老师您好，我想请教一下，我研究的每个基因都有六个处理时间点的转录组数据，而且每个时间点都有相应的对照数据，请问这样的数据在做热图前应该如何处理？谢谢。
...，哪儿来的时间追剧啊， 心塞ing…… 同样是一天十二个时辰， 普通人是这样的： 白天上上课，晚上追追剧， 吃饭刷热点，走路聊八卦。 而我们科研人员大都是这样的： 白天做实验，晚上写论文， 吃饭查文献，走路思...
...测人体或环境样本中原核微生物的表型，主要包含以下几个方面：革兰氏阴性、革兰氏阳性、耐氧性、生物膜合成、致病潜力、移动元件含量、氧化胁迫耐受等。文章于17年发表在预印本杂志bioRxiv上,没有正式发表。 2、了解原...
Cox比例风险模型（cox proportional-hazards model），简称Cox模型 是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为应变量，可同时分析众多因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资...
1.获得基因组的各染色体的长度信息 $ samtools faidx genome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr01 44488843 7 44488843 44488844chr02 38522657 44488858 38522657 38...
GATK4它的参数设置中没有多线程的参数并且运行速度较慢，对于大量样品的项目进行变异检测可以每个样品单独进行检测，最后再进行合并。运行命令如下： 1.HaplotypeCaller对单个样品检测。 gatk --java-options "-Xmx50g" HaplotypeCaller --t...
1、三个生物学重复，得出三个数据，是取平均值列表吗？比如这几个数据。 2、是不是一个样品三个重复做一个文库，还是？
...malinternal transcribed spacer）序列等。拿到序列后，面临的一个重要问题就是：选择什么数据库进行比对才能得到较好的分类鉴定结果呢？其实针对每一类生物的主要marker序列都有相应的数据库以方便比对鉴定。今天卢瑟菌就和大家...
...式，如上面这个树，拓朴结构用newick格式可以表示为： (B,(A,C,E),D); 括号最外层是根节点，它有三个子节点，B, (A,C,E)和D，而节点(A,C,E)也有三个子节点A，C和E。 加上分支长度，使用 : 来分隔： (B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0); 比如A:...
[root@e4be531692a7 22:34:32 /work/my_rnaseq/5.deg.]# Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g J1_vs_J2.compare.txt -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r J1 --fdr 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website...
基因家族的筛选条件具体有哪些？我在重复一篇文章的结果时，发现他鉴定到24个基因，而我通过鉴定发现40多个基因，不懂他是怎么把那20多个舍去的？
老师您好，我在左PCA分析时，如果发现几个样本没有按照实验设计分出来，我想把这几个给去掉，怎么能找出来呢？PCA图上也没有标注，麻烦老师了！
...基因结构图： 中文版的基因结构图： 先来认识几个概念： 3'UTR: 3‘端非翻译区，也就是mRNA两端的非编码片段 5'UTR: 5‘端非翻译区，也就是mRNA两端的非编码片段 UTR代表了RNA EXON的非蛋白质编码部分 ORF:开放读取框，指...
gvcf文件，是应该转换成vcf文件后进行硬标记过滤？还是说可以硬标记过滤完转换？二者有前后顺序影响吗？ 第二个问题就是，硬标记过滤程序跑起来很慢很慢，大约一天才可以标记1G左右，这是因为什么呢？