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问题 关于图形泛基因组中的Minigraph-Cactus的问题。

请问一下Minigraph-Cactus的脚本中提到了，所生成的三种文件，其中 clip graph: This is the default graph. Stretches of sequence >10kb that were not aligned to the underlying SV/minigraph are removed. "Dangling" nodes (ie that don't have an edge on each side) that aren't on the ...

文章 碰到奇葩审稿人怎么办？这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊！

...的原文。 现在，这封邮件已经发表在了 Journal of Systems and Software 上， 这个期刊的影响因子虽然不高，但是在软件工程领域算是很不错的期刊， 而且，居然还被引用了两次。。。。 不知道这位作者惊不惊喜、意不意外。。...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

....tar #不同批量重命名文件，并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do mkdir $i cd $i a=`ls ../*${i}_barcodes.tsv.gz `ln -sf $a barcodes.tsv.gz ; a=`ls ../*${i}_genes.tsv.gz` ln -sf $a featur...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

...，并且是10X的格式，这里批量把文件链接到文件夹 for i in `ls *mtx.gz|while read a;do b=${a#*_};echo ${b%-*};done`;do mkdir $i cd $i a=`ls ../*${i}-barcodes.tsv.gz` ln -sf $a barcodes.tsv.gz ; ln -sf ../GSE161529_features.tsv.gz features.tsv.gz ; a=`ls ../*${i}-matrix...

问题 重复序列注释geneID这一步

...ntig.split.hardmasked/seq${i}.fa > ${i}.out.gff”时，报错*** Error in `geneid': malloc(): memory corruption: 0x00000000024f61c0 *** ======= Backtrace: ========= /usr/lib64/libc.so.6(+0x82b36)[0x73e8f52b2b36] /usr/lib64/libc.so.6(__libc_calloc+0xb4)[0x73e8f52b6214] geneid[0x40b459] genei...

问题 我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

...多个entrezid的情况,这里处理一下 DEG_list_kegg <- c() for(i in degs$entrezid){   DEG_list_kegg<-c(DEG_list_kegg,eval(parse(text = i))) } 为什么这一步得出的DEG_list_kegg还是1487行？

文章 绘制HIC热图

...#################################################################### Paths and Settings  - Do not edit !#########################################################################TMP_DIR = tmpLOGS_DIR = logsBOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_resultsMAPC_OUTPUT = hic_resultsRAW_DIR = rawdata#################...

问题 老师,请问CGVIEW中的gene.blast文件格式

...谢谢！ 报错和blast文件如下： Cannot parse the #PROGRAM field in the BLAST results file ./YC_bacteria_cgview/blast.txt at ./scripts/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl line 4716, <INFILE> line 0.000000. #PROGRAMquery_id    match_id    match_description    %_identit...

问题 你好，想问一下在用wgcna分析时，导入后显示不允许有重复的row.names，请问这个问题怎么解决

> datTraits = allTraits[match(rownames(datExpr0),allTraits$tea),] > rownames(datTraits) =  datTraits[,1] Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' 此外: Warning message: non-unique values when setting 'row.names':

文章 linux命令之AWK

...每一行进行处理，然后输出awk命令形式:awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ file [-F|-f|-v]   大参数，-F指定分隔符，-f调用脚本，-v定义变量 var=value'  '          引用代码块BEGIN   初始化代码块，在对每一行进行处理之...

问题 重测序

...以运行，在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${i}_2....

问题 使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因？

...GA-BRCA",                   data.category = "Transcriptome Profiling",                   data.type = "miRNA Expression Quantification",                    workflow.type = "BCGSC miRNA Profiling" barcode = TNBC_barcode) GDCdownload(query,method='api',files.per.chunk =...

文章 R 安装magick 报错

Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so':   /share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/mag...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...

文章 解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

...的R软件包，遇到“ SSL connect error” 问题。 > devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelFree") Downloading GitHub repo bartongroup/proteusLabelFree@master from URL https://api.github.com/repos/bartongroup/proteusLabelFree/zipball/master Error in curl::curl_fetch_memory(url, ...