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问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...dk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo "--variant /path/to/part_gvcf/${i}.g.vcf.gz " ;done) --intervals chr2_part1 --output /path/to/part_gvcf/chr2_part1.g.vcf.gz --tmp-dir /path/to/temp，其中“--use-jdk-inflater true --use-jdk-def...

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...(6): 695-701. 34.Platt A, Vilhjálmsson B J, Nordborg M. Conditions under which genome-wide association studies will be positively misleading[J]. Genetics, 2010, 186(3): 1045-1052. 35.Kang H M, Zaitlen N A, Wade C M, et al. Efficient control of population structure in model organism association ma...

文章 gdal 报错dnf安装包错

...data expiration check: 4:19:33 ago on Thu 20 Jun 2024 06:52:12 AM CST. Error:  Problem 1: package gdal-libs-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libarmadillo.so.12()(64bit), but none of the providers can be installed   - package gdal-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libgdal.so.30()(64bit)...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

... 假如需要查询的蛋白较多，则可以通过点击首行任务栏Retrieve/ID mapping，如下图，查询蛋白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，也可以将蛋白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。另外该页面2. Select options 还可提...

文章 提取合并基因家族的domain序列

...o::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[1]",-format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-file   => ">$ARGV[2]",-format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc )...

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput 2. 提取必要的信息 for i in *.hg38_multianno.txt do sample=`echo $i|awk -F '.' '{print $2}'` cut -f '1-10' $i|sed '1d'|sed "s/$/\t${sample}/">>all_sample.txt done ​ sed -i '1s/^/Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tFunc.refGen...

文章 docker clash 配置

..._proxy https_proxy docker配置： Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment=...

问题 我用conda 根本安装不了软件，非常慢，比如UMI-tools

...摸不到头绪。。。。 raceback (most recent call last):   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__....

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

... = "transcript", covariate = "orgnization", : fold changes only available for 2-group comparisons。我想请问一下我该如何修改这段R代码才能正确比较根茎叶三个组织的基因差异表达呢？这文章有点长，非常谢谢

问题 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp   awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf   # ...

文章 做微生物研究必懂的OTU table相关知识

...件实现。 图注:PCR嵌合体生成   用vsearch去除嵌合体： for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do #相同重复序列合并 vsearch --derep_fulllength $workdir/3.data_qc/${i}.clean_tags.fq.gz \ --sizeout --output ${i}.derep.fa #去嵌合体 vsearc...

文章 大数据分析 Hbase Shell命令

...t 2. 获取表的描述 hbase(main):011:0> describe 'test' Table test is ENABLED test COLUMN FAMILIES DESCRIPTION ...

问题 TCGA数据生存时间怎么确定？

...    "additional_studies"                           [3] "tissue_source_site"                          "patient_id"                                   [5] "bcr_patient_uuid"                            "informed_consent_verified"        ...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...纸， “This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.”（这是初稿，你看看如何，我们可以试试《科学》）我仔细一看，天啊！一共7页，四个多小时Jeremy已经把文章的整体写完了，只是缺少Method和 references。...