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文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...功能上说明问题。因此,从分子生态学角度出发,以整合分析的方法来解析发病土壤微生物群落的普遍性特征,有望能为更好地防控土传枯萎病提供解决方案。 数据收集 作者收集了世界上公开发表的大部分有关镰刀菌枯萎病...

问题 老师,我在做基因家族相关分析时,发现NCBI已上传的基因组注释全,规范,其它网站也没有收录,基因家族分析能通过转录组数据(无参有参数据都有)来分析

文章 使用Copilot自动在Rstudio中写代码

Github Copilot 是一个基于 OpenAI 的 GPT-3 技术的 RStudio 插件,帮助 R 语言开发者更快速、更高效地编写代码。这个插件可以根据你的输入提供智能的代码建议、自动补全和文档提示,从而加速编程过程并提高代码质量。通过结合...

问题 执行ALLHiC分组成功

执行下列命令行: k=5 #设置染色体数目,染色体基数为5 ALLHiC_partition -b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e DPNII -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites  #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## ...

文章 组学大讲堂征稿通知

...通篇翻译,需要提取重点,突出文章亮点; 2. 生物信息分析类 自研算法、流程、数据可视化软件等; 3. 分子实验类 高通量测序、蛋白质组代谢组等上/下游实验技能等; 4. 科研笔记类 科研项目经验、论文写作技巧、生信...

文章 2019年国自然结果分析,生命科学领域难度又又又增加了吗?

...,很多同志们还是跪了。。 一起来看看今年的总数据分析: 今年全国共有1400多家单位申报的项目获得立项,立项总数超42000项, 过绝大多数单位获批项目数少于50项。 上海交通大学依然高居第一! 说,上海交通大...

问题 基因家族成员命名问题

老师您好,在分析的时候我发现该物种的基因ID从小到大排序与染色体从小到大一致,比如基因ID 为1,2,3,4,5,他们分别分布的的染色体为chr5,chr2,chr4,chr3,chr1,这样的话我是按照基因在染色体的位置顺序命名,还是按...

文章 R语言绘图-绘制漂亮的数学公式或者拉丁字母等在图当中

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 顺式作用元件基础知识及预测

...喻,所以,在很多实验场景里我们都会进行顺式作用元件分析,这是一个非常基础、重要的实验技能! 顺势作用元件预测: 转录因子预测的原理是基于序列比对,识别转录因子识别并特异结合的目标基因旁侧的DNA序列(顺式...

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...据挖掘生物信息文章(宫颈癌)GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘?案例解析!免费领取生信课程(适合小白自学生信)《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》细述ceRNA网络研究思路TCGA数据挖掘文章-分析ceRNA的“...

问题 老师,想请教一下TCGA基因表达数据的问题,我从xena.ucsc网页上下了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv;然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ,没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换,却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID,想问下老师,这种情况该怎么处理?同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个?

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...o_confirm.fa###################################################结构域在在线数据库中确认##################################################将上面WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件中的蛋白序列,再手动验证一下,把需要的ID删除,最终确认的ID存成新文件:WRK...

文章 6分SCI(医学类)-按这个思路很好发!

我们最近推出了一门重现6分医学文章分析内容的课程《TCGA-甲基化生存分析》,下面通过一篇6分SCI文章跟大家介绍一下该课程内容。 该文章于2018年11月发表在Clin Epigenetics(IF=6.0)上,题目是《A five DNA methylation signature act as ...

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

...要意义。今天小编就来介绍如何用叶绿体基因做系统发育分析。 于已测序的物种,我们可以直接下基因组数据;而没有测序的物种就需要转录组分析数据了。通常是多个物种一起进行分析的。以转录组数据为例,其步骤如下...

文章 IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析

...控关系,通过Cytoscape构建ceRNA网络,并通过其中的Cytohubba插件进行分析筛选hub ceRNA网络。4.对所筛选得到的子网络进行相关性分析,km分析,细胞定位分析,根据分析结果进一步选择潜在的预后模型。5.模型中的RNA结合临床特征进...