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问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

...regions from /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed ...  Load BAM file ...  Done Total read pairs  used 0 Cannot find paired reads RUN CMD: inner_distance.py -i /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/3.map/hisat2/DL125NS2.bam  -r /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed  -o DL125NS2_i...

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

...命令tar -jxvf samtools-1.6.tar.bz2解压下载的压缩包，最后使用make命令就可以了。

文章 linux下替换文件中的换行符

之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令，实现替换file文本...

文章 linux处理fasta和fastq序列

...print > f}' input.fasta （3）fastq转换成fasta序列 zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa（4）fastq统计条数zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))（5）fasta序列的数量grep -c "^>" reads.fa（6）某个短...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

注释基因组文件 contig.gff  或者 scaffold.gff  to  chromosome gff python3  -m jcvi.formats.chain fromagp genome.final.agp contig.fa  genome.fa 得到：genome.final.chain  再用 liftover转换：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver liftOver -gff con...

文章 Upset图绘制

...域。 读入文件 mydata<-read.table("Venn1.txt",header=T,fill=T,check.names=FALSE,row.names = 1,na.strings="")mydata <- mydata[rowSums(mydata) != 0, ]tail(mydata) 文件格式 all_deg_id    CK_vs_A    CK_vs_B    CK_vs_C    CK_vs_D    CK_vs_EENSRNA049471043    1...

问题 16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

...a \     --p-trim-length 400 \     --p-sample-stats \     --p-jobs-to-start 10 \     --p-min-reads 2 \     --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \     --o-table deblur-table.qza \     --o-stats deblur-stats.qza There was a problem loading '../01.import_data/dem...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

...nes processed.500000 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao2000001 does not contain a 'gene_id' attribute  [Exception type: ValueError, raised in count.py:...

问题 重测序分析

... -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ #   --genomicsdb-workspace-path db -V p1.g.vcf.gz -V p2.g.vcf.gz -V pool1.g.vcf.gz -V pool2.g.vcf.gz #样本太多,可以输入列表 cd $workdir/4.snp_indel/GATK #生成列表 ls *g.vcf.gz |wh...

文章 braker软件运行报错

... while loading shared libraries: libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory yum install libstdc++.so.6 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族...

文章 linux使用ossutil下载阿里云数据

...径。 如果设置为其他路径，在使用命令时需要将--config-file选项设置为该路径） 这里我们输入.ossutilconfig 2.设置语言 之后会提示设置语言CH或EN。工具使用的语言默认与操作系统保持一致。 此处点击回车即可 3.输入endpoi...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

...参考： Species tree construction and gene family expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota or Ascomycota were used in the phylogenetic analysis. The protein sequences of these 26 fungi were compared by BLASTP with e-value < 1e-5 and hit number &...

问题 请教GEMMA安装报错怎么解决？

...-AMD64.gz Resolving github.com (github.com)... 20.205.243.166 Connecting to github.com (github.com)|20.205.243.166|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 200 OK Length: unspecified [text/html] Saving to: ‘gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz’ gemma-0.98.5-linux-static-A...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...rn = TRUE) :   running command 'timedatectl' had status 1 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 50 did not have 5 elements Calls: read.table -> scan Execution halted 附件中是我的feature_table_tax_L3.txt以及尝试过的解决方案...

问题 有关MeV软件分析K-Mean clustering的问题

...？准备的文件只能是txt格式吗，excel表格可以吗？ 2.选择file/load data后，还需要选择Load Annotation Data，软件中自带的可供选择的物种中没有我需要的，因此需要自己准备annotation文件，选择load from local file（下图）。那么这个annotati...