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文章 R报错：incompatible dimensions

报错： 用R进行相关性分析的时候出现报错： Error in cor(x, y, use = use, method = method) : incompatible dimensionsCalls: corr.test -> cor 到脚本里看发现报错出现在这个函数里： cor.result <- corr.test(A,B,method = method,adjust = adjust) 原因调查： ...

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...富集结果显示：hsa04510（Focal adhesion）和hsa04610（Complement and coagulation cascades）显著富集， 这两个pathway极有可能是胶质瘤的生物标记。 文章以现有数据（GEO）为基础，进行WGCNA模块分析过程，并对模块基因进行富集分析，重点挖...

问题 gatk4 HaplotypeCaller报错

...st.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请问这个怎么解决呢？

问题 GCVF合并

...-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 20 \   --reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

问题 blastp提示ensemble中提取的序列文件不对

...lid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options 已去除序列中的终止子符号。 e.g： >ENST00000620518 ENSG00000081692  JMJD4 1:227732392-227735273(-) MDRETRALADSHFRGLGVDVPGVGQAPGRVAFVSEPGAFSYADFVRGFLLPNLPCVFSSA FTQGWGSRRRWVTPAGR...

文章 绘制简单圈图—RCircos包

#加载RCicos包，如果第一次使用，需要先安装 install.packages("RCircos") library(RCircos) #绘制染色体图形 #导入RCicos包内置的人类染色体数据 data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram) 数据展示： 第一列是染色体编号，第二列是染色体片段起始位...

问题 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.1.4.1/gatk IndexFeatureFile -I raw.vcf.gz  Error was: htsjdk.tribble.TribbleException.MalformedFeatureFile: Input file is not in valid block compressed format.,

文章 RunUMAP函数报错,

brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30)执行降维分析的函数,umpa的时候报错 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :   function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix' 如何解决?,主要是因为Matrix和irlba...

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...024年11月《Genomics》杂志发表了一篇题为“ Genomic evolution and patterns of horizontal gene transfer in Papilio”的比较基因组文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — ...

问题 chip-deg5 载入fData

...fData。 在chip-deg5的载入数据步骤显示如下问题： Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :    'row.names'里不能有重复的名字 请老师帮忙看下会是什么问题。

文章 linux shell并行运行任务

seqkit split -p 20 ../../test_data/protein.chr4.s.fasta --out-dir protein.splitfor i in {01..20};doecho "exonerate --model protein2genome --percent 50 -t ../genome.hardmasked \   -q  protein.split/*part_0${i}.fasta --showtargetgff yes --showalignment no \   --score 100 --minintron 20 --maxint...

文章 做基因定位？大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...表型的关联群体 + 转录组测序 Huang Z, Peng G, Liu X, et al. Fine Mapping of a Clubroot Resistance Gene in Chinese Cabbage Using SNP Markers Identified from Bulked Segregant RNA Sequencing. Frontiers in Plant Science. 2017;8:1448. doi:10.3389/fpls.2017.01448.

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

1Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感...

问题 docker虚拟机安装失败

...成功解决，请问一下是什么情况？ 解决方法：新建containers.cmd，编辑内容如下，以管理员身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . ...

文章 blastn使用教程及结果详解

...p.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz## 解压tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 二、blastn使用 1.建库 makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index -in：构建数据库所用的序列文件。 -dbtype：...