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文章 两分钟看懂基因组注释GFF文件

...下面是各列的说明： 第一列：参考序列，是chromosome or scaffold的编号 第二列：注释信息的来源，一般为数据库例或者注释的机构，如果未知，用“."代替 第三列：注释信息的类型，比如gene、mRNA、exon、CDS、UTR等 第四列...

文章 Perl 子程序(函数)

...subAverage{# 获取所有传入的参数$n = scalar(@_); $sum = 0; foreach $item(@_){         $sum += $item; }    $average = $sum / $n; print '传入的参数为 : ',"@_\n"; # 打印整个数组 print "第一个参数值为 : $_[0]\n"; # 打印第一个...

文章 GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

...面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。 然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。 然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可导出.rtf文件，...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );        $gene{$id} = $seq;}open IN, "$ARGV[0]" or die "$!...

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

...的解释程序不存在，那么会报错“bad interpreter: No such file or directory”。注意：#!之后的解释程序，需要写其绝对路径（如：#!/bin/bash），它是不会自动到$PATH中寻找解释器的。 5. 当然，如果你使用”bash test.sh”这样的命令来执行...

文章 二叉树算法介绍

...root            def search(self, root, val):        if not root or root.val == val:            return root        if val < root.val:            return self.search(root.left, val)        else:            return self.search(root.right, val)综上所述，二叉...

文章 DevOps 从理论到实践指南

...： DevOps (a clipped compound of “development” and “operations”) is a software development and delivery process that emphasizes communication and collaboration between product management, software development, and operations professionals.It seeks to automate the process of software integr...

文章 2019最新影响因子出炉：生物类期刊有哪些变化？

...可能比较关心的期刊。 排名第一：CA CA（A Cancer Journal for Clinicians）学术界的一个传奇，去年发文量仅29篇，IF一年比一年高，在去年达到244.585，今年回降到223.679，但依然保持第一名。 CNS： 四大医学期刊： 生物类综合期...

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

..._Name', 'Best_Match', 'Score']) # 遍历我关注的每一个基因名称 for my_gene in my_genes['My_Gene_Name']: # 使用fuzzywuzzy找到最佳匹配的基因名称 best_match, score = process.extractOne(my_gene, db_genes['Database_Gene_Name'])[0:2] # 创建一个临时的DataFra...

文章 出众的进化树注释软件Evolview

...tstrap值的显示开关。 点击“Annotation upload > upload data for Boostrap value styles”。 设置语句分为2列，由制表符分隔。第一列：bootstrap值的范围，一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值第二列：bootstrap值的显示格式参数具体语...

文章 环境因子分析

...```{r} res <- bioenv(otu,env,method="pearson") res summary(res) res$whichbest ``` #### 方法2：方差膨胀因子分析:  VIF（variance inflation factor）方差膨胀因子分析，可分析环境因子之间是否存在相关性 删除具有共线性的因子： 计...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...生成的repeat库，并用RepeatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExclude...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...者转换为Gene Symbol，以人为例： 预先安装AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db 加载org.Hs.eg.db > library(org.Hs.eg.db) 获取所有的ENSEMBL ID，并查看前五个ID > k=keys(org.Hs.eg.db,keytype = "ENSEMBL")> head(k,5)[1] "ENSG00000121410" "ENSG00000175899" "ENSG00000256069" "...

文章 R语言-文件读写

..."allow.loss", "warn.loss", "no.loss"), row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1, skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip, strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, comment...

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

...）对患者生存造成的影响。 例如：2021年发表在The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的一篇影响因子为13.75的文献为例，该文献中运用KM生存曲线生动形象地展现了不同变量分别对患者生存的影响。 作者根据基因表达量和细胞浸润程...