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文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...ocal({r <- getOption("repos")  r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")#install.packages("GGEBiplots")#install.packages("GGEBiplotGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")li...

问题 请问老师为何绘制snp密度图报错?

...b 500000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = q...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...12月《mSystems》发表了一篇题为“Response of the gut microbiome and metabolome to dietary fiber in healthy dogs”的文章。” 这项研究探讨了膳食纤维与肠道微生物群及其功能之间的相互作用。通过分析健康犬只摄入不同纤维来源和数量的12种食...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

...ple of R script that was used to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2:31261]D1=as.d...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...过这一步的分析最终发现几个重要基因:GATA2, PTGS1, POSTN, and CD44 具有这类特征,这几个基因的功能也和过敏性哮喘紧密相关。 富集分析 针对筛选到的四个重要模块:magenta、pink、yellow、 blue,进行GO富集分析,观察模块内基因...

问题 hmm搜索失败,已检查hmm文件,并重新建hmm模型,还是报错。

自建hmm模型,检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件(图一、图二)。 在hmmsearch 时:hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa 报错:Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm 图一 图二 图三

问题 hmm搜索失败,已检查hmm文件,并重新建hmm模型,还是报错。

自建hmm模型,检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件(图一、图二)。 在hmmsearch 时:hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa报错:Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm图一图二图三

问题 老师好,我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

这是我的命令 vcfutils.pl varFilter -w 5 -W 10 "gzip -dc all.raw.gatked.vcf.gz|" |gzip - >all.varFilter.vcf.gz 这是我的报错 Argument "." isn't numeric in multiplication (*) at /share/work/biosoft/bcftools/latest/bin/vcfutils.pl line 323, <> line 167.

文章 SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换(bedtovcf)

....vcf #参数“DEL”指定了输入的结构变异类型,可选的有,INS,DEL,BND,INV,DUP几种类型 生成的VCF文件:

文章 R语言基础入门—R语言概述与安装!

...University https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/    University of Science and Technology of China http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/    University of Science and Technology of China https://mirror-hk.koddos.net/CRAN/    KoDDoS in Hong Kong https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/    Elite Educa...

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

...1_A406_A408_A409":"C_vs_W" } i=0 for dir_path, dir_names, file_names in os.walk(cwd): for file_name in file_names: p=os.path.join(dir_path,file_name) if len(file_name)>100: m=re.match(r'(.+_vs_[^\.]+)', file_name) vs=m.group(1) ...

问题 运行eggnog_stat.r报错

...end`summarise()` has grouped output by 'Pathway_Class'. You can override using the `.groups` argument. Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"tbl_df"’ Calls: %>% -> select -> <Anonymous> ...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时,trait文件如何做?

...:选取了两个大豆品种做转录组分析,分别是:大籽粒Wandou 28 (V1),小籽粒Peixian Layanghuang (V2),取样时期为三个时期:seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3),其中前两个时期的取样部位分别为:Seed pod with whole seed(S1...

文章 HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用转换格式

...;print OUT "#Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tHGMD\n";}while (<FH>) {m/^#/ and next; s/[\r\n]+$//;my @field  = split(/\t/, $_); my$HGMD="HGMDID=$field[7];"; my$info="$HGMD$field[12]";#$info=~ s/;/\\x3b/g;#$info =~ s/,/\\x2c/g;#$info=~ s/=/\\x3d/g; print OUT join ("\t", @field[0..4], $info), "\n...

问题 利用KaKs_Calculator2.0计算两个基因的kaks时出现:Error.

The size of two sequences in 'EVM0055308&EVM0007023' is not equal. 出现问题后也按照课堂上和视频课程中的方法进行了解决,也检查了ATG,序列是否为3的倍数等问题,均符合要求,不知道是什么问题造成的,