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文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

...报错，可能是centos系统selinux防火墙导致； 2022-09-29T02:51:45.397167Z [rserver] ERROR Error reading R script (/share/work/biosoft/R/R-v4.2.1/bin/R), system error 2 (No such file or directory); LOGGED FROM: bool rstudio::core::r_util::{anonymous}::detectRLocationsUsingScript(const rstu...

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

... Error in GDCdownload.aux(server, manifest.aux, name.aux, path) :    There was an error in the download process (we might had a connection problem with GDC server). Please run this function it again. Try using method = `client` or setting files.per.chunk to a small number. 把files.per.chun...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...UE, warn.conflicts = FALSE))) } } 2 设置FC和FDR的阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3 读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work/wangq/piplines/class/ref/03.deg") data<-read.table("Volcano1.txt", header=TRUE,sep = "\t") head(data) 文件格式如下： ID ...

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

...rl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/agat_config.yaml file The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.[），最终导致运行结果是空的

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

... for Gossypium bickii and insights into its genome evolution and formation of pigment gland and gossypol”的研究论文。该文解析了具有“子叶色素腺体延缓形成”性状的野生棉种比克氏棉（Gossypium bickii，G1）的全基因组序列，揭示了该棉种的进化规律...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

...anism Investigation for Glioblastoma Multiforme Utilizing WGCNA[J]. BioMed research international, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析 更多生物...

文章 deepseek绘图之--多组学相关性热图

...,  method = "circle",  type = "full",  tl.col = "black",  tl.srt = 45,  diag = FALSE  # 交叉矩阵无对角线意义) 更多生信课程：

文章 linux下samtools安装指南

...zipcd htslib-develop 安装指令：  autoconf       #Generate the configure script, if needed./configure    #Optional, needed for choosing optional functionalitymakemake install 在./configure过程中可能会报错，原因是有些库或包没安装，根据报错信...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'No such file or directory' Exec...

文章 简单科普：2019诺贝尔生理学或医学奖为啥颁给“细胞感受氧气”？

...霸姐姐想以三位大佬中的威廉·凯林的一句话结尾： “The most dangerous result in science is the one you were hoping for, because you declare victory and get lazy.” ——科学中最危险的结果就是你所希望的结果，因为你会宣布胜利并变得懒惰。 大...

问题 blast2go报错，升级blast ncbi-blast-2.3.0+ 到 ncbi-blast-2.6.0+ 报错

Can not parse BLAST XML because can not find information about the used version!

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

我要做Gwas分析，需要生成hapmap文件，但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了，但是我的两条比较小的contig不见了

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

方差分析(Analysis of Variance，简称ANOVA)，又称“变异数分析”，是R.A.Fisher发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 由于各种因素的影响，研究所得的数据呈现波动状。 造成波动的原因可分成两类，一是不可控的...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...class ~]# docker info | grep "Docker Root Dir" WARNING: You're not using the default seccomp profile Docker Root Dir: /var/lib/docker 解决这个问题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修...