问题 老师，您好，不能用GFF文件提取exon位置信息文件，结果文件是空的

我的GFF文件是这样的，NCBI下载的，请问下该怎么处理啊老师？

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...相对应的密码similarSequencesTable=SimilarSequences    #下面都是中间产生的各种表orthologTable=OrthologinParalogTable=InParalogcoOrthologTable=CoOrthologinterTaxonMatchView=InterTaxonMatchpercentMatchCutoff=50     #Coverage cutoff值 这里选择50%的Coverage，视你自己而...

文章 Perl 包和模块

Perl 包和模块 Perl 中每个包有一个单独的符号表，定义语法为： package mypack; 此语句定义一个名为 mypack 的包，在此后定义的所有变量和子程序的名字都存贮在该包关联的符号表中，直到遇到另一个 package 语句为止。 每个符...

问题 用什么软件可以直接画出染色体Ks值的箱线图？数据格式如下

问题 小菜鸟，请问各位大咖基因序列比较短时做定量分析用什么方法比较好

问题 您好！请问不同温度梯度的转录组共表达基因用WGCNA好还是Wigams好呢？

问题 有没有用过aspera软件上传数据的呢，我在写命令的时候总是出错

问题 处理临床数据时，只有xlsx工作表，没有xlm文件。应该怎么用r处理数据？

问题 用denovo的方法进行otu聚类的时候报错是什么原因？ killed

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

[pool-1-thread-1] ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: Position      Chr:1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of...

问题 用R的pathview函数下载KEGG信号通路图的时候报错

 只有在下载这一个KEGG图时报错，其他的都没有问题，用的数据是一样的

问题 三代数据处理后，哪个是需要用二代数据进行矫正的？

各位老师好，我想请问一下，三代数据处理，已经进行了前面的分析，polish也已经完成。得到的结果如下，请问哪个是需要二代数据矫正的呢？是直接将polish.bam文件转换成fasta，进行矫正?或者将LQ进行矫正，然后与HQ进行合并呢...

文章 rainbow函数取色

R语言中如何依据rainbow取色？ rainbow()可以获取彩虹色板 rainbow(n, s = 1, v = 1, start = 0, end = max(1, n - 1)/n, alpha = 1) 例如，基于彩虹色渐变获取10个颜色,依次由red、yellow、green、cyan、green、blue 、magenta等顺序细化而成： > rainbow(10)...

问题 做无参转录组分析，用（讲堂课程提供的）linux系统安装/使用Trinity老有问题

老师，您好！ 我想做无参转录组分析； 但是用你们提供的linux系统安装或使用Trinity（进行reads拼接）老有问题，不知道为什么？？ Trinity version 2.1.1 版本可以安装上，但是运行报错，如图： Trinity version 2.10.0版本直接安装不上...

问题 老师，我的counts值的mRNA表达数据，用limma包之前，需要将表达矩征标准化嘛？

...有小数位的，我的那个counts值数据都是整数，如果我只想用limma包的话，老师我需要怎么处理一下呢？是log（）一下，然后用scale（） 吗？麻烦老师了！