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问题 怎么给外地的公司发原始数据呢?

我手里有十来转录组样品的原始数据,想寄到公司重新分析下,但是太大了,应该怎么给他们呢?

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

1.安装 注意:Windows Terminal 要求 Windows 10 1903 (build 18362) 及以上版本。 WT 现在已经上架 Microsoft Store,所以直接在商店里搜索安装即可。 2.配置 安装完成之后,WT 默认是长这样的: 修改配置: 可以复制以下内容直接配置文...

文章 质粒DNA制备基本原理及方法

...和溶菌温度等,在适宜的条件下质粒DNA和染色体DNA才能够更好的分离开来。     细菌浓度对于质粒DNA的提取也是非常重要的,如果细菌的浓度比较高,那么在溶菌时,溶菌液很难和细菌液充分混合,导致溶菌不彻底的问题,...

问题 请问老师在植物中调控开花的基因有哪些?

想做开花基因的家族分析。

问题 为什么./configure时会出现错误

第一no前面应该没有错误啊为什么会出现no 第二问题百度不到不知道怎么解决,求告知

问题 基因家族分析课程脚本不全

请问一下老师为什么我解压出来的script里面的脚本不全,做顺式作用元件预测时并没有:get_gene_weizhi.pl这脚本?(与视频课程里相比缺少了好几脚本)

文章 QIIME1格式转换

faprotaxs数据库注释得到的过程报告如何转化成绘物种分类功能热图所需的输入文件? 1.对过程报告整理: grep 'OTU' -B 1 faprotax_report.txt | grep -v -P '^--$' > faprotax_report.clean perl otu.pl -iclean faprotax_report.clean -o1 func_otu.txt -o2 func_nums....

问题 gwas分析群体画进化树

我用示例文件报错也是这。用自己文件也是 ../scripts/ggtree.r -t fasttree.nwk -f ../data/pop_group.txt -g GROUP -n fasttree 这是我给的命令行  WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omics...

问题 关于SNP填充、推断方面的问题

经常看到组学文献中提到,掩盖1%的SNP,先填充再推断,还是先推断再填充,计算填充率和准确性。这种模拟的过程是怎么编程思路?

问题 基因家族两结构域

有两结构域的基因家族在分析的时候必须把这两结构域的对应的蛋白序列分别截取出来吗?还是只要把这两结构域分别分析之后得到的基因ID取交集,直接用这基因ID对应的蛋白质全长序列继续往下分析就可以?

文章 使用map()、filter()来做到函数式编程

...,可以尝试使用函数式编程 函数式编程,顾名思义,整代码都由相互独立的纯函数构成,而且参数和返回值都可以是函数,纯函数还有优点,他比较稳定不会改变引用值, 但普通函数会,举例子 def num_1(list):for index in r...

问题 重测序

...置比较合理?那在运行的时候就要减少分配的内存了,一任务分给20G,同时运行5任务可以把?不知道分给20G的内存够不够? 这并行运行和直接分给100G任务运行,速度有差别吗? nohup ParaFly -c  w.sh -CPU 5 > w.sh.o&

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- coxph(fml, data=exprSet) # 汇总多因素分析结果 Multi_sum <- summary(Multi_co...

问题 老师,您好!我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时,得出来的文件比原始文件小很多。

进行排序时提示 ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:N...

问题 重测序

水稻样品,重测序3样本,深度分别为13×和60×和3×,然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了,老师说就是即便是同一品种测了两次,也不会只有一万多的snp,至少几十上百万。我参数用的...