问题 如何搜到1区或2区的转录组学文献

问题 感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

...，显示warning skip Indel site, there are total skip Indel sites number is : 105。 因为我的vcf文件中同时包括了snp和indel变异信息，有些indel位点与表型是显著关联的，我想保留indel位点，并在热图中与snp数据同时可视化，类似下图这样。请问应...

问题 基因家族只有2个基因，可以做共线性分析吗，想检测一下有无复制基因对

2个基因在同一染色体上，位置接近

问题 IBD 计算2

命令是后台运行的，cp /work/ibd_demo/02.pop_ibd/pop_ribd.sh ./ nohup sh pop_ribd.sh > pop_ribd.sh.o &  这个 pop_ribd.sh.o 运行完什么都没有，什么记录都没有。截图是计算时用的文件。

问题 泛基因组 eggNOG得不到结果-2

做泛基因组的eggNOG分析的时候，出现这个问题，是咋回事呢？

问题 PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组！

...文献：Brejova B, Albertin C B, Silva F, et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux[J]. 2019. 延伸阅读： 1. 国宝吃竹子并非发自内心 2. 龙的基因组公布啦！ 生物信息专业培训点击进入

问题 R包下载问题

当下载conductor的R包时，出现Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase'，如何解决。

文章 R语言、文件读取（2）

#一、txt文档的导入 #以123.txt文档为例setwd("e:/document")#路径设置data1<-read.table("123.txt",header=TRUE,sep=",")#读取该文档，文档首行为标题，用逗号分隔开 #二、xlsx文档的导入 #以123.xlsx文档为例library（xlsx)#调用xlsx函数包data<-rea...

问题 IBD 计算2

...错，出来的文件都是空文件。路径是，root@09bd06585807  14:52:51 /work/my_ibd/02.pop_ibd。 有时间帮我看看。 

文章 linux中 利用rename 批量重命名文件 批量文件改名字

...。与不在指定区间内的字符匹配# Perl版本 | Ubuntu(18),Mint(20)默认的是Perl版本$ rename --version/usr/bin/rename using File::Rename version 1.10# C语言版本 | Centos(7)默认的是C语言版本$ rename --versionrename，来自 util-linux 2.23.2 C语言版本, 支持通配符...

问题 老师，做all_sample_qc时候python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

[root@73d64505fa22  22:26:35 /work/my_rnaseq/2.data_qc]# python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题2

你好，我在服务器上运行work.sh脚本，用的是示例数据，在做这一步时报错了，请问改怎么解决？

文章 bcftools call SNP

...leup -a  'AD,DP' -Ou -f /share/work/database/ref/Triticum_aestivum/IWGSC_v2.1/iwgsc_refseqv2.1_gene_annotation_200916/iwgsc_refseqv2.1_assembly.fa /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.split.bam /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR...

问题 GWAS筛选阈值设置

For SNPs, we set the thresholds as −log10(P value) = 6, 6, and 4 for litter size, numbers of horns and nipples, respectively. 请问，这种自选的阈值，怎么选择呢？为什么有的是6有的是4呢？