找到约 15 条结果

问题 R gsl 报错

...2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Ma...

文章 rockes7 共享目录设置

... 2.4 修改/etc/idmapd.conf 文件 注释掉: # absolute search base for (people) accounts#LDAP_people_base = <LDAP_base># absolute search base for groups#LDAP_group_base = <LDAP_base> 2.5 重启 autofs: systemctl restart autofssystemctl restart rpcidmapd 重启nfs  sy...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时,执行合并代码时候,报错。

...测序数据合并时,执行合并代码时候,出现这个问题:Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable ...

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

...er")[1] 1attr(,"scaled:scale")[1] 0> hclust(scale(A))Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :   missing value where TRUE/FALSE needed 此时检查数据是否存在此类问题即可 更多生物信息课程:https://stud...

问题 蛋白三维结构预测遇到问题:当在swiss-model中选择使用模板的方法时,在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...bers must occur in ascending order. That way, the structure does not apply for modelling 个人感觉是PDB文件是不是出现不标准,残基的排序有问题,需要重新排序,这样的话,应该怎么弄 Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be r...

问题 关于cd-hit这个去冗余工具参数的一些疑惑

我看网上大部分小伙伴用cd-hit 都没有用到-t这个参数 查看了他的帮助文档 意思是:tolerance for redundance, default 2. 没理解这是什么意思,请前辈们有空解一下惑,谢谢!

问题 安装了最新版本的eclipse之后,Eclipse Marketplace搜索不到perl插件

老师您好,下载了最新版的Eclipse IDE for Eclipse Committers包之后,Perl插件与它不兼容,请问这个应该怎么解决呢?

问题 SNP过滤问题

..... After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites No data left for analysis! Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢?代码是课上的代码:vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \    ...

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 : 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

文章 braker软件运行报错

...   重新安装以后还有如下类系错误 再继续安装包   error while loading shared libraries: libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory yum install libstdc++.so.6 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解...

问题 fastq-dump下载问题?

...lem persists, you may consider sending the file to 'sra@ncbi.nlm.nih.gov' for assistance. =============================================================

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

...l, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis [optional, default: log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)] -T title, --title title the label for main title [option...

文章 保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片

...savirus in monkey rectal swab and throat swab specimens in China: Proposal for Posaliviridae as a new family in Picornavirales》; Han Z, Song Y, Xiao J, Zhao X, Lu H, Zhang K, Jia S, Zhou J, Li J, Si F, Sun Q, Zhu S, Wang D, Yan D, Xu W, Fu X, Zhang Y. Monsavirus in monkey rectal swab and throat...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

...2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTUs are singletons, so the ACE " ValueError: The only rare OTUs are singletons, so the ACE metric is undefined. EstimateS suggests using bias-corrected Chao1 instead. 这是因为ace指数通...

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

NCBI (National Center for Biotechnology Information),是我们经常使用的数据库,其本身在数据以外也为我们提供了很多好用的小工具。病毒的基因组比较小,通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件,此时如果我们想获得病...