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问题 structure_plot.r 停止调用

...＜Anonymous＞->parse_args_output->.stop 执行已停止 2.Error in `[.data.frame`(groupfile, , opt$group, drop = FALSE) :undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted  执行已停止 structure 运行显示版本停止运行，怎么修改?

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...设置界面。 1.Data set 选择直方图中的柱子。 2.Bars and boxes 可以对柱子的填充色，网格，网格颜色，边框粗细，边框颜色进行设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色，形状，粗细，显示等进行设置。 4.修改图注，图中...

问题 LDdecay

/PopLDdecay/bin/PopLDdecay -InVCF ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz -SubPop popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat 老师，用上面这个命令，但是跑出来是0，用的是自己的数据，前一步都还正常，不知道popid.txt如何设置，这里是按照示例文件，放了所有...

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

问题 rJava 安装包错

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:   call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)   error: unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/rJava/libs/rJava.so':   libjvm.so: cannot ope...

文章 带推断线的进化树

...如下：R包ggtree、ggplot2 # 加载依赖包（未安装则先执行：install.packages(c("ggtree", "ggplot2"))）library(ggtree)library(dplyr)# 1. 读取树文件 consensus_tree <- read.tree("iqtree.treefile")  # 单棵树bootstrap_trees <- read.tree("test.nwk")   # 多棵树（列表...

问题 你好，能否向您请教一下单因素cox分析的问题

VarNames <- gene_names > Univar <- lapply(VarNames, Unicox)有的这个代码，但报错了Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^不知道什么原因

问题 老师您好，我在用MEGA11建系统发育树时出现了错误的提示

MEGA failed to parse the input file:Invalid base found:1(in line 4）

文章 进化树构建方法及原理

...Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...id <- function(x){ return(substr(x, start = 0, stop = 16)) } dep$protein_id <- as.character(llply(dep$protein, extr_id)) gene_ids <- deg$`#ID` protein_id <- dep$protein_id # 共有ID common_id <- intersect(gene_ids,protein_id) # 提取数据列表 dep_common = dep[dep$protein_id %...

文章 运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。

运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以正常运行

文章 蛋白质亚细胞定位method

Prediction of secondary structure and subcellular localization of apple BES1 proteins The secondary structure of apple BES1 Proteins was analyzed with NPS@: SOPMA secondary structure prediction (https://www.predictprotein.org/signin). The subcellular localization prediction of apple BES1 proteins wa...

问题 重测序var_density.R脚本报错

...报错怎么办，只生成了没有图例的PDF，没有图片。 Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

问题 重测序var_density.R脚本报错

...报错怎么办，只生成了没有图例的PDF，没有图片。 Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解（Barcode）

...等 TSS Tissue source site 样品来自哪个组织机构：01 代表International Genomics Consortium, 更多见：TSS Participant Study participant 样品唯一编号(可以理解为一个病人唯一编号） Sample Sample type 样品来自人体组织类型，如：01代表Primary...