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文章 deepseek绘图之--多组学瀑布图

...s",         # y轴标签     title = "Volcano-style Waterfall Plot of Differential Genes/Metabolites"  # 标题   ) +  theme_classic() +  # 改为classic主题   theme(     plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 14, face = "bold"),  # 标题居中加粗     axis.text.y =...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

问题 老师您好，我在文件共享时出现不能共享的问题，具体操作如下：

sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为：/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device，该怎么解决，谢谢

问题 安装github上的包报错：

...set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate limit remaining: 57/60   Rate limit reset at: 2024-07-30 14:13:41 UTC

问题 FileZilla Client出错

...态:已登录 状态:读取目录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:550 /: Permission denied 错误:读取目录列表失败

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

... #RUN conda update conda -y && conda upgrade conda -y \ VOLUME ["/work"] # Overwrite this with 'CMD []' in a dependent Dockerfile CMD ["/bin/bash"] WORKDIR /work执行 执行得到镜像 $ docker build -t omicsclass/biocontainer-base:latest . Sending build context to Docker da...

问题 老师您好，我在用MEGA11建系统发育树时出现了错误的提示

MEGA failed to parse the input file:Invalid base found:1(in line 4）

文章 阿里云 oss linux命令行下载数据使用方法

...p -r  oss://a-cloud-product/user/cache/project/XS01KF2024040319/PM-X 0319-45/ . \    --access-key-id LTfrDcV \    --access-key-secret TBAXLtPYL0IrCa \    --endpoint https://oss-cn-beijing.aliyuncs.com --region cn-beijing

文章 RDA CCA 分析

...   summary(rda分析结果)主要有8个部分：    1) partitioning of variance. 总方差被分为约束型和非约束型。约束型部分表示响应变量Y能被解释变量X解释的部分。相当于多元回归中未被矫正的R2，见下图。    2) eigenvalues, their contributio...

问题 docker 启动报错&容器中进程终止

...，均报下列错： ERRO[0000] invalid internal status, try resetting the pause process with "/usr/bin/podman system migrate": could not find any running process: no such process  以及前期在docker中进行进化树构建时，进程经常自动中止（docker 创建时指定了最大使用...

文章 非肿瘤文章集锦

...血患者的临床信息，并与铁死亡基因相交，最终筛选得到45个差异表达基因（DEGs），其中大部分涉及TNF信号通路和氧化应激反应。随后，作者通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析筛选与TNF信号通路相关的基因模块，确认了以...

文章 如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

...、Ctrl+H打开Word的替换功能，把^p（换行符）全部替换为" [journal] or "； 第四、在替换好的文档开头加上一个单引号"，并把文档末尾的or "删掉。这样，30≤IF的期刊列表就制作好了，将该段文本黏贴进 "custom filter"里的"Query terms"...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...UE, warn.conflicts = FALSE))) } } 2.设置FC和FDR的阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3.读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work") data<-read.table("Volcano.txt", header=TRUE,sep = "\t") 数据格式如下（表头不要改）： ID FDR log2FC sign Trans_n...

问题 泛基因家族鉴定-找不到Bio::SeqIO模块

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5/5.32 /usr/local/share/perl5/5.32 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5) at /home/us170/scripts/ParaAT.pl line 7. 该怎么...