...主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。因此了解VCF文件格式及其记录结果的意义非常重要。VCF文件其实是文本文件，可以用Windows当中...
简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎- Andromeda。 MaxQuant支持标记定量和非...
...（2018年9月更新32.0版本）包含了17929个蛋白质家族注释及基于隐马尔科夫模型（Hidden Markov models，HMMs）的多序列比对信息。 Pfam可以为我们提供精确的蛋白家族及结构域分类，因此常被用于查询蛋白家族及蛋白结构域功能注释。P...
...了这个令人沮丧的现实：大量开发者对完成的定义是写完代码。在很多情况下，很多开发者在开发计划的最后一天交付给测试人员的，仅仅是一个勉强能运行的版本。这导致了大量功能修复BUG的时间几乎超过了当初开发这个功能...
...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...
...lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式文件转换成FASTA格式，并将质量低于20的碱基位点（base）转换成小写或N； seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq >...
...测序技术的普及，为生命科学的研究提供了全新的手段。基于高通量单细胞转录组测序，既能发现特定组织中可能的细胞类型，也能了解不同细胞组成上的差别，更能通过基因表达图谱剖析不同细胞的基因特征，为理解细胞的功...
GAPIT 作为一款基于 R 语言的 GWAS 软件，在多个领域，尤其是动植物育种行业，收获了众多的用户。FarmCPU 是 GAPIT 工具箱中的最新的模型，具有统计效力高，速度快的特点。BLINK 作为FarmCPU 的 C 语言升级版，对关联位点具有更灵敏...
...件处理、分支优化和注释调整，让研究者耗费大量时间在代码调试和图形美化上。 AI大模型的介入彻底改变了这一局面。只需提供您的群体遗传数据（如Newick/NEXUS格式的树文件），并用自然语言描述定制需求（如标注群体分组...
...库是资源最广、信息最丰富的蛋白质数据库，是查询蛋白功能的首选数据库。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成，数据主要来自于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并包含了很多来自文献中...
singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似，但是相比与docker需要root权限，或者专门添加用户组，singularity在非root时也可使用，且轻量级，修改方便。singularity镜像有两种格式：sif格式可用于部署；sanbox格式是可写...
老师好，请问我在群体遗传分析构建进化树这一步运行转换为phy格式的文件，“run_pipeline.pl -Xmx180G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果，一直提示不能有染色体名...
...十数种检测细胞凋亡的方法，从大框架上讲，可以划分为基于细胞形态、生物学功能和生化标记三大类。 然而，每一种方法都有其优缺点，本文我们来介绍目前最受欢迎的亡检测手段之一——Annexin V/PI双染法。 基本原理 细胞...
...的），如果变异位点跨过多个区段，用短横线连接 wgRna：基于 miRBase 和 snoRNABase，对变异位点相关的 microRNA 和 snoRNA 进行注释，给出 microRNA 和 snoRNA的基因名称 targetScanS：UCSC 提供TargetScanS 注释数据库，库中包含在3’UTR 中保守的m...
我手里的数据只有这种。