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文章 基因芯片知识

...独与一张芯片杂交,可以方便简单地在多张芯片之间进行比较。产生的芯片数据为单通道信号数据,这种方法产生的数据变异大,需要通过重复实验来减少误差。双染色技术是把两个样本用不同荧光标记后一起杂交到同一张芯片...

文章 LD衰减距离

...述LD衰减速度的快慢。 LD衰减距离通常指的是:当平均LD系数衰减到一定大的时候,对应的物理距离。 “一定大”是这个定义的关键点,但没有特别统一的标准,在不同文章中标准不同。常见的标准包括:a)LD系数降低到最...

文章 如何利用NCBI提取特定位置的基因组序列?

...因组特定区间基因及注释信息的提取,详见链接:[原创]-如何下载特定区间内基因及注释信息?但由于ensembl收录基因组数量有限,对于未收录物种就只能另寻他法了。今天我再给大家演示一个利用NCBI数据库进行基因组特定序列...

文章 R 相关性系数计算 cor() 报错

转录组分析时,计算完FPKM后进行相关性计算并绘图,出现报错: Error in seq.int(0, 1, length.out = n) : 'length.out' must be a non-negative number 该报错发生在选择颜色的函数colorRampPalette()上,发现是给的值出现问题,而值来自于相关性计...

问题 WGCNA如何选择signed的计算方式

老师您好,我在跑WGCNA时发现同一模块基因的表达模式存在相反的情况,根据大讲堂提供的代码来看跑的应该是unsinged类型,请问现有代码中能调整为signed类型吗?

问题 老师好,做比较基因组学时候发现我的基因ID和转录本ID不是单纯的加了点1点2那么简单,如何做我才能只提取一个序列进行后续分析呢?

文章 CORNERSTONE:用项目管理助推企业转型升级

...务,不知道工作的进展,口头承诺、口头协作,任务协作比较杂乱、流程比较随意、风险比较大。用「CORNERSTONE」则集成企业微信端口,帮助团队碎片化操作,打造移动工作平台;绑定个人微信,项目动态即时触达,无缝接收消...

文章 如何运用项目管理思维制定工作计划?

...(或子)目标,就要分析团队任务的整体完成情况是不是比较慢或者关键结果指标定的较高导致的;前者需要加快团队成员的整体工作(可将成员任务的截止时间提前,提高阶段时间内的任务完成量),后者则需要与直属上级或...

文章 一文教你使用Excel画GO富集分析图

...数再做GO富集分析图,那么请继续往下看。编为您讲解如何使用Excel画GO富集分析图。 数据文件准备 转录组测序分析的结果文件中一般都会有GO_enrich.xls的文件,该文件一般在每个差异组合的差异分析结果文件夹下。打开后...

文章 TCGA数据挖掘生物信息文章(肺鳞癌)

...RNAs-Protein互作网络。 多因素生存分析 采用多因素的COX回归模型对预后特征lncRNAs进行分析并绘制ROC曲线,发现他们都对预后具有显著的分类效果。 分类模型 对特征lncRNAs进行聚类分析并建立分类模型。 稳定性和有效性验...

文章 进化树中如何添加热图?

之前编写了很多iTOL绘制进化树的文章,今天编再介绍一下进化树中添加热图(如下图所示)的方法。 使用的工具依然是iTOL这款在线软件,可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不...

文章 如何快速从转录组数据中筛选目标基因!

...确定即可。 以上是利用基因ID在总表中查找一列信息,比较简单。如果我们想查找多列信息该如何操作呢? 方法相似,我们可以在总表中插入deg_gene列,然后去差异基因表中查找基因ID即可,具体操作如下: 到这里,一个简...

文章 GWAS模型介绍

...群体节省时间。 GWAS分析模型介绍 GWAS 分析一般会构建回归模型检验标记与表型之间是否存在关联。GWAS中的零假设(H0 null hypothesis)是标记的回归系数为零, 标记对表型没有影响。备择假设(H1,也叫对立假设,Alternative Hypothesis)...

文章 Excel图表保存成高清图片

...必说保存成高清大图方便科研论文投稿。今天就来教大家如何将Excel图表导出成高清大图方便后续编辑。 此处,编建议大家先行了解SCI文章图片相关要求,可参考:投稿时-文章中图片大分辨率如何设置(免费领两大图片编...

问题 KAKS作图问题

1.请问如何调整kaks_plot.r包中参数才能使左边geneID上下不那么拥挤? 2. 如何去掉下图中完全空白的部分重新作图?