话题 如何从GEO中选择适合自己分析的数据

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

...境中，测试主从，高可用等。 多实例配置方案：（多个数据库管理系统） 端口port分开 配置文件分开 socket分开 日志分开 多serverid 都可以使用mysql用户 #总结，初始化多次数据库 创建目录修...

问题 根据转录组数据克隆功能基因

各位老师，我已经测了转录组，有拼接结果，我想克隆hsp70基因做原核表达，我应该怎么挑选序列，并且怎么判断序列是否完整

文章 直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）

...it.aes = TRUE) 其中mapping图形属性映射涉及多个，需统计的数据映射到X轴，Y轴映射统计类型（包括频数count 或频率density等），还涉及其他的图像属性等。 统计变换 stat="bin"，对应要设置组距间隔 binwidth大小，由此统计该组间间...

问题 两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？

老师您好，请问，两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？我看说的limma包至少每组要3个样品，不知道2个应该怎么对比

文章 TCGA临床信息如何正确的保存格式

TCGA的临床数据，经过TCGAbiolinks 下载之后，需要保存到文件中，一般大家都希望保存的文件能够采用excel 打开。 但是临床数据中存在几个问题： 1. 一些值缺失，没有值填充 2， 一些字段中存在空格，逗号等 如果直接采用R中...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

文章 封装型分面facet_wrap()

...封装到2维中。二者的差别如下图： （图片源自  ggplot2: 数据分析与图形艺术） 以内置数据mpg 演示 facet_wrap() 使用  ，设置形式 ~ a + b +c  同时可以基于nrow , ncol 修改默认设置 library(ggplot2)> data(mpg)> print(mpg)# A tibble: 23...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

想请教老师一个问题，我用maxquant搜CPTAC一个数据库中的264个文件，结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何，希望老师可以...

问题 RNA-seq分析，测序数据比对到基因组上，hisat2 报错

用hisat2将数据比对到基因组上，运行时不报错，生成的sam文件为空，生成的summary文件里有报错。请老师指点，谢谢老师。 命令如下： 生成sam文件为空： 生成的summary文件内容： 之前建立索引index文件夹： 换其它输入命令和...

问题 GEOquery 下载不了数据

...'GSE112093_raw_exprSet.Rdata') 这是生信大佬的代码 我只改了GSE数据集，但是就提示下载不了，但是原代码上的数据集是可以下载的。错误提示如下：Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : 无法打开链结 此外: Warning message: In readChar(con, 5L, ...

问题 GEO数据标准化问题

自己找了很多序列但是没有一个能像视频课讲解的案例的方式标准化处理，请问老师这些该如何标准化并分析？序列.docx

问题 请问DAVid 数据库 可以对 谷子这个物种 进行注释检索吗？

利用谷子的基因号（来自于JGI数据库）例如 seita.1G36240 这种形式的 基因ID . 在第一步时：输入上面的基因ID号，不知道选择什么形式 进行 检索

问题 为什么在使用TCGAbiolinks包下载数据时会出现以下问题呢？

这是TCGAbiolinks下载数据的问题 加载devtools时总出现这样的问题是为什么呢？

问题 有系谱记录的群体做GWAS分析需要怎么处理表型数据呢？

大多数GWAS分析采用自然群体，表型数据为编号后跟性状即可。那么有系谱记录的群体是否需要对表型做啥处理呢？还是把亲缘关系矩阵算进去就可以了？