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问题 在用gemma分析gwas时，调用perl脚本中的sort_trait.pl，发生报错，请老师帮忙解答，谢谢老师。

perl $scriptdir/sort_trait.pl snp_var.fam \$workdir/05.trait/Thousand_Grain_Weight_2020.txt  |cut -d " " -f 1-5,7 >snp_var.fam1 mv -f snp_var.fam1 snp_var.fam readline() on closed filehandle IN at /home/sdl/trial/5.23gwas/scripts/sort_trait.pl line 11.

文章 采用traceback 进行R语言报错信息的调试

...pr = rnaExpr, + mir.expr = mirExpr) Error in attributes(.Data) <- c(attributes(.Data), attrib) : 'names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777] > traceback() 5: structure(res, levels = lv, names = nm, class = "factor") 4: unlist(pc.ta...

文章 病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”

...体可以被宿主的不同抗病毒途径RNA decay、RNA interference、 and RNase L pathways识别并降解，从而产生大量的病毒衍生小RNA（Virus-derived small RNAs）。这些小RNA具有反映其来源的分子特征。首先，可以使用小RNA来组装病毒序列并识别它们...

文章 linux设置磁盘自动挂载

...maintained under '/dev/disk' # See man pages fstab(5), findfs(8), mount(8) and/or blkid(8) for more info # /dev/mapper/centos-root / xfs defaults 0 0 UUID=f12446c3-9101-4256-b900-6b0963a0b0e0 /boot xfs defaults 0 0 #/dev/mapper/centos-swa...

文章 vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

...ven for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper. 版本够,如果不够你就下载一下新版的然后放到自己的环境变量里 ╰─[~ ❤ ▶ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX # 看一下 libstdc++版本 GLIBCXX...

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

...og： $ docker logs 49b994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.ogWM7Tz...

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...用于跳转到当前行某一列的一个命令 (To screen column [count] in the current line)，| 表示当前行的第0列 (行首) (2)正常模式下输入命令 $ 跳转光标到当前行的行尾； (3)正常模式下输入vim命令 0nl 或 n| 跳转到当前行的第 n 列。 表示...

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...分析，比如lncRNA, mRNA， miRNA 等，而文章《identifying mirna and gene modules of colon cancer associated with pathological stage by weighted gene co-expression network analysis》则结合Gene,miRNA 分别进行WGCNA的分析，获得性状相关的Hub Gene和 Hub miRNA, 再基于miRNA...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...Bos Indicus (19), Bos grunniens (19), Bos mutus (19), Bubalus bubalis (19) and Bison bison bison (18)，不同牛基因组中Wnt家族数量稍有差异。下图为s Bos taurus中Wnt家族基因详细信息。 2. Wnt蛋白家族基因进化及结构分析 作者用19个牛Wnt家族基因保守...

文章 meme安装报错

                 from xsltutils.c:33:/usr/include/libxml2/libxml/tree.h:1124:3: note: expected ‘xmlBufferPtr’ but argument is of type ‘xmlBufPtr’   xmlBufferWriteQuotedString(xmlBufferPtr buf,   ^xsltutils.c: In function ‘xsltSaveResultToString’:xsltutils.c...

问题 单倍型分析报错

...非常丝滑，但是我只要换成自己的数据，就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing number of rows: 168, 0”。我已经检查了自己的文件，包括gff3文件，site文件，表型文件以及分组文件，对比了demo文件，可以...

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

...果于近日在线发表在 Nature Medicine 上，论文题目为《Safety and feasibility of CRISPR-edited T cells in patients with refractory non-small-cell lung cancer》，为 CRISPR/Cas9 基因编辑的 T 细胞临床应用基本的安全可行提供了重要证明。 1. 实验简介：这...

文章 BiocManager::install("seqinr")时报错

...source* package ‘Rcpp’ ... ** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation ** libs g++ -std=gnu++14 -I"/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/share/work/biosoft/zlib/include -I/share/work/biosoft/bzip2/bzip2-v...

文章 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

... [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e85076: Already existsc1efb2f31722: Already exists06e3b...

文章 p值还是 FDR ?

...设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法，简称BH法。该方法分两步完成，具体如下：  2.1  假设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是p(1),p(2),…,p(m)  2.2  若想控制FDR不能超过q...