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文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...lter (subset) rows. WHERE group_by() Group the data GROUP BY summarise() Summarise (or aggregate) data - arrange() Sort the data ORDER BY join() Joining data frames (tables) JOIN mutate() Creating New Variables COLUMN ALIAS dplyr中主要方法的使用 filter系列...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

... 2. SILVA  简介：     SILVA一词起源于拉丁文silva（意为forest），它是一个包含三域微生物（细菌、古菌、真核）rRNA基因序列的综合数据库，其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大...

问题 老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

...gene.list却没有？我按照老师的指令awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=113;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list得到的这个表，请问是不是哪里需要修改呢...

文章 论文作者署名：导师和学生之间的一场大战

...们得到过本不配得到的作者身份。 贡献相当，拼运气or拼名气？ 围绕论文署名产生的千奇百怪的纠葛，中外比比皆是。 对于贡献相同的作者，并列一作是很常规的做法。 但是这种做法，并不太适用于学生和导师，并且，很...

问题 omicsclass/pan-genome:v1.1镜像OrthoFinder.py报错

... -A muscle \ -T fasttree \ -t 10 \ -a 2 报错如下：Best outgroup(s) for species tree---------------------------------2024-11-15 10:50:56 : Starting STRIDEERROR: Species tree inference failedlocal variable 'speciesTree' referenced before assignment File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoF...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...um >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del hyper-v.txtDism /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Hyper-V-All /LimitAccess /ALL 该命令运行过程中会出现百分比（该过...

问题 blast2go注释，报错“Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/jdom/JDOMException”，请问如何解决，详细一点

...ast2GO Pipeline Version 2.5.0 -------------------------------------- Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded. Blast2GO build: 23092011 Change b2g-properties file to: b2gPipe.properties Blast2go.version=2.5.0 Blast2GO can not reach the Internet Blast2GO star...

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

...catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7 12:25:58 [cbook] File `rapa.prj` exists. Computation skipped. 12:25:58 [base] lastal -u 0 -P 48 -i3G -f BlastTab rapa ath.cds >./ath.rapa.last 12:26:05 [synteny] Assuming --qbed=ath.bed --sbed=rapa.bed 12:26:05 [base] Load file `ath.bed` 12:26:05 [base]...

文章 R语言基础入门—判断语句

...面的代码，如果 为 false 则不执行。 实例 x <- 50Lif(is.integer(x)) {   print("X 是一个整数")} 执行以上代码，输出结果为： [1] "X 是一个整数" if...else语句 一个 if 语句后可跟一个可选的 else 语句，else 语句在布尔表达式为...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...可以看到一些比较复杂的弦图，比如说《A simplified herbal formula for the treatment of heart failure: Efficacy, bioactive ingredients, and mechanisms》这篇论文中的弦图（下图所示），首先该图总体想要传递的信息为不同基因所对应的KEGG通路，其次...

文章 基因组重复序列分类 转座子

...[6]。此外，转座子也可分为插入序列（insertional sequence，IS）、复合转座子和复杂转座子。一些常见植物基因组大小、不同类型转座子数量，见表 1。 Chromosome Res. 2015 Sep;23(3):415-20. doi: 10.1007/s10577-015-9499-z. PMID: 26514350. 何...

文章 绘制Upset 图

...,"devtools")# 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载for(p in package_list){if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){install.packages(p, warn.conflicts = FALSE)suppressWarnings(suppressMessages(libr...

文章 亚型划分比较波浪图（桑基图）绘制

...有时会看到她的身影。 比如在一篇2021年发表于The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的影响因子为13.75的文献《m6A modification patterns and tumor immune landscape in clear cell renal carcinoma》中，作者利用桑基图来描绘m6A簇、免疫亚型和m6A score的变...

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...., Zhang, H., Liu, G., Wang, X. and Dai, L. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419(4):779-7

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))      install.packages...