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文章 ncbi基因组数据格式转换

...T,">$opts{o}") || die "open $opts{o} failed\n";my %chr;my %gene;my %gene_mrna_num;my %mrna;my %mrna_exon_num;while(<IN>){if(/^#/){print OUT $_;next;}chomp; my @line = split("\t"); ########################################################################### if($line[2] eq "region"){if($line[...

问题 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

...4.0.0/gatk HaplotypeCaller -R genome.fasta -I LSL1.MD.bam -ERC GVCF -O LSL1_test.g.vcf --pcr-indel-model CONSERVATIVE --sample-ploidy 2 --min-base-quality-score 10 --kmer-size 10 --kmer-size 25 & 报错：6:41:18.277 INFO  HaplotypeCaller - Shutting down engine[4:41:18] org.broadinstitute.hell...

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

...li.com/video/BV1gV411k7Bs/?from=search&seid=5741158078848451253&spm_id_from=333.337.0.0&vd_source=ccfe6b6e7b1b5b1a790a358d48c6d36e            https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/122869720

文章 如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

...直接得到pve值的，直接使用数据即可 1.1 GLM模型 marker_Rsq 即R2值，即表型解释率PVE 1.2 MLM模型及CMLM模型 MarkerR2 即R2值，即表型解释率PVE 注意：标记的R2（即表型的解释率），因为做的是单标记检验，每个标记都是独立计...

问题 在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

table_annovar.pl ./ -buildver all_sample_INS_DEL.vcf.gz -out all_sample_INS_DEL -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput ##报错如下，all_sample_INS_DEL.vcf.gz和unknow相关文件见附件 归档.zip NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish ...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题，ggplot版本问题

(rnaseq) [yangxm@sonmi 5.deg]$ Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g normal_vs_tumor.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r normal --fdr 1 --fc 1.1 -p normal_vs_tumor Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR...

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

使用方法: Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -h usage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata -g group [-a additive [additive ...]] ...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

...机制将有助于疾病的治疗。数据来源 通过GEO数据库下载GSE50161数据（34个肿瘤样本/13个正常对照样本）利用WGCNA，筛选hub基因。通过TCGA下载了148个样品的表达数据和临床数据，对hub基因进行生存分析，从而验证结果并筛选Biomarker...

文章 轻松下载k8s.gcr.io，gcr.io，quay.io镜像

....系统环境CentOS Linux release 7.4.1708 (Core)Docker version 20.10.12x86_64二.前言在云计算和云原生的环境下，不可避免的会使用很多镜像创建容器，其中有些镜像只有谷歌镜像仓库才有，但是国内不可以直接下载谷歌仓库的镜像，下面推荐...

文章 mysql 查询select语句汇总

... create table students( id int unsigned primary key auto_increment not null, name varchar(20) default '', age tinyint unsigned default 0, height decimal(5,2), gender enum('男','女','人妖','保密'), cls_id int unsigned defa...

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...位置与基因的关系：（exonic, splicing, UTR5, UTR3, intronic, ncRNA_exonic, ncRNA_intronic, ncRNA_UTR3, ncRNA_UTR5, ncRNA _splicing, upstream, downstream, intergenic）。一般会关注编码蛋白基因外显子上的非同义突变，移码突变，引起剪切改变splicing突变，stopg...

文章 RNA-seq发文必备技能——GEO数据库上传

...界面的右栏创建一个自己的目录（如下图路径目录/20180124_cici)，打开对应的目录，拖动界面左栏准备好的所有文件，直接移动到右栏中（如下图），就开始进行数据的上传了。保证网络正常就可以完成相应的上传工作（如果数据...

文章 linux系统当中源码安装R，无root权限安装

...ft/zlib make make install2.安装bzipcd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so 修改Makefile 中的PREFIX=/share/work/biosoft/bzip2 make && make install3.安装liblzma5.0.3版本及以上cd xz-5.2.3 ./configure -prefix=/share/work/biosoft/xz make make install4.安装pcretar -zxvf pcre-8.41....

文章 R语言如何绘制MA图

...。 MA图绘制 首先准备如下数据： 第一列为基因ID，*_FPKM为样品FPKM值（列名必须包含"FPKM"），第四列为FDR，第五列为log2FC，第六列为基因上下调信息。 然后，我们使用R语言来绘制MA图，代码如下： ### load libraryrequire(ggplot2)...

文章 blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）

...表头，一个带表头，使用方法如下： blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp20.out 输出结果表格如下： Query id  Subject id  % identity  alignment length  mismatches  gap openings...