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问题 为什么在Rstudio画图显示?

WGCNA分析,按照代码输入后,对样品进行层次聚类,代码运行没有问题,就是显示图片。这个该如何解决?

文章 rgb函数选择颜色(并控制深浅)

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

问题 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID,得到了家族成员列表,后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者,后续文件提取成功。如果只有家族成员ID,没有hmmsearch的输出文件,后续的基因家族分析怎么做

文章 2018年最新期刊分区变动(1-4区)+2018影响因子汇总表-生命科学类免费下

...,会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通畅的个性化分析,求人如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这...

问题 单细胞拎亚群后重新聚类分析,需要重新整合吗

有点理解06.subset的代码,重新分析和03. seurat_cluster的代码很一样,用选integration的方法,也用设置resolution和dimension。是因为rds文件已经包含了嘛?看运行过程,在reanalysis的时候,runpca前还是用log-transformation标准化了一...

文章 重磅!2018年最新期刊分区变动(1-4区)+2018影响因子汇总表-生命科学类免费下

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文章 SCP FeatureDimPlot 报错

...P Seurat V5 支持好,我们把V5的seurat文件的“RNA”改成以前版本的Assay,然后修改默认Assay为转换后的,这也影响原来的,要用回原来的可以直接再修改一次默认Assay就好。 obj[["RNA4"]] <- as(object = obj[["RNA"]], Class = "Assay")DefaultAssa...

文章 技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一个!

...cn/agriGO/index.php)是一个主要针对植物类以及部分动物的GO分析网站,此外,网站还涉及物种相关的数据可供用户下。而用户选择的分析包括Singular Enrichment Analysis (SEA)、 PAGE (Parametric Analysis of Gene set Enrichment)、 BLAST4ID (Transfer IDs ...

文章 批次效应移除算法

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件...

问题 在做WGCNA分析时,已经找到最相关的模块,想要用其中的lncRNA和基因根据pearson's correlation coefficients做一个热图(行为lncRNA,列为基因),但是根据 课程的代码并没有看见这部分计算的结果在哪里,知道这个pearson's correlation coefficients如何计算?谢谢~

文章 OPLS-DA分析

OPLS-DA分析,全称正交偏最小二乘法判别分析(OrthogonalPartialLeast Squares-DiscriminantAnalysis),它是在PLS-DA分析方法基础上,加入了正交变换的矫正,能够将X矩阵分解成与Y相关和相关的两类信息,通过去除相关的差异来筛选差异...

文章 monocle3分析结果解读

...动态变化。可能有的小伙伴有疑问了,为什么叫做伪时序分析呢?如果想要得到细胞分化轨迹,分化的时序分析,理论上的做法是设置多个时间点,每个时间点取一次样,进行测序以及后续的分析。但是这种方法很难做,而且费...

文章 如何计算基因组中的连锁平衡

...量敏感,但能更好地反映位点间的预测能力,比如在关联分析中,r²高说明一个位点能较好地代表另一个位点。在实际的数据分析中,D'可能更适合用于确定历史重组事件,因为它能反映是否存在完全的连锁平衡,可能用于识...

问题 最近在学习RNAseq有参转录组数据自主分析,在学习基因表达差异分析这一环节时出现了如下问题,应该是脚本的问题,具体问题如下

出现上述问题后,回到脚本,发现样本名称一样,于是改成了我自己的样本"Carambola_T01","Carambola_T02","Carambola_T03",再运行,但是又产生新的问题,如下,然后就知道如何修改了                                           ...

文章 芯片差异分析分组矩阵

利用limma 包进行芯片数据差异分析,需要按照分组信息构建分组矩阵,基于model.matrix函数完成,获得的分组矩阵结构类似下方显示结果: > design           A BGSM1626001 1 0GSM1626002 1 0GSM1626003 1 0GSM1626010 0 1GSM1626011 0 1...