话题 2区sci

话题 2区基因家族分析

问题 hummersearch命令出错-2

和例子比对后相差无几

问题 IBD 计算2

要不我把数据发给你，你计算一下？或者你再我服务器上计算一下。 

问题 安捷伦双色通道 “RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") “报错”

老师您好！ 我购买了付费课程，开头就报错了。Error in readGPRHeader(fullname) :    File is not in Axon Text File (ATF) format。请帮忙解决下 谢谢

话题 KaKs_Calculator2

问题 IBD 计算2

我计算后生成的ribd.txt 和cibd.txt 后面的值为什么都是零？

文章 基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言

setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension")library(org.Hs.eg.db)library(annotate)df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F)df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),]name=getSYMBOL(as.character(df$ENTREZ_GENE_ID), data="org.Hs.eg.db")df$`Gene Symbol`=namehead(df)

问题 请问Divergence-Time是 T = K s /2 r 计算吗？

https://academic.oup.com/gbe/article/8/2/302/2574013 把KaKs_Calculator结果里面的ks除以2被的突变速率就是分化时间吗？

问题 运行mcmctree报错2.0

...么结果运行cafe5吗 —————————— 11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ———...

问题 请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

感觉后面的代码都是基于绿色框框的2个文件在做分析  那红色框内的2个.sam文件有啥用吗？占用存储有点大 可以删掉这2个吗  在跑后续的k2物种注释、蛋白质预测、KEGG注释等分析之前

文章 CNVnator 安装报错

git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git cd CNVnator ln -s /path/to/src/samtools samtools make LIBS="-lcrypto" 解决办法： Makefile

问题 IBD 计算2

我怎么把我计算的文件传给你，你看看， 我感觉我的格式都没有问题，因为没有报错信息，但是计算出来的值都是0

问题 fastqc运行报错是为什么？命令是：fastqc -o /root -t 2 /root/clean_reads.1.fq.gz /root/clean_reads.2.fq.gz

问题 基因组注释解压 database.tar.gz.* 问题

...rc error database/eggNOG/latest tar: Child returned status 1 tar: Error is not recoverable: exiting now 我的做法是 cat database.tar.gz.* > database.tar.gz， tar zxvf database.tar.gz，后面我去掉 -z 参数，依然报该错误，而且服务器中是已经安装了 gzip 包的，...