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文章 获取关系矩阵（WGCNA)

...，包括关系矩阵cor以及p值矩阵等等。。。 > correlation_pvalueDat1=corAndPvalue(dat1,method="pearson",use="p")> correlation_pvalueDat1$cor            A           B           C          D           E          F ...

文章 MEME使用参数说明

...列文件，必须是Pearson/FASTA格式，文件格式示例： >ICYA_MANSE INSECTICYANIN A FORM (BLUE BILIPROTEIN) GDIFYPGYCPDVKPVNDFDLSAFAGAWHEIAK LPLENENQGKCTIAEYKYDGKKASVYNSFVSNGVKEYMEGDLEIAPDA >LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDI QKVAGTWYSLAMA...

文章 flowCore R包安装报错

...cpp:4: /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/BH/include/boost/get_pointer.hpp:48:40: warning: ‘template<class> class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]  template<class T> T * get_pointer(std::auto_ptr<T> const& p)                 ...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

...l indexed data (same as showed in the data portal). clinical <-GDCquery_clinic(project = "TCGA-STAD", type = "clinical")write.csv(clinical, file = 'TCGA-STAD_Clinical.csv', row.names =F) 这种临床数据已经很全了，但是对于有些癌种，有些临床数据是没有的，比如Gleas...

文章 植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman

...过程只需要导入图片即可。例如此处导入Chloroplast Plas Ti_microarray pathway （具体导入过程见下图），使Custom Arrays分类增加了一个pathway信息。 Mappings，官网提供了几种模式植物的Mappings文件，软件自动下载的格式一般是m02文件，...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...据变换、绘图和开发包安装、安装依赖、ggplot主题 package_list = c("grid","ggplot2","gridExtra","vegan","reshape2","readODS") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){      if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, ...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...escript get-silva-data \ --p-version '138' \     --p-target 'SSURef_NR99' \     --p-include-species-labels \     --o-silva-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs.qza \     --o-silva-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax.qza 这个代码自动获取 99相似性的序列和分类信息，...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...file not in current directory, please check"  exit fi mkdir 04.time_tree_pep cd 04.time_tree_pep #选择一个满意的树 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.cds.raxml.support species.tre #准备数据 ln -s ../03.Phylo_Tree/single_copy.cds_msa.4d.fasta . ln -s ../03.Phylo_Tree/single_co...

文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...ATH=$(pwd)/bin:\$PATH\nexport PYTHONPATH=$(pwd)/lib:\$PYTHONPATH\nexport LD_LIBRARY_PATH=$(pwd)/lib:\$LD_LIBRARY_PATH\n" >> venv-cactus-v2.9.9/bin/activate 进行配置： # 激活环境source venv-cactus-v2.9.9/bin/activate# 执行一些下载的指令python3 -m pip install -U setuptools pi...

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...草图（文章链接：https://www.researchgate.net/publication/303551846_Genetic_Mapping_of_Millions_of_SNPs_in_Safflower_Carthamus_tinctorius_L_via_Whole_Genome_Re-sequencing），该草图仅建一个小片段文库，测序深度21×，参考价值较差；红花主要有效成分为黄酮类...

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

...的代码为 #基因组信息下载到服务器/home/us024/Imranrnaseq/my_rnaseq/ref wget https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-61/fasta/oryza_sativa/dna/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa.gz wget https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-61/gff3/oryza_sativa...

文章 R语言-Cox比例风险模型

...survfit(res.cox), data = lung, palette = "#2E9FDF", ggtheme = theme_minimal(), legend = "none") Cox_model 如果想单独看一下上面这个Cox模型中某个因素（协变量）的预测可视化图，教程中则是将其他两个因素（协变量）做些处理： In this case, we ...

问题 老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

...1366")library(sna)cor.data<-read.table("soil20231205 Pearson Correlation_0.890 4 R.txt",sep="\t")cor.matrix<-as.matrix(cor.data)node.degree = degree(cor.matrix,cmode="indegree")node.betw = betweenness(cor.matrix,cmode="undirected")node.stress = stresscent(cor.matrix,cmode="undirected")node.evc...

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...它地址下创建文件夹作为工作目录，这里以官网文档的my_orthomcl_dir为例。把/doc/OrthoMCLEngine/Main/orthomcl.config.template文件复制到my_orthomcl_dir下，命令如下：[路径：解压后的orthomclSoftware-v2.0.9] mkdir my_orthomcl_dircp /doc/OrthoMCLEngine/Main/orth...

文章 肿瘤的TNM分期讲解（stage）

...A数据库中临床数据的TNM分期，及病理分期如下： submitter_idajcc_pathologic_najcc_pathologic_majcc_pathologic_stageajcc_pathologic_tTCGA-3M-AB46N0MXStage IBT2bTCGA-3M-AB47N2MXStage IIIBT3TCGA-B7-5816N0M0Stage IIBT4aTCGA-B7-5818N0M0Stage IBT2TCGA-B7-A5TIN3M0Stage IIICT4TCGA-B7-A5TJN...