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文章 vi基本替换

1 :s/A/B/ #替换当前行第一 A 为 B 2 :s/A/B/g #替换当前行所有A 为 B 3 :n,$s/A/B/ #替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一A 为 B 4 :n,$s/A/B/g #替换第 n 行开始到最后一行中每一行所有 A 为 B, n 为数字,若 n 为 ...

文章 国宝吃竹子并非发自内心-比较基因组学分析揭示大熊猫“心路历程”

...,大、小熊猫这对难兄难弟只能去适应这飞来横祸。怎么更好的进食竹子呢?大、小熊猫进化出了适合握持的伪拇指。 在70趋同基因中,DYNC2H1 和 PCNT 和肢体发育有关,它们的错义突变会导致人和小鼠的多指趾畸形和异常骨骼...

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化?对照组是113和114,实验组是115,116,117,那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值,那我怎么用,筛选的时候要用这六比值的均值吗?还是有其他的筛选办法?还有六p值应该如何来筛选?

文章 IF5=7.8 |骆驼蓬属(Peganum)染色体水平基因组组装与群体遗传进化分析

...景 骆驼蓬属是中亚干旱区的典型沙生属植物类群,包含3形态各异的物种:骆驼蓬(Peganum harmala L.)、多裂骆驼蓬(P. multisectum (Maxim.) Bobrov)和骆驼蒿(P. nigellastrum Bunge),这些物种的分布区域在河西走廊存在重叠,并在该地...

文章 qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

...”Queue Submitter”,是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用,是高性能计算集群中提交任务的标准方式之一。 ...

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

... qvalue是多重假设检验矫正后的p值。 富集图: 分成3部分, 第一部分为基因Enrichment Score的折线图,横轴为该基因下的每基因,纵轴为对应的Running ES, 在折线图中有峰值,该峰值就是这基因集的Enrichemnt score,峰值之...

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

...分析,可以利用 merge_tsv_files.r  或者  merge_metadata_genexpdata.r  将比较的信息合并到metadata中: usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r       [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g group [-b groupby]       [-G geom] [--ad...

文章 如何利用iTOL绘制漂亮的进化树

...诸多文章,感觉还是有很多的不明便,索性,我自己写一教程(不全哦)。 通常呢,我们要经历一下步骤: 1、序列比对 我们应用clustalw进行比对,clustalw下载连接(http://www.clustal.org/download/current/) 选择自己需要的版本 ...

文章 circos-基因组圈图调整标签文字重叠

...2d_tracks/text_labels1/lesson )         label_snuggle=yes #如多文本文字距离过近,避免重叠        show_links=yes   #显示标签和染色体之间的连接        link_color=black #连接线颜色        link_dims=0p,20p,50p,2p,2p #连接线细...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...的位置信息,类型,保守型预测等。 注释之后会得到一表格文件解释如下,更多数据库解释说明https://www.omicsclass.com/article/464: 注: CHROM:染色体 POS:变异位点在染色体上的绝对位置 ID:dbSNP 注释 ID REF:参考基因组碱基...

问题 差异基因数量太多,通过GO富集分析筛选一部分,再进行蛋白互作,可行吗?

...样本转录组FPKM数据。 第一步、通过主成分分析选出10000基因(共50000),另外,通过STEM趋势分析得到两组显著差异的集合分别包含18000基因和5000基因。 第二步、分别对这3组基因集进行GO富集,筛选出层级大于7,P值小...

文章 基因家族分析后续试验怎么做?

...转录因子基因家族,参与植物生长发育、抗逆应答等的多生物学过程。TCP基因家族的进化和功能已在多物种如苹果、水稻、玉米、金鱼草等有过研究,但未见在小麦中报道;所以作者利用IWGSC发布的小麦最新基因组序列,对T...

文章 做基因定位?大家可能忽略了这最熟悉的技术

...得有什么?         基因分离定律:父母本中决定一性状的等位基因,在子代中会分离。          第一位当然是实验材料:以抗病的品种(Jazz)和非抗病品种(ACDC)进行杂交,子代F1群体中的抗病特性会存在分离。  ...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...的DEirlncRNA对做多因素cox回归从而得到风险模型计算每一DEirlncRNA对的AUC值,最大AUC值的DEirlncRNA对为选择模型,绘制一年,三年,五年的ROC曲线,其中在五年的ROC曲线中,确定最大拐点,并将其作为风险分数的分界点,由此划分...

文章 Linux 统计目录下文件数量的方法

一、数量统计方法 (A)下面分情况介绍下这 3 命令的使用方法。 1、统计当前目录下文件的数(不包括目录) ls -l | grep "^-" | wc -l 结果为4,只包括:data.cfg、  id.txt、  qstat.xls、  w.sh,这4 2、统计当前目...