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问题 circos绘制基因组共线性图绘图命令运行问题

...   To see where Circos looks for the file, use       circos -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whose   configuration and data are found in example/. From the Circos distribution   directory,       cd example       ../bin/circo...

文章 R 包RIdeogram安装报错

...tools安装 install.packages("devtools")library(devtools)devtools::install_github('TickingClock1992/RIdeogram') 1.2 直接安装 install.packages("RIdeogram") 2. 报错 begin installing package ‘grImport2’begin installing package ‘rsvg’make: *** [Makefile:9: rsvg.ts] Error 1* instal...

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...ft-r 18 \ --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-len-r 0 \ --o-table dada2-table_biom.qza \ --o-representative-sequences dada2-repset-seqs.qza \ --o-denoising-stats denoising-stats.qza echo dada2 end date ### 方法2. 外部导入特征表和代表序列(常用) cd $workdir mkdir import_table c...

文章 perl中的正则表达式

...标量变量,如果没有该变量和=~ !~操作符，则默认为处理$_变量中的内容.         (其中"=~"表示相匹配,在整条语句中读作does,"!~"表示不匹配,在整条语句中读作doesn't)     举例如下：       $str="I lovePerl";         $str=~m/P...

文章 环境因子分析

...因子分析" author: "Omicsgene" date: "2020年11月17日" output: html_document --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?method=get-resource&shareToken=76A1AE2F0EB444EB93D783F84996259D&entryId=444757277...

文章 tar 多线程加速打包速度

... tar多线程压缩解压 tar --use-compress-program=pigz -h -cvpf  Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.tar.gz * 实测，4核的机器，2G文件用了不到1分钟 tar --use-compress-program=pigz -cvpf b.tar.gz ./* top看到系统CPU使用率是390%+ 解包测试： 41G 的文件，4...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

.../gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -p /wtmp2/user049/yushiyan/phenotype/pheno.txt -c /wtmp2/user049/yushiyan/pca/cpca_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 Readi...

文章 R安装units包报错解决方法

...yeschecking for sys/types.h... yeschecking for unistd.h... yeschecking for _Bool... nochecking for stdbool.h that conforms to C99... yeschecking for error_at_line... yeschecking for gcc... gccchecking whether the compiler supports GNU C... yeschecking whether gcc accepts -g... yeschecking for gcc op...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -title Donkey_Hic_genome.20180408.fablastall -i miRNA_Pre.fa -d Donkey_Hic_genome.20180408.fa -p blastn -e 0.01 -b 5 -v 5 -m 8 -o blast.out #Donkey_Hic_genome.20180408.fa 参考基因组...

文章 eQTL结果使用coloc共定位分析

... chr   ps      af      beta           se             p_adj---   -----   -----   ------------   ------------   ------------1     17949   0.107   1.507454e-02   1.530044e-02   3.253326e-011     17956   0.089   3.360965e-02   1.557065e-02   3.171018e-021     17961 ...

问题 你好，打扰了，想请教一下我是mac版R studio，安装WGCNA总报错，不太看得懂哪里出了问题，麻烦指导一下，急，谢谢！

...ckage ‘WGCNA’ 试开URL’https://cran.rstudio.com/src/contrib/WGCNA_1.69.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1168289 bytes (1.1 MB) ================================================== downloaded 1.1 MB * installing *source* package ‘WGCNA’ ... ** 成功将‘WGCNA’...

文章 linux常用技巧

1，备份家目录 #!/bin/bashBACKUP_DIR=/share/nas5/wanghj/dataTIMESTAMP=$(date +%Y%m%d%H%M%S)tar -zcvf $BACKUP_DIR/backup_$TIMESTAMP.tar.gz /home/wanghj 2，监控系统内存，i/o及存储等 #!/bin/bash# Set the threshold valuesDISK_THRESHOLD=90LOAD_THRESHOLD=20MEMORY_THRESHOLD=50IO_THRESHO...

文章 ggbio绘制基因结构图​

...数据： 操作： # 选择展示exon和UTR区grep "AT1G01010" TAIR10_GFF3_genes.gff | awk '$3!~/[gNCDS]+/' | grep -v "protein" > test.gff 之后的数据： 图像绘制 1. 载入R包： library(ggh4x)library(ggplot2)library(ggbio)library(GenomicRanges) 2. 读入数据： #赋...

文章 CGVIEW：微生物基因组和质粒圈图绘制分析软件

... 3）  blast结果文件（demo） 这些列必须得有数据：query_id, %_identity, q_start, q_end,alignment_length, evalue，其他可空。 2.       生成XML文件：perl /share/work/biosoft/CGView/cgview/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl -sequence demo.fa -output contigs.fa...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...因组所有基因的启动子序列。 脚本运行命令： perl gene_promoter.pl -fa Donkey_Hic_genome.20180408.fa -gff Donkey_Hic_genome.20180408.gff3 -out gene_promoter.fa -n 2000 其中 -fa 后跟基因组染色体序列；-gff 后跟基因组gff文件；-n后跟数字，表示要提...