找到约 15 条结果

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗？

...used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1G01020.4transcript:AT1G0...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...       genome fasta file    <infile>    must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}$opts{n} ||= 2000; my $n = $opts{n};my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() )...

文章 R语言apply批量进行t.test

...1.96 2.71  6.11TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45> dim(data)[1] 2000    6 基本函数为t.test()，并提取出返回值p.value，最终将所有p.value赋值给pvalue向量 pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value) 返...

文章 perl对文件夹处理

...ame=readdir(DIR))){open (FILE, "/home/bmk/".$filename)|| die "can not open the file $filenamen";open (OUT, ">/home/bmk/$filename.bak")|| die "can not open the $filename.bakn";while (<FILE>){print  OUT "$_";}}

文章 TCGA数据发表5分文章

...章“A 15-long non-coding RNA signature to improve prognosis prediction of cervical squamous cell carcinoma”。 研究思路 该文章的研究目的是找到宫颈鳞癌生存相关的biomarker，构建生存分析相关模型，为疾病的治疗和预后进行指导。首先来看一下文...

文章 教你在线绘制circos图-简单！

...     0.506365321669611       0.596887241236994       0.457528142134733Arcobacteraceae 0.000329490484604467    0.017913387252098       0.000426249200782749Bacteroidaceae  0.0175209280769342      0.0455871811395347      0.352221339584988Dysgonomonadaceae ...

文章 perl中的列表与数组

...： (17, $var, "a string")(17, 26 << 2)(17, $var1 + $var2)($value, "The answer is $value") 二、数组--列表的存贮 列表存贮于数组变量中，与简单变量不同，数组变量以字符"@"打头，如： @array = (1, 2, 3); 注：  (1)数组变量创建时初始值为...

问题 泛基因家族分析cds提取出现killed

...ot 466M Dec 20 16:48 AD4.longest_isoform.gff3 [root@c4bf00d21ba0  09:45:29 /work/01.cotton_data_prepare]# /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.AD4.longest_isoform.gff3 --fasta ./${ind}AD4_JGI.genome.fa.gz --seqType CDS >./${ind}.cds.fa Kil...

文章 比较3种差别表达方法对TCGA转录组数据的分析

...用“TCGA-CHOL” 癌症的转录组数据进行分析，该数据集有45份样本，其中36份癌症组装，9份癌旁组织。分析采用edgeR, DESeq2, limma 进行差异分析。 1. 上调基因绘制韦恩图 2 下调基因绘制韦恩图 3. 差异表达基因绘制韦恩图 从...

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) 的冬枣中扩展蛋白家族（expansin gene family）分析文章，一起来看一看，基因家族需要做哪些分析就能发2区的期刊！原文献...

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental...

文章 利用awk 对某一列数据取对数

...行计算，第一行直接输出或跳过皆可） [raop@cluster  13:45:13 /share/nas1/raop/project]$cat test.xlsGene    FCA       2B       1.5C       0.3D       10 对数据第一行NR==1 变形输出 Gene\tlog2(FC) 对数据其他行NR!=1 第二列进行...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章，内容难易适中，很有代表性，那就让我们一起看一看，6个转录组样本，每个重复3次，是如何发到BMC Ge...

问题 在做叶绿体组装时，出现了如下错误，该如何解决呢

...//github.com/Kinggerm/GetOrganelle/wiki/FAQ      66 Secondly, check if there are open/closed issues related at https://githu      67 If your problem was still not solved,      68   please open an issue at https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle/issue      69   please provide the...

问题 使用circos对共线性结果进行美化，染色体的标签名字发生重叠，调整了参数也不起效，该如何调整？

... label_parallel=yes label_radius=dims(image,radius)-60p label_size=45 radius=0.5r #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围 show_label=yes <spacing> default=0.005r </spacing> stroke_color=dgrey stroke_thickness=2p thickness=0.03r</...