMAR.S158016.[2] Zhao X, Sun S, Zeng X, Cui L. Expression profiles analysis identifies a novel three-mRNA signature to predict overall ...

文章 18年上半年,利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...。   2:Elevated circulating miR-182 acts as a diagnostic biomarker for early colorectal cancer,该文章利用公共数据(GEO,TCGA数据),筛选出两个miRNA(miR-182 and miR-20a)作为结直肠癌诊断的分子标志物,然后在组织和血液中进行验证,最终确...

文章 人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...BT:随机森林准确预测籼粳稻亚种(白洋团队) *NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice Nature Biotechnology    [IF:35.724] DOI:https://doi.org/10.1038/s41587-019-0104-4 作者采用机器学习的随机森林方法,...

文章 Samtools截取基因组序列(Docker篇)

...9eff72d15836d0d59a753e3e35677b1200adc4a1Status: Downloaded newer image for omicsclass/samtools:latest 下载完成后可以检查一下。 $ docker imagesREPOSITORY              TAG                 IMAGE ID            CREATED           ...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...evtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){ install.packages(p, warn.conflicts = FALSE) suppressWarnings(suppressMessa...

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...nt Communications杂志发表了题为“A reference-grade genome assembly for Gossypium bickii and insights into its genome evolution and formation of pigment gland and gossypol”的研究论文。该文解析了具有“子叶色素腺体延缓形成”性状的野生棉种比克氏棉(Gossypiu...

文章 高分文章1

...7 06 癌症中RNA改变的基因组学基础 文献:Genomic basis for RNA alterations in cancer 发表时间:2020.02 简介:将几类RNA改变与生殖系和体细胞DNA变异相关联,并确定了可能的遗传机制。在基因组背景下,RNA的改变为鉴定与癌症相关...

文章 WGCNA筛选Biomarker

... Z, Li M, Fang X, et al. Identification of surrogate prognostic biomarkers for allergic asthma in nasal epithelial brushing samples by WGCNA[J]. Journal of cellular biochemistry, 2018. 相关课程: TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯...

文章 转录组如何与其他实验手段结合?(第二篇文献)

...文献: Kim OT at all. A Novel Multifunctional C-23 Oxidase, CYP714E19, Is Involved in Asiaticoside Biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2018 Mar 22. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...让后续的分析中可以方便的指定物种树节点。 Orthogroups_for_concatenated_alignment.txt:仅在 -M msa 模式下输出,列出了所有串联起来用于推断物种树的 orthogroup ID。 7. Gene_Trees 文件夹 记录了每个 orthogroup(gene_num >= 4)的有根基因树...