问题 P值与矫正后P值

最近分析的好多组数据矫正后P值都是这样，或者干脆全部是1，用limma包分析的，请问这是什么原因导致的呢？能不能直接用P值呢？

文章 deepseek绘图之--微生物堆叠柱状图

...分析，还是环境样本的物种丰度比较，研究者常需面对一个关键问题：如何直观展示多个样本在不同分类水平（如门、属、种）上的物种相对丰度？堆叠柱状图以其“多维度信息整合”的优势，成为生信论文中的经典可视化工具...

文章 学姐总结：细胞转染全过程详解，一看就会！

...由带负电荷的磷脂双分子层构成，这对大分子物质来说是个不可透过的屏障，比如DNA和RNA的磷酸骨架，为了使核酸穿过细胞膜，开发了多种技术，大致可分为物理介导、化学介导和生物介导。 几种常见的转染方法： 1、脂质体...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

...docker分析转录组获取全长时候总是出现报错，命令行为，python ../scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g genome.gtf -p gene_length；报错信息为： Traceback (most recent call last):  File "../scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 51, in <module&gt;    if kvs['gene...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...联分析的时候，我们经常会看到一些非常漂亮的manhattan plot，能够对候选位点的分布和数值一目了然，如下： 怎么样，是不是很好看呢？其实这种图我们也是可以画出来的。 在 如何绘制SNP密度图 文章中，我们利用R中的 CMp...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

...个数据，我们可以从中分离出来（GSE210347）： 文章地址PanCAF :https://www.nature.com/articles/s41467-022-34395-2 数据下载： wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fcounts.Rds.gz -O GSE210347_counts.Rds.gz wget -c https://ftp....

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

ggplot2分面设置facet_grid实现一页多图 facet_grid(facets, margins = FALSE, scales = "fixed", space = "fixed",  shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE,  switch = NULL, drop = TRUE) 设置 含义 facet_grid(. ~ cyl) 按cyl分面,行为1,进...

文章 IF=13.80 | 岗巴羊胃肠道微生物群落动态变化及其在植物生物量降解中的功能分析

...和回肠样本进行宏基因组测序，利用SPAdes组装出总计1146个MAGs（包含1107个细菌MAGs和39个古菌MAGs），其中519个MAGs质量较高（完整性&gt;80%，污染率<10%）。将上述MAGs与以往研究的MAGs合并注释，并基于dbCAN和CAZy数据库进行功能注释...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...group,                     p.adjust.method = "BH") 更好的方法+绘图展示： 利用ggpubr包做方差分析，并可视化分析结果： library("ggpubr")compare_means(weight ~ group, data = PlantGrowth,method="anova")compare_means(weight ~ group, data = Pl...

文章 grep 两个文件内容取交集

利用grep 筛选两个文件中共有的信息 N.txt cat N.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011034_P001 C.txt cat C.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011035_P001 N.txt 和C.txt 的交集gre...

文章 perl中对数组字符串取交集，并集，差集包

...其他功能，很好用： use Array::Utils qw(:all); my @a = qw( a b c d );my @b = qw( c d e f ); # symmetric difference my @diff = array_diff(@a, @b); # intersection my @isect = intersect(@a, @b); # unique union my @unique = unique(@a, @b); # check if arrays contain same members if ( !arr...

问题 小麦GATK索引问题：对多个g.vcf.gz文件合并，遇到的问题？

问题 老师好，请问应该怎么下载/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢？

...我们在处理原始数据的时候遇到了问题，已经困扰我们一个多月的时间了，不得以来请教老师，非常抱歉打扰您了： 我们这个月尝试了很多方法都不行，最近尝试的方法是：在GEO数据库上下载GSE154778的TAR文件（图1），下载好...

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

启动httpd服务 mkdir -p /run/httpdsystemctl start httpd.service 1.什么是多实例? 在linux系统中代表：多个进程+多个线程+多个预分配内存结构 一般用来测试环境中，测试主从，高可用等。 多实例配置方案：（多个数据库管理系统） ...

文章 Linux生物信息分析环境搭建

想做生物信息分析，但不知道怎么入门？先来搭个环境吧！想分析数据，但是分析不了？先来搭个环境啊！搭建好环境，后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows，而很少使用Linux，然而做生物信息分析是需要用Linux...