问题 ParaAT 多序列比对 报错 2.0

老师好，我写了sh后台运行ParaAT 多序列比对查看运行完成的日志文件时，一共有148个这样的报错情况： 在将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性 我查找了其中三个ID对应的cds和pep序列，碱基/氨基酸个数...

问题 请问可以同时运行2个terminal吗，在内存和存储还有cpu都有剩余很多的情况下

同时跑物种注释和功能蛋白注释，用terminal4和terminal5，的分别同时跑，这可以吗？

问题 这个表的log2-fold change 是和ND比的，为什么ND也有值呢？

问题 请问做有关小麦基因家族分析，计算分歧时间时T=Ks/2λ，这个λ该是多少呢？谢谢老师

问题 gff3文件的id号和cds的id号不对应，没有.1或者.2这样子的区分

文章 如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

...到pve值的，直接使用数据即可 1.1 GLM模型 marker_Rsq 即R2值，即表型解释率PVE 1.2 MLM模型及CMLM模型 MarkerR2 即R2值，即表型解释率PVE 注意：标记的R2（即表型的解释率），因为做的是单标记检验，每个标记都是独立计算的，...

问题 染色体挂载，bwa比对问题

您好，根据基基因组装与注释课程，我在做自己物种染色体挂载时，使用bwa aln 和bwa sampe 参数，提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用，这种情况怎么解决？

问题 有多个时期的转录组数据每个时期都有三个重复，如何进行基因注释

老师好，想问下有三个重复的转录组数据，是需要将三个重复都cat到一起吗？例如1_1.fq、2_1.fq和3_1.fq合并，1_2.fq、2_2.fq和3_2.fq合并再用hisat2比对后输入braker吗？还是直接将这六个fq文件cat到一起进行比对呀？

问题 您好，我想问一下关于《基因家族鉴定分析操作手册》当中2.3blast的问题

我按照 《基因家族鉴定分析手册》 上的步骤操作，在hmmsearch那一步出的结果不行。 然后就准备走blast的流程。 我想问一下blast比对的结果是可以直接进入到下一步的进化树构建，还是要像w.sh文件里面一样用脚本对文件进行筛选...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

...一条染色体。整个画布是以左下角为原点的二维坐标系，x，y指定了该条染色体在画布上的具体位置坐标，而rotation表示的是该条染色体倾斜的角度，后面的ha，va，color，以及label则分别制定了染色体标签在画布上的位置，颜色和...

问题 python_mcscan,error-OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'kpsewhich'

问题 图1是用命令查询了，图2就是遇到的问题，文件始终显示无法启动传输，但有几个已经传输成功了

问题 使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能的问题

...，你好！在使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能时，会遇到如下图片所示意界面，按照提示运行singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda init <powershell>，重...

问题 sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表达式 #1, 字符 2: 命令后含有多余的字符↵

sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt       sed: -e 表达式 #1, 字符 2: 命令后含有多余的字符↵ 报错怎么解决呢？

问题 利用命令行进行sra数据下载有如下报错

fastq-dump --split-e --gzip SRR1039508 Failed to call external services.