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文章 OTUtable标准化方法

...zed_otu_table.biom -o  normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table1.txt --to-tsv --header-key taxonomy#去掉只有界注释的OTUgrep -v 'k; _; _; B; a; c; t; e; r; i; a'  normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table1.txt >normalized_otu_css/CSS_normalized_otu_table.txt#注意biom格式转变 j...

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...征值（annotation values）统计分布 One of the most helpful ways to approach hard-filtering is to visualize the distribution of annotation values for a truth set called using a particular pipeline. These distributions are sharped by both the pipeline methodology and the underlying physical ...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...r:-id         blast.out                    <infile>     must be given-out          outfile                        <outfile>        must be given-fa genome fasta file <infile>must be given                 -miR...

问题 Linux安装anaconda后，加载镜像包，提示失败

...  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main zsh: no such file or directory: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main manager@bl8vbox[manager]   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free zsh: no such file or directory: https://mirrors.tuna.tsinghua...

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

...ID,但提取的是mRNA的ID 所以我想修改perl脚本（geneid_to_mRNAid.pl） 当我把if($tmp[2] =~/mRNA中的mRNA改为cds时， 显示 当我把里面的全部mRNA全都改为cds时 显示   请问该如何修改脚本，可以得到基因对应cds的 ID呢 ...

文章 进化树中bootstrap值设置

...le=numeric设置bootstrap值的显示类型值为[numeric,rect,circle,star,check,triangle]中的一个；默认为numericsize=10设置bootstrap值的字号或形状的直径取值为0或整数，默认为10color=red or color=red:blue设置bootstrap值的填充色或形状的边框色取值为颜色...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

... seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard log file: seqcl_all_transcripts.fasta.log  Error log file:    err_seqcl_all_transcripts.fasta.log  Using 10 CPUs for cleaning -= Rebuilding all_transcripts.fasta cdb index =-  Launching actual cleaning process:  psx -p...

文章 grep 同时满足多个关键字和满足任意关键字

...的方式。 搜索任意关键字 ① grep -E "word1|word2|word3"   file.txt    满足任意条件（word1、word2和word3之一）将匹配。 同时满足多个关键字 ② grep word1 file.txt | grep word2 |grep word3    必须同时满足三个条件（word1、word2和word3）...

文章 STAR比对软件的使用

...dobin/STAR/archive/2.7.3a.tar.gz tar -xvzf 2.7.3a.tar.gz cd STAR/source make STAR 2. STAR的使用 分为两部分：建索引和序列比对 （1）建索引 STAR --runThreadN 6 \ --runMode genomeGenerate \ --genomeDir GRCm38 \ --genomeFastaFiles GRCm38.p5.genome.fa  \ --sjdbGTFfile...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139829&format=file" -O GSE139829_RAW.tar #解包 tar xvf GSE139829_RAW.tar #不同批量重命名文件，并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do mkdi...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE161529&format=file" -O GSE161529_RAW.tar wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE161nnn/GSE161529/suppl/GSE161529%5Ffeatures.tsv.gz" -O GSE161529_features.tsv.gz​ #解压 tar xvf GSE161529_RAW.tar #由于数据是分开的...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

... 17 MB and contains two columns: the protein's gi and taxid. #Divisions file (division.dmp): # division id -- taxonomy database division id # division cde -- GenBank division code (three characters) # division name -- e.g. BCT, PLN, VRT, MAM, PRI... # comments #0 | BCT ...

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

...ng production.cloudflare.docker.com:443 with direct connection: connecting to 104.18.122.25:443: dial tcp 104.18.122.25:443: connectex: A connection attempt failed because the connected party did not properly respond after a period of time, or established connection failed because connected host has...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...例数据。 下载时需进行注册，提交邮箱信息方便license file文件下载，并将下载的MapChart.lic添加到安装路径，以免影响软件使用。 准备数据 整理染色体的名称、长度信息，以及染色体上需要标注的基因的位置信息，只需要填写...

文章 1000G千人基因组计划人群缩写对照表

...来源：http://www.internationalgenome.org/faq/which-populations-are-part-your-study/