...础操作，在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。 1. seqkit 使用 seqkit subseq 通过指定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列，提取 in.fa 前12个字符，可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa >...
...一定的相似之处，因此如果学习过相关正则表达式的话这个不会很难。 参考百度文库：https://wenku.baidu.com/view/baa401f5dd88d0d233d46ab5.html 正则表达式的三种形式 首先我们应该知道Perl程序中，正则表达式有三种存在形式,他们...
...要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广...
1 :s/A/B/ #替换当前行第一个 A 为 B 2 :s/A/B/g #替换当前行所有A 为 B 3 :n,$s/A/B/ #替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一个A 为 B 4 :n,$s/A/B/g #替换第 n 行开始到最后一行中每一行所有 A 为 B, n 为数字，若 n 为 ...
...，大、小熊猫这对难兄难弟只能去适应这飞来横祸。怎么更好的进食竹子呢？大、小熊猫进化出了适合握持的伪拇指。 在70个趋同基因中，DYNC2H1 和 PCNT 和肢体发育有关，它们的错义突变会导致人和小鼠的多指趾畸形和异常骨骼...
...景 骆驼蓬属是中亚干旱区的典型沙生属植物类群，包含3个形态各异的物种：骆驼蓬（Peganum harmala L.）、多裂骆驼蓬（P. multisectum (Maxim.) Bobrov）和骆驼蒿（P. nigellastrum Bunge），这些物种的分布区域在河西走廊存在重叠，并在该地...
... qvalue是多重假设检验矫正后的p值。 富集图： 分成3个部分， 第一部分为基因Enrichment Score的折线图，横轴为该基因下的每个基因，纵轴为对应的Running ES, 在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的Enrichemnt score，峰值之...
...分析，可以利用 merge_tsv_files.r 或者 merge_metadata_genexpdata.r 将比较的信息合并到metadata中： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g group [-b groupby] [-G geom] [--ad...
...诸多文章，感觉还是有很多的不明便，索性，我自己写一个教程（不全哦）。 通常呢，我们要经历一下步骤： 1、序列比对 我们应用clustalw进行比对，clustalw下载连接（http://www.clustal.org/download/current/） 选择自己需要的版本 ...
...2d_tracks/text_labels1/lesson ） label_snuggle=yes #如多个文本文字距离过近，避免重叠 show_links=yes #显示标签和染色体之间的连接 link_color=black #连接线颜色 link_dims=0p,20p,50p,2p,2p #连接线细...
...。如下图所示，横坐标为阈概率，当各种评价方法达到某个值时，患者i的出血风险概率记为Pi；当Pi达某个阈值（记为Pt），就界定为阳性，采取某种干预措施后，将改变出血与血栓形成之间的利弊平衡，利弊之差即为净获益（Y...
...的位置信息，类型，保守型预测等。 注释之后会得到一个表格文件解释如下，更多数据库解释说明https://www.omicsclass.com/article/464： 注： CHROM：染色体 POS：变异位点在染色体上的绝对位置 ID：dbSNP 注释 ID REF：参考基因组碱基...
...转录因子基因家族，参与植物生长发育、抗逆应答等的多个生物学过程。TCP基因家族的进化和功能已在多个物种如苹果、水稻、玉米、金鱼草等有过研究，但未见在小麦中报道；所以作者利用IWGSC发布的小麦最新基因组序列，对T...