文章 二倍体杂合基因组组装策略

...ing | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

文章 蛋白质等电点的计算

...电点。采用Bioython中的几个函数进行计算，代码如下： from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis from Bio import SeqIO # 指定蛋白序列的fasta文件 protein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列，计算等电点 for seq_record in SeqIO.parse(protein_fi...

问题 根据课程基因组重测序的脚本，进行片段inner size，片段选择是否异常和测序深度与覆盖度统计均未能生成pdf文件，直接弹出如下对话框和如下命令

 Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:12.0' as the value of the DISPLAY variable.

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下警告，请问老师这是什么原因呀

...ent object: Paired-end read 'A00224:87:H5WHYDSXX:1:2474:9118:3098' aligned to utg9_pilon_pilon_pilon:[3553256,3553424)/+>.24000000 SAM alignment record pairs processed.24100000 SAM alignment record pairs processed.24200000 SAM alignment record pairs processed.Warning: Mate pairing was ambiguous f...

问题 共线性分析做组间时，anchors文件只有以下内容，进行后续筛选和绘图时，报错为“need more values to unpack"，请问是何种状况？mcscanx分析有物种和同源性要求吗？

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...r，是vim普通模式下用于跳转到当前行某一列的一个命令 (To screen column [count] in the current line)，| 表示当前行的第0列 (行首) (2)正常模式下输入命令 $ 跳转光标到当前行的行尾； (3)正常模式下输入vim命令 0nl 或 n| 跳转到当前行...

文章 Evolview：进化树设置标签的背景颜色

...第三列：控制命令 控制命令说明 选项功能adapply color to all descendantsprefix将颜色应用到以第一列的字符起始的所有叶节点上suffix将颜色应用到以第一列的字符结尾的所有叶节点上anywhere将颜色应用到包含第一列的字符的所有叶...

问题 老师好，我在使用SNP2CAPS软件时输入文件后显示Loaded data of 0 marker(s) and sequence(s). 显示没有加载到标记和序列，求解是什么问题呢

问题 老师您好，在基因家族分析中，进行共线性分析绘图时，一直出现一下报错，麻烦老师帮忙解答一下

manager@bl8vbox[yu] /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x15 ph_seqid ph_layout06:27:19 [base] Load file `ph_layout`06:27:19 [base] Load file `PH.bed`06:27:20 [base] Load file `PY.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/minicond...

问题 请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

请问在运行利用exprs()获取表达矩阵  exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

问题 老师，我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取不出来，是一整行不是好几列，是什么情况，您帮我看看这个要怎么弄？

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

...ile `rapa.bed` Traceback (most recent call last):   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code ...

问题 Seurat 直接读取的表达矩阵可以是经过log2plus1和normalizaed to 10,000 counts per cell的矩阵吗？需要转化成raw count吗？

在GEO里下的处理后的表达矩阵，是经过标化和scale的，如图，请问这种矩阵可以直接作为seurat的对象吗

问题 老师从gff文件中用mRNAID_to_geneid.pl提取gene和mRNA之间的对应关系时报错Protocol error是什么原因，脚本没有自己更改，用别人电脑可以，在自己电脑操作就不行。

问题 Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16