文章 qiime2分类器的训练

...： qiime rescript filter-taxa --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza --m-ids-to-keep-file ref-seqs-Bacteria.qza --o-filtered-taxonomy ref-seqs-Bacteria-tax.qza 训练分类器命令： qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes --i-reference-reads ref-seqs-Bacteria.qza --i-reference-taxon...

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...的结论！ 最后参考文献奉上： Verneri Anttila et al. Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science, 2018; 360 (6395): eaap8757 DOI: 10.1126/science.aap8757

问题 gene-family镜像中paircoil2报错

./paircoil2 ../Abrus-precatorius-pro.fasta 1.txt ERROR: Error while reading from <GenFreq> file 请问老师这个怎么解决

文章 宏病毒组分析一区

阿尔兹海默症病毒组——A metagenomic study of gut viral markers in amyloid-positive Alzheimer's disease patients 推荐语：越来越多的证据表明，病毒参与了阿尔茨海默症（AD）的发展和治疗。然而，对AD患者肠道病毒组的研究仍然存在显著的研...

问题 docker安装后，windows与虚拟机之间的数据如何挂载？

...rk -it omicsclass/gene-family:v1.0”，结果显示如下： “Unable to find image ‘omicsclass/gene-family:v1.0’ locally”，然后就又开始pull基因家族的学习资料。 我只好终止它。卡在这里，很困惑，明明已经下载过基因家族的资料。 于是，查了...

问题 老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

文章 TukeyHSD报错

...n TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning message: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: group1 Execution halted 数据框组代表的变...

问题 求老师帮助，在docker里下载镜像时报错

下载镜像时报错Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": net/http: TLS handshake timeout 昨天下载过一次，那次没有报错，只是下载时间过长，一晚上了还没有好，就关掉了，今天再下载就报错了，该怎么办呢老师

问题 泛基因家族 提取CDS序列和pep序列，为什么没有输出文件？

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta ./${ind}.fa.gz  --seqType CDS >./${ind}.cds.fa /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta  ./${ind...

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

... #提取cds序列 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa #提取pep序列 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_...

问题 老师，您好！key driver analysis的参考文献如下。请您帮我查查该分析方法的R语言包在哪里下载？

Identification of Key Causal Regulators in Gene Networks . Bin Zhang and Jun Zhu .Proceedings of the World Congress on Engineering 2013 Vol II, .

文章 igraph 包安装错误

...compilation failed for package ‘igraph’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v3.4.0/lib64/R/library/igraph’ The downloaded source packages are in         ‘/tmp/Rtmply12uv/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done 错...

问题 Perl GD模块官网例子报错

...ill it with red $im->fill(50,50,$red);   # make sure we are writing to a binary stream binmode STDOUT;   # Convert the image to PNG and print it on standard output print $im->png; 报错：

问题 Picard sortsam排序

...3 15:37:35     SortSam ********** NOTE: Picard's command line syntax is changing. ********** ********** For more information, please see: ********** https://github.com/broadinstitute/picard/wiki/Command-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command li...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...关的研究。 References: 1. Osteoprotection Through the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创，转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”，了解更多基因...