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文章 绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

...e/1552 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i exp_data, --exp_data exp_data input data file path[required] -l legend.position, --legend.position legend.position Sets the location of the ...

问题 微生物多样性分析课程：运行r脚本出错 ，提示there is no package called ‘getopt’

...txt       -n species_accumulation_curve   出错，提示： Error in library(getopt) : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 请问老师，这个r脚本是需要调用getopt这个包？服务器里是安装有这个包的，该如何解决？谢谢！

问题 老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

...l_gene_fpkm.tsv -r J1 --fdr 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package:...

问题 eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

...格的第一列中查找匹配的行索引   match_rows <- cf$X.ID %in% element_vector   match_data <- cf[match_rows, -1]   # 计算结果并转置为数据框   result <- as.data.frame(t(colSums(match_data)))   # 将结果与df的行进行拼接   bind_cols(df[i, ], result) }

文章 python运行单细胞umap报错

...ata, method="umap-learn") Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded. 解决办法：重新编译python  :  ./configure --enable-shared --prefix=/share/work/biosoft/python/Python-v3.8.12 --enable-optimizations ./configure --enable-shared --enable-optimizations ...

文章 论文“挑错”哪家强?中国学者64字diss柳叶刀论文，过于霸气!

...! 事情是这样的： 柳叶刀期刊上有一篇论文， 题为“Intravenous remifentanil patient-controlled analgesia versus intramuscular pethidine for pain relief in labour (RESPITE): an open-label, multicentre, randomised controlled trial” 文章内容就不细说了， 最后这...

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题，麻烦老师指导一下

...的问题，有文献上会说we named these identified genes according to their homologous genes in Arabidopsis 这句话意思是命名是根据自己研究的物种中的A基因家族成员与拟南芥中的A基因家族成员的同源性命名的吗？意思是与拟南芥中的A1...

问题 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？

在用TCGAbiolinks下载结肠癌RNAseq表达数据的时候，Rstudio代码如下： （Ubuntu 环境 Rstudio-server版本 ） library(TCGAbiolinks) query <-GDCquery(project = "TCGA-COAD", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expr...

问题 在运行VirusDetect_v1.7时报错

Can't locate object method "link_pattern" via package "Bio::Graphics::FeatureFile" at /root/perl5/lib/perl5/Bio/Graphics/Panel.pm line 1259. [ERR IN CMD]:  /root/VirusDetect_v1.7/bin/virus_identify.pl --reference /root/VirusDetect_v1.7/databases/vrl_plant --word-size 11 --exp-value 1e-05 --exp-va...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

.../python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTUs are singletons, so the ACE " ValueError: The only rare OTUs are singletons, so the ACE metric is undefined. EstimateS su...

文章 circos当中的颜色介绍

...字符来表示颜色，常见的：red, orange, yellow, green, blue, and purple等，可在这些颜色前面加上修饰，变换颜色的深浅：例如vvlred  表示：very very light version of red vvl{name} - very very light version of color vl{name} - very light l{name} - light {nam...

文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

...85optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -p project, --project project                        input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more                        project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061       ...

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

运行core_pan_gene_compare.r ，报错Error in contrasts<-(*tmp*, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的...

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

...: package ‘XYZ’ 1.2.3 is required by ‘somePackage’ but will not be installed R的生态系统包含大量的扩展包，这些包彼此之间可能有依赖关系。有时，一个包需要的依赖包版本与另一个包需要的版本不兼容，导致难以解决的版本冲突问题。...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...