...的变化，如何跟表型相关联，需要多思考，查查文献 3. 筛选条件要灵活 很多人对差异分析的条件都坚定不移，Fold Change 必须有2倍的差异， FDR 必须小于0.01， 这样才能发文章。数据是死的，人是活的，要灵活变通。 4. 多关注...
...不减，实在是一类短平快发表论文的好思路。 小编近日搜索了下2019年1-3月期间在线发表的基因家族分析类文献，才发现原来短短3个月就已经发表了几百篇类似的文章了，小编整理了其中100+篇成EXCEL，并逐一下载原文献压缩成...
...肿瘤中日益广泛应用，肿瘤组织的基因测序及DNA序列分析已经不是瓶颈。基因研究的重点已从结构转向功能，技术需求同时对多个患者的肿瘤样本在同一水平进行免疫组织化学染色及原位杂交等操作。 传统的肿瘤组织切片处理...
...4=5542, n23=1242, n24=800043, n34=1011, n123=89, n124=953, n134=36, n234=81, n1234=28, #area1为集合1，n12为集合1和集合2的交集元素数量，以此类推 category =c("A","B","C","D"), #指定集合名称 filename = NULL, col =rep("black", 4), fill = c("cornflowerblue", "green...
...议购买厚厚的Linux书籍，太伤你的兴趣了。（网易云课堂搜索“组学大讲堂”有linux学习课程。） 2. 至少掌握一门高级编程语言 做生信，编程是避免不了的，初学者建议先学perl、Python等语言，简单而功能也够强大！（网易云课...
...步骤来预测蛋白质结构： 线程: I-TASSER首先使用线程技术搜索已知蛋白质结构的数据库，找到与目标蛋白质序列相似的模板。这一步是基于蛋白质结构更为保守的原理。结构装配: 使用模板匹配的片段构建蛋白质的初步三维结构...
...依据drv space = “free” 按照图形y轴，或x轴比例，自由分配空间 ~ a+b+c,ncol,nrow 相比于网格，更加手动化。能将图形设置成更加符合自身要求的图 scales = “fixed” x和y的标度在所用平面中都相同，在不同分面中进行固...
...ETs （BFS vs. CFS），具体见下图，实验基于根部差异分析共筛选出了237个DETs，而基于嫩芽组织共获得了188个DETs。 功能注释与富集 针对DETs进行了功能注释和富集分析，部分GO注释结果见下图，富集分析发现，涉及缺水响应 (GO: 000...
...，样本越多，网络就更加的稳健。 2. 基因是否需要进行筛选？ 2.1 一般对表达量低，在样本间变化不大的基因过滤掉。 2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行WGCNA分析， 因为差异表达的基因，就是的样本失去...
...径：d:\ 共享文件夹名称: d 然后勾选自动挂载和固定分配2.重启之后就有/d 然后你就可以在虚拟机中看到 /d 这个目录，目录中的文件也就是 windows系统中 D:\ 中的文件，挂在文件进docker 虚拟机：#重启 docker-machine restart default ...
...B到C一个连续的时间顺序。两个种是同科的，相对近缘。筛选差异基因的阈值相同，都选定为FDR<0.05 且 |log2FC|>1，即两倍的差异倍数。 1 得到的差异基因数量相差非常多，一个物种的差异基因只有一两百，而另一个物种的差...
...释时，PASA_assembly中，seqclean报错，使用的是docker的镜像，已添加export USER='me' 报错信息如下： /work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec seqclean running options: seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec Standard log file: seqcl_all_transcripts.fa...
1. 安装 前提：Linux系统中已安装有Python环境； 安装bypy库和requests库，安装方法如下： pip install requests -i https://pypi.doubanio.com/simple pip install bypy -i https://pypi.doubanio.com/simple 2. 授权 首先把数据上传到百度网盘，...
我现在研究的昆虫在NCBI上还没有完整的基因组，搜索我所研究的昆虫也几乎没有什么基因，但是同一个目 的昆虫有比较深入的研究了。这是前提。正在着手测基因组，但前期测了一个无参的转录组，从中挑选并得到一段序列，...
...子进行分析，并可以对转录因子进行富集分析，这就可以筛选出关键作用的转录因子。结果如下： 5. GO 富集分析 针对一组基因进行GO富集分析，分别从分子功能，细胞组份和生物过程3个方面进行功能富集分析。 ...