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文章 简单绘制箱线图

...前科研论文中经常出现的一类图形。标准的箱线图包含几重要的元素,如下图所示,包括下四分位数(第25%数据的大小)、上四分位数(75%数据的大小)、中位数等(中位数大小)等等。这种箱线图怎么画?这里教你用最简单...

文章 2区纯转录组文章如何写作?

纯转录组发文章现在是越来越难了,这是真的吗?我有一朋友人家可不这么认为,只要思路对,纯转录组2区文章也能发!而且还没那么难!真是不同人不同命,你看起来难上难,人家却信手拈来,今天我就给大家转介下这位...

问题 二代数据质控

老师你好,想问下二代数据质控中GC content出现双峰除了污染,还有其他可能吗?和基因组杂合度有关吗?我分析了7 8 不同物种,不同平台的下机数据,都报错。

问题 重测率,比对率

在做重测序中,得到了每样本的比对率,测序深度,覆盖度。怎样才能合并这些样本,一次可以得到几百份的数据。因为有几百样本。

文章 3分钟学会画venn图(维恩图、韦恩图)

...最常用的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几固定组合的venn图,后期让公司补图,要加钱不说,两天给一副图的速度更是要命。 现在小编给大家讲一在Windows下就能操作的,十分便捷的venn绘制方法: 一、输入...

文章 总结:高效阅读学术文献的标准姿势是——

...入门的小捷径, 随着自身水平的不断提高,你会摸索出更好、更适合自己的方法。 但不论哪种技巧,都要付诸行动,你懂了没? 生物女学霸,一自称学霸其实很渣的生物汪,努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些...

问题 代谢组进行差异代谢物筛选时,必须对t检验的p值进行fdr矫正吗?我看到大多数论文里都是p值哎

文章 皮尔逊相关系数,并计算其p value 值

...系数。但是其实还可以就相关性的大小计算一显著性的p_value,看一下相关性是否是由于随机导致的 。 采用R中的cor.test进行计算: cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue <- cors$p.value # 获得相关系数 estimates <- cors$estimate

文章 TBtools,不仅仅是生信小工具

...tools版本中,已有不少朋友可以找到Game菜单,其中只有一游戏,贪吃蛇。 游戏的操作比较简单,只需要控制好四方向键 上 下 左 右 即可。游戏的目标也很简单,即吃的越多,蛇就越长,你就越厉害。写贪吃蛇是之前的...

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错:77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

* installing *source* package ‘KernSmooth’ ...** package ‘KernSmooth’ successfully unpacked and MD5 sums checked** using staged installation** libs77  -fpic  -g -O2  -c blkest.f -o blkest.omake: 77: Command not foundmake: *** [blkest.o] Error 127ERROR: compilation failed for package ‘Ke...

文章 离子交换色谱步骤及作用

...体积为宜,这样样品才能吸附在色谱柱的上层,分离效果更好。 4.洗脱缓冲液 梯度洗脱通常用于离子交换色谱,通常有两种方法来改变离子强度和改变pH。改变离子强度通常是通过在洗脱过程中逐渐增加离子强度来实现的,从...

问题 基因家族成员数目

请问基因家族成员的数有确切的要求吗?我的基因家族数目严格的来算的话只有13,这样进行基因家族分析会不会因为数目太少被拒?

问题 GWAS分析

老师,请问我GWAS关联到的,显著信号区域内的几基因,在选择清楚分析中也是信号显著,但是在我的两分组中的表达量是没有显著差异的。这样要如何解释呢

问题 变异注释

...79synonymous SNVLOC119691921:XM_048633226.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33L,LOC119691921:XM_048633233.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33LNC_063982.11813318133CT0.43752219.779NC_063982.118133.CT2219.77PASSAC=7;AF=0.438;AN=16;BaseQRankSum=-2.632e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=137;ExcessHet=0.10...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...数据介绍:拟南芥叶处理DC3000和对照control两样本: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213622 数据下载 这里我们下载圆圈2的数据 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecel...