我是想在mac上做两个基因组共线性图吗？想请教下您！我倒腾了很久不知道怎么做！
...和数据下载工具 进行数据下载。 解决方案： 安装最新版本的TCGAbiolinks 即可： # 先安装devtools包 install.packages("devtools") devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") 如果你对TCGA数据挖掘有兴趣的话，可以学习我们的TCGA相关...
...多元关系网络：lncRNA——miRNA——mRNA ，或者其他的一些分析数据显示出来的多元关系。 直接看Cytoscape数据文件格式，很多人会想：难道数据要整理成下面这样？ Node1 Node2 Node3 lncRNA miRNA mRNA ...
...录组数据发高分论文的并不多，假如您对转录组数据深度分析感觉无从下手，文章思路毫无头绪，那么就一起来看看下面这篇今年4月份发表在plant physiology（IF 6.8）的一篇研究高粱分蘖的转录组文章吧，我相信对于您下篇转录组...
...的内容，下载了水稻的GES = "GSE27856"，GPL = "GPL2025"）进行分析，按照课程所给的R语言代码进行（除了改动GES号和GPL号）；按照代码生成基因表达数据后（GSE27856expressionMatrix.csv）遇见了一个问题：表达数据（GSE27856expressionMatrix.csv...
...是个技术活 在各家测序公司的努力下，现如今转录组的分析结果是越来越丰富了，提供的结果里是文件夹套文件夹，总共几百个文件，还都是英文名。这对于不熟悉转录组分析结果的同学来说，想找到自己想要的文件实在不容...
...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...
...生。这会带来问题。无法在不完整的数据矩阵上进行聚类分析。 Husson和Josse写了一个称为missMDA的包，可以用imputePCA（）函数进行缺失值的填充。 library("missMDA") df=read.table("aa.txt",header = T,row.names = 1,sep="\t") df=log1p(df) res.comp &...
在利用咱们的GWAS分析课程进行感兴趣的区域LD热图绘制时，显示warning skip Indel site, there are total skip Indel sites number is : 105。 因为我的vcf文件中同时包括了snp和indel变异信息，有些indel位点与表型是显著关联的，我想保留indel位点，...
...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件...
老师，我再做谷子SV与一个基因家族的保守 结构域分析时，首先找到了最多SV overlap的家族基因的品系，找到了L30（它有15个变异，有几个其他基因组是14个），发现它和参考基因组之间10条logo图，只有一条没有对的上，正确 吗，...
老师我在做基因家族成员选择压力分析时，得到了all_kaks之后，下一步该绘制kaks密度分布图，使用脚本Rscript /work/scripts/kaks_plot.r -i all_kaks -p kaks --xlab ka/ks --min 0.05 --max 3 -H 10，之后会提示如下错误， 尝试安装包时候出现错误# 设...
...，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这...
...gff3转换而来，使用到的软件是cufflinks-2.2.1/gffread，用这个版本的gffread进行转换的时候不会产生第三列没有transcript的行 解决方法： 采用v0.12.7版本的gffread，使用以下命令进行转换的时候，可以保留transcript这个type。 gffread -T Dros...