问题 共享文件夹报错mounting failed with the error: Protocol error

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...括:DegreeEdge Percolated componentMaximum neighborhood componentDensity of Maximum Neighborhood ComponentMaximal Clique Centralitysix centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress) 2.插件下载与安装 在cytoscape App Store（链接：Cytoscape App Store）中...

文章 癌细胞的十大特征

在2011年3月出版的Cell杂志上，《Hallmarks of Cancer: The Next Generation》这篇论文总结了癌细胞的10大特征。 1.自给自足生长信号（Self-Sufficiency in Growth Signals） 2.抗生长信号的不敏感（Insensitivity to Antigrowth Signals） 3.抵抗细胞死亡(Res...

文章 circos绘圈图时更改字体

...数。通过更改label_font参数来更改字体。 circos支持 True Type 和 Open Type 字体，这些字体定义在 <font> 块中，在 fonts.conf 文件中。 如果想更改字体，直接label_font=bold。即可将图中字体改为黑体。

问题 挂载共享文件夹失败mounting failed with the error：no such device

问题 老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

... x=Count) ) +   geom_bar(aes(fill = Class),width = 0.6) +  ylab("Number of Gene family") +  xlab("Frequency") +   scale_x_continuous(breaks=1:sampleN)+  scale_fill_manual(values = family_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scal...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...nic - Rochester Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 26 University of Florida Glioblastoma multiforme IGC 27 Milan - Italy, Fondazione IRCCS Instituto Neuroligico C. Besta Glioblastoma multiforme IGC 28 Cedars Sinai Glioblastoma multiforme IGC 29 Duke Ovarian serous cy...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

...因ID，并且在mRNA行添加Parent信息：  awk -F"[\t=]"  'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' PO.gene.gff >PO.gene.gff1  最终结果如下，左边为原始gff文件，...

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复，这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk 'NR&...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何...

文章 TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁

...al  NBC13EBV Immortalized Normal  NEBV14Bone Marrow Normal  NBM15sample type 15  15SH16sample type 16  16SH20Control Analyte  CELLC40Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood  TRB50Cell Lines  CELL60Primary Xenograft Tissue  XP61Cell Line Derived Xenograft Tissue    XCL99sample t...

问题 用linux绘制circos图出现问题

最后绘图输入命令 perl /home/manager/share1/script/circos.pl --chr chr_length.txt --circle link.txt --type link --circle text.txt --type text  --od circose1 但显示出现如下问题 注：bio-linux版本已更新 请求老师帮助指点