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文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...nnotation upload”下的第11个选项绘制热图，点击“upload data for heatmap(help)”可进入绘制热图说明文档，参数设置可以参考左上角heatmaps案例，在弹出页面上提交拟南芥基因表达量，其它得到最终进化树（3）在Export中导出结果，常用p...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...n2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/minico...

问题 请问为什么GWAS用tassel mlm模型画的manhattan图什么都没有呢 也没有报错 能生成一个什么都没有的图片 只有坐标和题

...ains_per_panicle -n grains_per_panicle_manhattan -c 1.3e-6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 Loading required packa...

文章 MUSCLE软件介绍

...log： MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar http://www.drive5.com/muscle This software is donated to the public domain. Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97. 1 2 seqs, max length 19, avg  length 15 00:00:00    11 MB(-1%)  Iter   1  100.00%  K-mer dist pass 1 00:00:00 ...

文章 两分钟看懂基因组注释GFF文件

...下面是各列的说明： 第一列：参考序列，是chromosome or scaffold的编号 第二列：注释信息的来源，一般为数据库例或者注释的机构，如果未知，用“."代替 第三列：注释信息的类型，比如gene、mRNA、exon、CDS、UTR等 第四列...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...::SeqIO;use Bio::Seq;use Bio::Tools::SeqStats;use Bio::Tools::pICalculator;use Data::Dumper;#读入序列my $in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[0]",        -format => 'Fasta');open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\t...

文章 Perl 子程序(函数)

...subAverage{# 获取所有传入的参数$n = scalar(@_); $sum = 0; foreach $item(@_){         $sum += $item; }    $average = $sum / $n; print '传入的参数为 : ',"@_\n"; # 打印整个数组 print "第一个参数值为 : $_[0]\n"; # 打印第一个...

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

...的解释程序不存在，那么会报错“bad interpreter: No such file or directory”。注意：#!之后的解释程序，需要写其绝对路径（如：#!/bin/bash），它是不会自动到$PATH中寻找解释器的。 5. 当然，如果你使用”bash test.sh”这样的命令来执行...

文章 GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

...面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。 然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。 然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可导出.rtf文件，...

文章 二叉树算法介绍

...root            def search(self, root, val):        if not root or root.val == val:            return root        if val < root.val:            return self.search(root.left, val)        else:            return self.search(root.right, val)综上所述，二叉...

文章 DevOps 从理论到实践指南

...： DevOps (a clipped compound of “development” and “operations”) is a software development and delivery process that emphasizes communication and collaboration between product management, software development, and operations professionals.It seeks to automate the process of software integr...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );        $gene{$id} = $seq;}open IN, "$ARGV[0]" or die "$!...

文章 2019最新影响因子出炉：生物类期刊有哪些变化？

...可能比较关心的期刊。 排名第一：CA CA（A Cancer Journal for Clinicians）学术界的一个传奇，去年发文量仅29篇，IF一年比一年高，在去年达到244.585，今年回降到223.679，但依然保持第一名。 CNS： 四大医学期刊： 生物类综合期...

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

..._Name', 'Best_Match', 'Score']) # 遍历我关注的每一个基因名称 for my_gene in my_genes['My_Gene_Name']: # 使用fuzzywuzzy找到最佳匹配的基因名称 best_match, score = process.extractOne(my_gene, db_genes['Database_Gene_Name'])[0:2] # 创建一个临时的DataFra...

文章 出众的进化树注释软件Evolview

...tstrap值的显示开关。 点击“Annotation upload > upload data for Boostrap value styles”。 设置语句分为2列，由制表符分隔。第一列：bootstrap值的范围，一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值第二列：bootstrap值的显示格式参数具体语...