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文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...嵌合体,截去接头序列降噪生成feature table 一步完成 cd $workdir mkdir dada2 echo dada2 start date cd dada2 qiime dada2 denoise-paired \ --i-demultiplexed-seqs $workdir/demux.qza \ --p-n-threads 1 \ --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 \ --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-l...

问题 请教老师,Gemma分析时的报错问题?

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

问题 老师您好,今天利用docker进行基因家族分析进入组学大讲堂虚拟机时报错,之前一直正常

...iguration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running. See 'C:\Program Files\Docker\Docker\resources\bin\docker.exe run --help'.

问题 sam 转换成bam 格式并排序时,没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

...道demo数据是否是链特异性文库,所以也就没去设置(RF or FR)。也不会设置。 所以,是不是文库设置这里出问题了?导致后面的sam转换成bam不成功? …………………………………………………………………… 查看normal_re...

问题 用TBtools做基因结构,使用他人电脑同样的数据能做出来,但我的电脑就是做不出来

...重: null java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "java.util.ArrayList.iterator()" because "SeqDomainInfoArr" is null at biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult.postGraph(DrawMotifPatternFromMEMEResult.java:1055) at biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawAm...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

... "生育日数(天)"    ,                   "株高"      )for (i in traits){  mydata[,i]=as.double(mydata[,i])}SD=round(apply(mydata[,traits],2,sd),2)MEAN=round(apply(mydata[,traits],2,mean),2)RANGE=round(apply(mydata[,traits],2,range),2)CV=round(SD/MEAN*100,2)H=round(diversity(myda...

问题 请问老师为何绘制snp密度图报错?

...o.vcf -b 500000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, qu...

问题 Error running system command:

...system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/my_reseq/4.snp_indel/all.clean.snp.vcf.gz > /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 5099177 lines from VCF file NOTICE: A total of 5099109 locus in VCF file passed QC threshold...

文章 生命大数据

...秉承“共享、共为”的精神,议程涵盖三大主题:Big Data for Life (生命大数据)、Cloud Computing for Omics(生物信息云计算)、Artificial Intelligence & Bio-Intelligence(人工智能与生物智能)。各大主题下又将有哪些不可错过的精彩演...

问题 bio-linux 挂载共享文件夹时报错No such device

manager@bl8vbox[manager] sudo mount -t vboxsf windows-share xu-share [sudo] password for manager:  /sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device

文章 Evolview:进化树设置标签的背景颜色

设置方法 导入进化树。点击Annotation upload → upload data for leaf background colors,填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列:location,color,commands,由制表符分隔。第三列可有可无。 l  第一列:可以是一个叶节点...

文章 R中的错误处理函数

...输入或状态符合预期。myFunction <- function(x) {  stopifnot(is.numeric(x), x > 0)  # 如果 x 不是数值类型或者不大于0,上面的代码会停止执行并抛出错误     ... has_na <- anyNA(marker_table(nested_results[[res_name]])$enrich_group) stopifnot(!has_n...

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

...41_A246_A356_A357_A375_A378_A379_A381_A406_A408_A409":"C_vs_W" } i=0 for dir_path, dir_names, file_names in os.walk(cwd): for file_name in file_names: p=os.path.join(dir_path,file_name) if len(file_name)>100: m=re.match(r'(.+_vs_[^\.]+)', file_name...

文章 shuf 随机抽取txt文件的行到新文件 linux命令

...output lines can be repeated  -z, --zero-terminated     line delimiter is NUL, not newline      --help显示此帮助信息并退出

文章 分分钟教你绘制基因结构图!GSDS

...展现基因结构与系统进化关系。 地址:http://gsds.gao-lab.org/    ,点开就能使用,再也不用担心画图了! 如果网站打不开可看这里:https://www.omicsclass.com/article/1308 打开这个工具,它的界面如下: 1、输入数据类型 绘图的输...