文章 TCGA数据库介绍

...分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异，了解癌细胞发生、发展的机制，在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。TCGA 使命:提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我...

文章 R语言-文件读写

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接：https://...

问题 老师您好，我购买了扩增子的课程，在做分析时遇到如下问题：我是混样后侧的序列，结果只有一个fasta格式的序列结果。但是跑课程中的代码是把每个fasta文件加序列号改成符合qiime的格式再合并。而我一开始就是合并在一起的文件，想问有什么办法把合在一起的文件拆分成多个fasta文件吗？或是直接在合并好的文件里直接加序列号从而符合qiime格式吗？谢谢

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

#快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

这是下载的数据： 这是我想要的结果：以样本名命名文件夹(3521-SR-2) 链接三个文件： 3219-SR-1  barcodes.tsv.gz    features.tsv.gz    matrix.mtx.gz 这里的步骤关键是如何批量提取文件中的样本名字，以下是我的提示语 让ai给我生成...

问题 报了基因家族鉴定的课，之前装ova的时候用的是官网的，但是很多软件没有。现在想重新装一下课程提供的含软件的ova。请问应该如何处理？

文章 什么是转录因子？

...中富含精氨酸和赖氨酸残基的核定位区域，转录因子进入细胞核的过程受该区段控制不同转录因子中 NLS 的数目有所不同，一个转录因子可含 1 至数个 NLS 功能区寡聚化位点: 寡聚化位点(oligomerization site)是不同转录因子借以发生...

文章 最尬论文造假：某作者对不存在的基因进行实验，还成功发表SCI！

...生有”。 用一个不存在的基因进行了一系列实验? 白细胞介素(interleukin，IL)，是由多种细胞产生并作用于多种细胞的一类细胞因子。 目前，人类细胞中至少发现了38种白细胞介素，分别命名为IL-1至IL-38， 今天要说的是，是...

问题 阈值中有效SNP的计算

我们GWAS课程中的阈值设置是0.05/total SNP 或者1/total SNP，但是文献中一般都是用Genetic type 1 Error Calculator (GEC)软件计算出有效的SNP个数，再计算阈值？这个在咱们课程怎么没有提及？

文章 genedoc做蛋白质比对图

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...

问题 数据格式发生变化

我的基因名称是： Unigene0003606 Unigene0024133 Unigene0048936 Unigene0171067 Unigene0050840 dim(fpkm)names(fpkm)datExpr0=as.data.frame(t(fpkm[,-1])) > datExpr0            V1       V2       V3       V4       V5       V6       V7       ...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有GENE处理方法

先把gene 搜索替换成mRNA，再参考这里修改一下： 可以参考这里：https://www.omicsclass.com/article/816

问题 老师，我提取cds ，pep用基因的ID，作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件

文章 大豆根单细胞转录组细胞类型标记基因

Y. Zhuang, Y. Geng, X. Guo, et al. “ Single-cell Transcriptome Profiling Reveals Gene Regulatory Networks and Key Genes in the Root Epidermis and Cortical Cells Associated with Early Nodulation in Glycine Max.” Advanced Science (2026): e76550. https://doi.org/10.1002/advs.76550 Cell typeGene_...

文章 非模式物种10X空间转录组单细胞参考基因组构建

..._scaffold_v1.0.fa --genes=P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gtf 单细胞： #可选操作，选择蛋白编码的基因：#cellranger mkgtf  P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gtf  P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.filtered.gtf  --attribute=gene_biotype:protein_coding#10X官...