找到约 15 条结果

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...TATCTAAT \ --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza # Summarise the reads 查看结果 qiime demux summarize \ --i-data primer-trimmed-demux.qza \ --o-visualization primer-trimmed-demux.qzv \ #双端合并 qiime vsearch join-pairs \ --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.q...

文章 详细教程：慢病毒包装详细实验步骤是怎么的？

...到的病毒上清液于3500rpm，离心10分钟，弃去沉淀，并用0.45μl滤膜对离心后的上清液进行过滤; 2)将过滤好的病毒上清液分装到超速离心管中，两两对应配平衡(相差不能超过0.01g); 3)30000rpm，4°离心2小时; 4)离心结束后，可观察到...

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

...sql.sock -e "show variables like 'server_id';"Warning: Using a password on the command line interface can be insecure. +---------------+-------+ | Variable_name | Value | +---------------+-------+ | server_id     | 7     | +---------------+-------+ https://www.cnblogs.com/lon...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...                       <int>        Other parameter:-h           Help documentUsage End.exit;} my $len = $opts{l}; $len ||=500;my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...        # question1 <- readline("Would you like to proceed untill the loop ends? (Y/N)")     # if(regexpr(question1, 'y', ignore.case = TRUE) == 1){     #   continue = TRUE     #   next     # } else{    #   break    # }  }  }write.csv(F.res,file="05.表型与基因...

问题 单细胞测序FindAllmarkers

执行此代码后Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds subset.Epithelial.cells.0.2.rds \ >  -p subset.Epithelial.cells.0.2.FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25，报错，FindAllMarkers Calculating cluster 0 converting counts to integer mode Calculating clu...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...ckages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qii...

文章 vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

...-t filter1.vcf.gz#-t 建立tbi索引 但此时bcftools又报错  index: the file is not BGZF compressed, cannot index 这是因为bcftools只能对bgzip压缩后的文件建立索引，而上面使用的压缩方式是gzip 解决方式： 对文件解压之后重新用bgzip压缩，再建立...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...ckages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qii...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...-o predictions_kegg.txt #COG功能预测 predict_metagenomes.py --type_of_prediction cog -i normalized_otus.biom -o predictions_cog.biom -c $dbdir/picrust_data/cog_13_5_precalculated.tab.gz biom convert -i predictions_cog.biom --to-tsv --header-key COG_Description -o predictions_cog.txt #KEG...

文章 flowCore R包安装报错

...brary/RcppArmadillo/include/RcppArmadillo/interface/RcppArmadilloWrap.h:59:45: error: ‘ncols’ was not declared in this scope              Rcpp::Matrix<RTYPE> mat( nrows, ncols ) ;                                              ^~~~~ /share/work/biosoft/R/R-v4...

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...在《Nature Genetics》题为Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment的文章中，研究者使用共识非负矩阵分解（cNMF）从头学习了跨不同肿瘤的恶性细胞和CAF的反复表...

文章 circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

...hr2chr     -       3       Chr3    0       23459830        chr3chr     -       4       Chr4    0       18585056        chr4chr     -       5       Chr5    0       26975502        chr5 ...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

..._argument('-n','--name',default ='pep',required=False,help='Please specify the output, pep')################################################################################args = parser.parse_args()dout=''if os.path.exists(args.out_dir):    dout=os.path.abspath(args.out_dir)else:    os.mkdir(arg...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa -O Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.dict ********** 16:52:08.028 INF...