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问题 想请教一下,conet网络构建的课程,用提供的数据文件分析完全可以,但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式,并把数据形式改成和课程提供数据完全一样,再转化成txt制表符文件格式后输入,选择第二选项(由biom格式转化来的文件),结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入,选择第三选项(biom HDF5格式,还是报错)。这是什么问题呢?

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

...的代码就可以照抄分析,提高分析数据效率,今天是第1数据,后续还有数据慢慢给大家分享: 数据介绍:GSE192575 来自谷歌翻译: 基于顺铂的化疗是不可切除膀胱癌最常见的治疗方法,并且也越来越多地用作手术和放疗之...

文章 转录组必备说明书!

...的结果文件的时候,一定会想:这怎么下手?!如果再配说明书该多好啊! “说明书”应该具备的作用 一份合格的“说明书”应该能够让0基础的同学看懂庞杂的数据结果,知道结果背后的生物学意义,解决“是什么”的问...

文章 正则表达式

...向引用,即捕获组行为。     反向引用写法为\1 \2 ...或\g{1} \g{2} ...,相应的数字表示对应顺序的捕获组     例如:    $_="abba";      if (/(.)\1/){ #(.)\1表明会匹配两同样的字符。      print "bb";    }     反向引用不必紧...

文章 R语言数据整理——tidyr包

tidyr主要提供了一类似Excel中数据透视表(pivot table)的功能 tidyr包主要涉及: 1)长宽数据转换    gather-把宽度较大的数据转换成一更长的形式,它类比于从reshape2包中融合函数的功能   spread-把长的数据转换成一更...

问题 请问老师,我做油菜的一基因家族,共线性分析没有加倍的基因,发文章会有影响码?

做了四植物,只有一有4基因加倍,其他都没有加倍的。发文章影响吗?

问题 基因家族启动子顺势作用元件预测网站plantcare对昆虫适用嘛?

...析? 此外还想请教一下根据mitof分析结果可以看到在一基因位置基因id:9852 发生了2拷贝,这种情况需要把这基因拆成2吗?9852在基因组注释结果里是1基因,中间没有终止密码子。 或者在命名的时候命名为9852_1, 9852_2?...

文章 大专、本科、研究生......你知道你的学历超过了多少人吗?

...9008万), 全国博士仅有80万(1978年至2017年之和), 这比例仅仅只有万分之五点七即5.7‱! 将一万人扔到操场上,正好可以站满标准操场, 但满场人头中找出的博士却只够站五人颁奖台, 而我站在操场的人群中,甚...

文章 RDA CCA 分析

...y.omicsclass.com/index 典范冗余分析(Redundancy analysis, RDA) 多解释变量如何解释多响应变量---用RDA分析 分析步骤     ①Y, X矩阵都是中心化后的响应/解释变量矩阵     ②Y矩阵中每响应变量与所有解释变量的多元回归,获...

文章 人类基因组版本说明:hg19 b37 grch37

基因组介绍:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890951-Human-genome-reference-builds-GRCh38-or-hg38-b37-hg19  基因组下载这里:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890711-GRCh37-hg19-b37-humanG1Kv37-Human-Reference-Discrepancies  hg19 (ucsc.hg...

文章 6分SCI(医学类)-按这思路很好发!

...位点进行单因素Cox分析和多因素的Cox分析,最终构建了一含有5甲基化位点的预后预测模型。5甲基化位点的模型信息如下: 从模型中可见cg13652336, cg25123470和cg06038133为风险因子,而cg05254747 and cg04907664为保护因子。 模型...

文章 SNP指纹图谱软件SNPT

...最少的SNP数据区分尽量多的样品,也就是指纹图谱DNA fingerprinting。这里介绍一软件可以做这事情: SNPT下载地址:http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt 这软件可以做的分析: Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);Calc...

文章 如何有效利用企业资源,发挥Scrum最大优势?

...作可以提供相当丰富的信息。如果各团队没有想通过合作更好的实现企业目标的意愿(不仅仅是实现部门或团队的目标),这将会对团队认同感和团队流程维度产生很大影响。企业在不同领域衡量成功的标准往往会影响到产品价...

文章 heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果

使用参数说明: $ Rscript  heatmap_group_plot.r -husage: heatmap_group_plot.r [-h] -i filepath -m                                                          filepath -g group                                                          ...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...本T检核与独立样本T检验的区别。单独样本T检验(One-Samples T Test)用于进行样本所在总体均数与已知总体均数的比较,独立样本T检验(Independent-Samples T Test)用于进行两样本均数的比较。 3.R实例  —————————#单样本T...