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文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...自基因组上多种基因结构。 环状RNA的主要类型 1annot_exon：环状RNA的剪切点位于基因的一个外显子的起始和另一个外显子的终止（如B）2one_exon：环状RNA位于基因的某一个外显子内（如A）3exon_intron：环状RNA的剪切点之间位于基...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...（输入md5sum 加文件名） 代码如下（示例）： md5sum  D1-1_1.clean.fq.gz Mac 用户使用 md5 命令计算； Windows 用户使用第三方工具进行计算，例如 winmd5free、好压 2345。 3.上传数据 数据软件都准备好后，就可以上传了。打开FileZilla，...

文章 Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

... --dereference-recursive 同样，但跟踪所有符号链接--include=FILE_PATTERN  仅搜索匹配FILE_PATTERN的文件--exclude=FILE_PATTERN跳过匹配 FILE\_PATTERN 的文件和目录。--exclude-from=FILE 跳过任何文件模式匹配的文件。--exclude-dir=PATTERN 匹配 PATTERN 的目录...

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

...据进行宫颈癌biomarker鉴定。 数据来源 从GEO数据库下载GSE29570和GSE89657两个相同芯片型号（GPL6244: Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array）的数据，以其中49个癌症组织样和20个正常人体样本进行分析。以GSE52903、GSE7410两组GEO数据和oncomine数据...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...转载自以前一个同事，写得很好：http://blog.sina.com.cn/s/blog_14cce7aed0102vpha.html       MutMap+的原理如图1，将野生型（WT）诱变得到的突变型（M1）自交得到M2，因为诱变产生的突变型一般是杂合的，在M1中不会表现出突变表型（...

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂载

.../user/0/dev/sr0         57M   57M     0 100% /run/media/root/VBox_GAs_6.1.2/dev/sdb1       976M  2.6M  907M   1% /root/data 4.写入配置文件，让它开机自动挂载 方法1： 写入配置文件，让它开机自动挂载：/etc/fstab [root@centos7 ~]# echo "/dev/s...

问题 关于annover建库问题

[root@108189d98d67  07:48:18 /work/my_reseq/ref]# sh index.sh pearref.fa peargff.gff REF: pearref.fa GFF: peargff.gff GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx pearref.fa RNN CMD: picard CreateSequenceDictionary R=pearref.fa O=pearref.dict INFO    2024-04-21 07:49:38     Create...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总！

...ty)预测microRNA的靶标。 http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.htmlRNA22 RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。 http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.htmlmiRTarBase 一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

...ame=$expArr[$i]; $singleName=~s/\"//g; if($i==0) { push(@sampleName,"ID_REF"); } else { my @singleArr=split(/\_|\./,$singleName); push(@sampleName,$singleArr[0]); } } } else { my @expArr=split(/\t/,$exp);if($samp1e[4]>$p1){next;} for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++) { $expArr[$...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

...$singleName=$expArr[$i];$singleName=~s/\"//g;if($i==0){push(@sampleName,"ID_REF");}else{my @singleArr=split(/\_|\./,$singleName);push(@sampleName,$singleArr[0]);}}}else{my @expArr=split(/\t/,$exp);if($samp1e[4]>$p1){next;}for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++){$expArr[$i]=~s/\"//g;if($samp1e[5]>...

文章 linux命令详解之ls

...的所有文件列表[root@localhost ~]# ls -a . anaconda-ks.cfg .bash_logout .bashrc install.log .mysql_history satools .tcshrc .vimrc .. .bash_history .bash_profile .cshrc install.log.syslog .rnd .ssh .viminfo修改最后一次编辑的文件最近修改的...

文章 bam文件格式详解

... 链接：https://www.jianshu.com/p/50be38f6cbb8https://blog.csdn.net/qq_35696312/article/details/101760397

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

...点击search，就可以查询蛋白功能。 我们以高粱基因SORBI_3008G150300为例，搜索其在Uniprot数据库中的信息，如下图，页面默认显示Entry模式，页面显示内容包括：蛋白名称、物种来源、GO功能注释、亚细胞定位、组织特异性表达情况...

文章 在Windows系统中安装并使用seqkit工具

...              FASTA head is NCBI-style, e.g. >gi|110645304|ref|NC_002516.2|                                        Pseud...      --id-regexp string                regular expression for parsing ID (default "^(\\S+)\\s?")  -X, --infile-list string        ...

文章 正选择分析之 Site Models

...      Mgene = 0   * 0:rates, 1:separate; 2:pi, 3:kappa, 4:all    fix_kappa = 0   * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated        kappa = .3   * initial or fixed kappa    fix_omega = 0   * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate        omega = 1.3  * initial or fixed omega, for c...