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文章 Linux单行命令

...niq -u > c # c 是 a - b awk常用命令 awk '{ sum += $2 } END { print sum }' myfile        #这个命令将计算myfile文件的第二列的总和并打印出来。awk '{ print $2, $1 }' myfile | sort -n      #这个命令将打印出myfile文件的第二列和第一列，并将它...

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...pickSoftThreshold: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error in datk[c(startG:endG), ] <- foreach(t = actualThreads, .combine = rbind) %dopar%  :    被替换的项目不是替换值长...

问题 KEGG和GO富集分析报错问题

... such file or directory --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: LOC105382119,LOC105392385,LOC105383189,LOC105384039,LOC105384627,LOC105384151 --> return NULL... Error in barplot.default(kegg, showCategory = opt$showCategory, x = "GeneRatio") :   argument 3 matches mu...

文章 singularity使用基础

singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似，但是相比与docker需要root权限，或者专门添加用户组，singularity在非root时也可使用，且轻量级，修改方便。singularity镜像有两种格式：sif格式可用于部署；sanbox格式是可写...

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

...ght (c) 2005, Carter T. Butts, University of California-IrvineFor citation information, type citation("sna").Type help(package="sna") to get started.Error in `rownames<-`(x, value) :length of 'dimnames' [1] not equal to array extentCalls: row.names<- -> row.names<-.default -> rownames...

文章 16S聚类还是降噪？

...序列之间的相似程度在97%以上(对应USEARCH中的cluster_otuscommand)。b. Unoise得到的是所有的正确生物学序列(对应USEARCH中的unoise3 command）。当然每一种算法都不是完美的，因此总是存在一些错误。如Uparse会丢失一些具有意义的生物学序...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时，出现以下报错，在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

...Bromus_tectorum.faa --OUTPUT Bromus_tectorum.dict 报错： 10:13:20.679 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/share/work/biosoft/picard/picard-3.0.0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so [Fri Oct 13 10:13:20 CST 2023] CreateSequenceDictionary --...

问题 fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc 报错

Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(BasicStats.java:123) at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:89) at...

问题 纯生信无实验验证的基因家族文章，比较推荐下面期刊的哪一个？

想问一下，Genes、scientific reports、plos one、Horticulturae、Protoplasma、Frontiers in Genetics期刊，纯生信无实验验证的基因家族文章比较推荐投这六个期刊中的哪一个？投哪一个可以不用补实验，更容易中？

文章 Graphpad Prism绘制折线图

...），点击折线图图标，并把样本数设为3，同时设置为Mean and Error ,如下图： 2、在Data栏中输入以下数据，软件就会自动帮你算出均值（Mean）和误差值（Error），并做好折线图了。 3、点击Data3，即可看到折线图。 4、双击...

问题 泛基因家族鉴定-找不到Bio::SeqIO模块

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5/5.32 /usr/local/share/perl5/5.32 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5) at /home/us170/scripts/ParaAT.pl line 7. 该怎么...

文章 ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

awk '$3=="gene" || $0 ~/#/{print}' ../04.snp_indel/ref.gff >gene.gfffor query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do   convert2annovar.pl -format vcf4    $query.INV_TRANS.f.vcf -outfile  $query.INV_TRANS.input   annotate_variation.pl -regionanno -dbtype gff3 -gff3dbfile gene.gff $query.INV_TRAN...

问题 用deseq_analysis.r分析差异表达分析时报如下的错误

[1] "abstract_factors is start" Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 2 did not have 3 elements Calls: abstract_factors -> read.table -> scan Execution halted