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文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

...本名为A）ls /Data/A* | awk '{ print "gzip -dc " $0}' > A_generate.filejellyfish count -t 20 -C -m 21 -s 3G -g A_generate.file -G 2 -o A.sif# jellyfish count：k-mer计数# -t 指定线程数# -C 对DNA正负链都进行统计，表示考虑DNA正义与反义链。如果是双端测序reads，...

文章 提取合并基因家族的domain序列

...过滤的e-value值。 脚本代码如下： die "perl $0 <hmmoutfile> <fa> <OUT> <E-value>" unless ( @ARGV == 4 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[1]",-format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-file  ...

问题 如何解决meme-v4.12.0软件下载

/biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme pep_id-seq-F.fa -protein -oc u-box_motif -nostatus maxsize 600000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme

问题 如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢？（有些cds中的scaffold可能不足1500）

...th::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; $in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",                                   -format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                                   -format => 'Fa...

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

...数据框如下，为宽型数据:一、宽型数据转长型数据（Wide to long）tidyr中的gather函数，跟reshape和reshape2中的melt函数的参数有较大的改变，但是更容易理解，用法为：gather(data, key = "key", value = "value", ..., na.rm = FALSE, convert = FALSE, factor...

文章 使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

...击Retrieve records for XX UID(s)，进入搜索结果页面，点击send to，选择输出为fasta格式文件，下载： 这样我们就获得了想要下载的全部蛋白序列：

问题 请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

[root@iZZ software1]# ls gcta_1.94.0beta  gcta_1.94.0beta.zip [root@iZZ software1]# cd /software/gcta_1.94.0beta -bash: cd: /software/gcta_1.94.0beta: No such file or directory

问题 SNP过滤问题

...志发现After filtering, kept 200 out of 200 Individuals Outputting VCF file... After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites No data left for analysis! Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢？代码是课上的代码：vcf...

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...格otutable<-read.table("data/feature_table.txt",sep="\t",header = TRUE,check.names=FALSE,comment.char="",row.names= 1)otutable[1:5,1:5] ## SRR10028875 SRR10028876 SRR10028877 SRR10028878 SRR10028879## ASV_1 0 0 9 0 34## ASV_2 0 ...

问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下： 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错，文件如下： 只有mRNA ID，没有gene ID，请问是怎么回事？是不是要对gff文件修改，怎么修改？

文章 批量搜索替换MySQL数据库中的内容

语句如下： UPDATE table SET field = replace(field, text_needs_to_be_replaced, text_required); 例如，如果我想用下面的Mark替换所有的John， UPDATE student SET student_name = replace(student_name, 'John', 'Mark'); 语句如下 发放 以上替换是对所有的student_n...

文章 文件夹名称中存在空格，scp如何正确识别

...夹的名称不能正确的被识别： 出现了报错信息“No such file or directory”这个时候我们可以用双引号+反斜线对文件名中的空格部分进行处理，即整个路径名称用双引号引起来，然后把空格部分用两个反斜线转义： 这时候文件夹...

问题 泛基因家族鉴定-找不到Bio::SeqIO模块

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5/5.32 /usr/local/share/perl5/5.32 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5) at /home/us170/scripts/ParaAT.pl line 7. 该怎么...

问题 老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字，是字母，是不是脚本需要换？

这个和拟南芥的GFF3文件的东西不一样，是不是不能用mRNAid_to_geneid.pl这个脚本了。。

问题 大哥，应用你的去除fastq文件重复序列的perl脚本报了一个错。

主要是gzip出错了，错误是：gzip: compressed data not read from a terminal. Use -f to force decompression.你有时间帮我看看，多谢大哥了。