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问题 OMIM数据库位置信息是hg19/GRCH37还是hg38/GRCH38为参考的？

What reference assembly does OMIM use for the genomic coordinates?

问题 群体结构分析时，执行代码报错

...p，报错：WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index pophelper v2.3.1 ready. Error in plotQ(qlist, imgout...

问题 进行阿尔法多样性分析是报错

for i in  goods_coverage  observed_species PD_whole_tree  shannon simpson;do        alpha_compare_stat.r -i alpha_div_index.txt --index $i \             --group Group -f $fastmap -o alpha_diversity_stat         alpha_compare_plot.r -i alpha_div_index.txt -I $i -f $fastmap   \ ...

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

...ault: 0.1 ]  -t top, --top top                        top NES for barplot [optional, default:10 ]  -n prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file...

文章 批量提取excel 中超链接，批量下载网站上的文件

...复制粘贴到excel，批量获取链接： 宏代码： Sub test()For Each cell In Range("A1:A32")cell.Offset(0, 1) = cell.Hyperlinks(1).AddressNextEnd Sub 具体操作方法：https://jingyan.baidu.com/article/02027811a089d65acc9ce5ef.html 地址有规律也可以用通配符； curl -...

文章 用Perl一次性读入文件全部内容

...通过重定义分隔符$/来完成一次性读入： open FILE,"1.txt" or die $!;{        local $/=undef;   #//用local是为了在其他时候用到分隔符时，不会出错        $content= <FILE>;        close FILE;} 分隔符$/默认是回车，在这里我...

文章 人类基因组版本说明：hg19 b37 grch37

基因组介绍:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890951-Human-genome-reference-builds-GRCh38-or-hg38-b37-hg19  基因组下载这里：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890711-GRCh37-hg19-b37-humanG1Kv37-Human-Reference-Discrepancies  hg19 (ucsc.hg...

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

...--variate variate [variate ...]                        variate for box [required]  -g group, --group group                        group name from metadata to test[required]  -b groupby, --groupby groupby                        main group name from metadata to su...

文章 蛋白质等电点的计算

...ein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列，计算等电点 for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"): p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq)) # 等电点的计算函数是：isoelectric_point print(seq_record.id + '\t' + str(p.isoelectric_point()))

文章 svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Manager is deprecated and will be removed in a future release at java.base/java.lang.System.setSecurityManager(Sys...

文章 GGEbioplot分析种质资源在不同环境下的丰产性与稳定性

...越长，区分能力越强。 1.3 哪个品种在哪个地点表现好 which won where 这张图主要是按照品种与环境的互作来说明各地点产量最高的品种。 把各个方向上距离最远的点用直线连接起来，构成一个多边形，通过中心对每条边做垂线...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

...关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多，而且能结合二代和三代的数据一起分析： 1.  环装RNA的分析 2. 转录起始位点的分析 3. 新...

问题 在GDC数据库下载数据出错

...tory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basen...

问题 进行bugbase运行时候老报错

..._closed_reference_otus/fastmap.txt  -c loc -o bugbase_loc --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language:  --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 [1] "Loading Inputs....

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

Error, no sequence for Scaffold1 at /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl line 84. 应该如何解决？代码与报错如下， 我的基因组gff文件是这样的，我看课程示例文件是ID=XX;Parent=xx,是因为这个才提取不出来吗