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文章 R语言基础入门—函数

...quares of numbers in sequence.new.function <- function(a) {   for(i in 1:a) {      b <- i^2      print(b)   }}     调用函数 # Create a function to print squares of numbers in sequence.new.function <- function(a) {   for(i in 1:a) {...

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

执行代码GDCdownload(query = query, method = 'client', directory = DataDirectory),R会先从GDC官网下载gdc-client工具压缩包,接着就报错了: Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api,也报错了: Error in GDCdownload.aux(server, ...

问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前,处理在后)。 选中样品之后,点击分组(control or tumour),例如案例中control选中了三个样品,tumour选中三个样品,具体见下图。 我看有的时tumor组在前,所以我先问问 这个比较的是肿瘤组处理对照组吧,那这个分组是...

问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前,处理在后)。 选中样品之后,点击分组(control or tumour),例如案例中control选中了三个样品,tumour选中三个样品,具体见下图。 我看有的时tumor组在前,所以我先问问 这个比较的是肿瘤组处理对照组吧,那这个分组是...

文章 如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

...范围内的期刊名称(注意:最好是简称),并新建一个word文档,然后右键选择性粘贴为文本(这里以影响因子大于30的为例); 第三、Ctrl+H打开Word的替换功能,把^p(换行符)全部替换为" [journal] or "; 第四、在替换好的文...

问题 老师您好!

...tory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basen...

文章 安装R包出现链接库缺失的问题

.../igraph.so':  libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory 如上面的报错,这个时候最简单的办法是通过locate查看是否存在链接库(linux里) locate libglpk.so/usr/local/lib/libglpk.so/usr/local/lib/libglpk.so.36/usr/local/lib/libglpk.so.36.1.2 ...

问题 进行16S分析时,对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...很多方法无法解决。###代码如下: mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #这里的type group  来自metadata文件     collapse_samples.py -b feature_table_tax.biom -m $metadata \         --collapse_fields $i --output_mapping_fp taxa_summary_group/group.$i.tx...

文章 easySFS的使用

...- isaacovercast/easySFS: Effective selection of population size projection for construction of the site frequency spectrum. Convert VCF to dadi/fastsimcoal style SFS for demographic analysis 2. 位点频谱(SFS)计算 - 简书 (jianshu.com)

问题 我在做T2T,docker下载T2T镜像错误

...nome-t2t:v1.0Resolving "omicsclass/genome-t2t" using unqualified-search registries (/etc/containers/registries.conf)Trying to pull docker.io/omicsclass/genome-t2t:v1.0...Error: initializing source docker://omicsclass/genome-t2t:v1.0: pinging container registry koq0g34v.mirror.aliyuncs.com: StatusCod...

文章 perl语言USAGE 标记

my $usage = <<USAGE;Description: main pipeline for metagenomic analysis based on IGC, version 2016aUSAGE USAGE 在这里通俗讲就是一个标记,它用来标记一段文字(一般都是多行的,省得编码麻烦,用"<<"加上一个标记就可以把一大段代码存入...

文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...快速重构方案。选中若干行,按Ctrl+1键可将此段代码放入for、while、if、do或try等代码块中。双击左括号(小括号、中括号、大括号),将选择括号内的所有内容。Alt+Enter显示当前选择资源(工程,or文件or文件)的属性 -----------Ctrl系...

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

...\  --resolution 0.5 -d 30 \  -p pbmc   -o pbmc 报错内容为:Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/gridExtra/R/gridExtra. rdb': No such file or directory Execution halted Error: failed to load sRGB colorspace file Fatal error: error during cleanup 想...

问题 pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3

...adapter.fasta文件,我将adapter作为输入文件时,报错为“RROR: Barcode names must contain either '3p' or '5p' suffix!",修改后缀名后依旧报错,不知道您这里有没有可以解决的方案推荐,如果你能百忙之中解惑,感激不尽。刚注册进来,没有金...

文章 wgd syn 报错 KeyError: 6.0

...ine 245, in syntenic_dotplot     x = [genomic_elements[curr_list_x] + x for x in   File "/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib/python3.9/site-packages/wgd/viz.py", line 245, in <listcomp>     x = [genomic_elements[curr_list_x] + x for x in KeyError: 6.0 wgd_cli.py程序...