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文章 皮尔逊相关系数，并计算其p value 值

...系数。但是其实还可以就相关性的大小计算一个显著性的p_value，看一下相关性是否是由于随机导致的 。 采用R中的cor.test进行计算： cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue <- cors$p.value # 获得相关系数 estimates <- cors$estimate

文章 荧光实时定量PCR常见问题解析

...物特异性结合的荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最终通过相对定量或绝对定量的方法确定各个样本的本底表达量。     Q：qPCR与普通PCR的区别是什么？   普通PCR：在PCR反应结束后对终点产物进行电泳定量...

问题 变异注释

...79synonymous SNVLOC119691921:XM_048633226.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33L,LOC119691921:XM_048633233.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33LNC_063982.11813318133CT0.43752219.779NC_063982.118133.CT2219.77PASSAC=7;AF=0.438;AN=16;BaseQRankSum=-2.632e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=137;ExcessHet=0.10...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...数据介绍：拟南芥叶处理DC3000和对照control两个样本： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213622 数据下载 这里我们下载圆圈2的数据 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecel...

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7 12:25:58 [cbook] File `rapa.prj` exists. Computation skipped. 12:25:58 [base] lastal -u 0 -P 48 -i3G -f BlastTab rapa ath.cds &gt;./ath.rapa.last 12:26:05 [synteny] Assuming --qbed=ath.bed --sbed=rapa.bed 12:26:05 [base] Load file `...

文章 非模式物种10X空间转录组单细胞参考基因组构建

以下是示例代码： #download from website: https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload.phpwget -c https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0.fa.gzwget -c  https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchids...

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错：77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

* installing *source* package ‘KernSmooth’ ...** package ‘KernSmooth’ successfully unpacked and MD5 sums checked** using staged installation** libs77  -fpic  -g -O2  -c blkest.f -o blkest.omake: 77: Command not foundmake: *** [blkest.o] Error 127ERROR: compilation failed for package ‘Ke...

问题 juicer 报错： Failure during chimera handling of

juicer.sh -t 20 -s MboI -g hap0 -d /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work -D /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer -z /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/references/hap0.fa -p /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/hap0_MboI.chrom.sizes -y /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/hap0_MboI.txt 老师好，...

问题 TCGA生存批量分析

数据事先整理好这样之后我利用这个代码运行，但是有个代码没看懂，就是log_rank_p那步，图中标红框的那个2代表的含义，

问题 转录组取样应该注意些什么？

最近想做个转录组实验，植物根系的，取样的时候需要注意什么呢？

问题 isoseq3 流程问题

您好，我不清楚，最后生成的这些文件都是什么内容。我要用娜个文件 进行后续分析呢？ 谢谢您的帮助

文章 转录组结果解读及分析技巧

...什么”的问题。 针对“怎么做”的问题，我们根据上千个项目经验，总结了8个最常用的后续个性化挖掘方法，制作了《转录组标准分析后的数据挖掘》，讲述的方法大部分可在Windows下操作，无需linux或者计算机语言的基础。 ...

问题 基因组文件大小

我在Ensembl下载了海葵基因组序列，怎么这么小，这是不全还是就是小尼，另外基因家族分析时家族成员只有7个可以吗？家族成员数量和文章档次相关吗

文章 从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

...，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open...

文章 在家学习基因家族分析技能！-在线直播，2020年11月12日开班！

​基因家族分析，既是一个可以快速掌握的生物信息分析技能，也是低成本SCI文章思路。基因家族文章写作模式相似，换个物种或者基因家族就又是一篇文章，可借鉴性很强，且发文数量依然不减，是低成本短、平、快SCI文章的...