找到约 15 条结果

问题 基因家族分析文章：筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白，而不是蛋白组数据库？

各位老师，我基因家族分析的文章被审稿人问道：It is not clear to me why authors search protein from the genome, not proteome. Moreover, the authors should underline that their results report the finding of candidate genes encoding protein and not ...

文章 碰到奇葩审稿人怎么办？这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊！

...感谢一下， 或者口是心非的来个The authors thank the reviewer for xx， 照着人家的要求来就是，比较，发表最重要。 情况2：实在超出自己文章的能力范围的问题让你去修改： 一定要和颜悦色的解释： 受当时条件限制，xx没有做，...

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error in datk[c(startG:endG), ] <- foreach(t = actualThreads, .combine = rbind) %dopar%  :    被替换的项目不是替换值长度的倍数 谢...

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

...代码 RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna   -source  -no_is -pa ${threads} -s -lib allRepeats.final.lib contig.fa# -e rmblast 指定搜索引擎为rmblast，还可以选择crossmatch、abblast或者hmmer# -species "Danio rerio" 指定物种为斑马鱼，物种名必须在NCBI物...

问题 R安装包报错ERROR: failed to lock directory

ERROR: failed to lock directory ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library’ for modifying Try removing ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library/00LOCK-stringi’

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...嵌合体，截去接头序列降噪生成feature table 一步完成 cd $workdir mkdir dada2 echo dada2 start date cd dada2 qiime dada2 denoise-paired \ --i-demultiplexed-seqs $workdir/demux.qza \ --p-n-threads 1 \ --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 \ --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-l...

问题 请教老师，Gemma分析时的报错问题？

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

问题 老师您好，今天利用docker进行基因家族分析进入组学大讲堂虚拟机时报错，之前一直正常

...iguration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running. See 'C:\Program Files\Docker\Docker\resources\bin\docker.exe run --help'.

问题 用TBtools做基因结构，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来

...重: null java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "java.util.ArrayList.iterator()" because "SeqDomainInfoArr" is null at biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult.postGraph(DrawMotifPatternFromMEMEResult.java:1055) at biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawAm...

问题 sam 转换成bam 格式并排序时，没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

...道demo数据是否是链特异性文库，所以也就没去设置（RF or FR）。也不会设置。 所以，是不是文库设置这里出问题了？导致后面的sam转换成bam不成功？ …………………………………………………………………… 查看normal_re...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

... "生育日数(天)"    ,                   "株高"      )for (i in traits){  mydata[,i]=as.double(mydata[,i])}SD=round(apply(mydata[,traits],2,sd),2)MEAN=round(apply(mydata[,traits],2,mean),2)RANGE=round(apply(mydata[,traits],2,range),2)CV=round(SD/MEAN*100,2)H=round(diversity(myda...

问题 请问老师为何绘制snp密度图报错？

...o.vcf -b 500000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, qu...

问题 Error running system command:

...system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/my_reseq/4.snp_indel/all.clean.snp.vcf.gz > /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 5099177 lines from VCF file NOTICE: A total of 5099109 locus in VCF file passed QC threshold...

文章 生命大数据

...秉承“共享、共为”的精神，议程涵盖三大主题：Big Data for Life （生命大数据）、Cloud Computing for Omics（生物信息云计算）、Artificial Intelligence & Bio-Intelligence（人工智能与生物智能）。各大主题下又将有哪些不可错过的精彩演...

文章 用Perl一次性读入文件全部内容

...通过重定义分隔符$/来完成一次性读入： open FILE,"1.txt" or die $!;{        local $/=undef;   #//用local是为了在其他时候用到分隔符时，不会出错        $content= <FILE>;        close FILE;} 分隔符$/默认是回车，在这里我...