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问题 gatk callSNPbcftools call snp更好一些,bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛? 过滤1:gatk VariantFiltration过滤2:vcfutils.pl过滤3:vcftools。

问题 求助大佬,circos图chr.info文件怎么整理?

...错了?还是数目太多?(用的scaffold,MCScanX也是,全部600scaffold放到配置文件就报错,只放基因家族所在200scaffold就能正常运行)

文章 大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

...单看看这篇文章是如何做的。 研究思路 作者选取了944大脑样本进行了分析,其中622样本来自阿兹海默病患者,322样本来自健康捐献者,分别从基因组,转录组,蛋白质组等不同的层面进行了研究。首先发现两组病人间...

问题 大家好,生信小白想请教一问题,当我安转了conda之后,系统自然给我打开了小环境模式,也就是说我可以自己创建不同的小环境以及在不同的环境中安装不同的软件。那么,~/.bashrc配置文件中不同软件的环境配置会出现什么变化吗?因为我发现有了#conda initialize这部分了。第二问题是,当不同小环境的软件无法互相依赖互相调用我又该怎么办呢?

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

Natural-killer/T-cell lymphoma (NKTL)是non-Hodgkin lymphoma的一罕见种类,表现出独特的地理分布,与西方相比,亚洲的患病概率更高。早期发现这种疾病有治愈的可能,但晚期NKTL的预后都不理想。本文介绍作者如何利用外显子测序发现...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读(宫颈癌)

...找到宫颈癌相关的基因芯片数据:GSE63514,其中,包含28宫颈癌样品和24正常样本的基因芯片表达数据,通过差异分析共发现:1907差异基因(944 up, 963 down)。作者利用火山图展示差异基因结果,其中差异最大的top200基...

文章 37门付费精品课程免费送!(此链接微信中打开体验更好

在这科研内卷的年代,你没有好设备,没有好材料,没有充足经费,怎么立足? 毕业、就业、发文、评职称,靠什么来实现?留给你破局的选择不多!! 为此,我们组学大讲堂决定干一票大的!我们将永久免费公开37门优质...

文章 获取MOTIF 位置信息矢量图

...搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具,结果输出一般是有四文件,motif的图形展示文件(LOGO),txt文本,html的网页信息文件及xml格式文件。 html文件主要包含两部分信息:其一是motif的属性信息(见下图),给出了LOGO,点击红...

文章 如何预测同一基因不同转录本对应蛋白的功能域差异

...由于转录后可变剪接的存在,赋予了基因更多的功能,一基因会产生多mRNA,不同mRNA所翻译出来的蛋白功能是有很大差异的,那么了解不同转录本翻译的蛋白各是什么功能是一非常必要的工作,今天我就给大家分享一下如...

文章 Rocky 9.0(Centos 9)服务器安装

...2. 设置一次性USB启动。 3.修改服务器label,最大长度11字符,再多就会报错。 选择第一行,按Tab键修改label。 移动光标,从后往前删到x。 删除后如下图,回车安装: 4.开始安装,装好后设置语言 5.设置root账户密码...

问题 公司的结题报告中,出现一lncRNA有多种外显子情况

老师,您好。最近在做lncRNA分析,看了公司的结题报告,出现一lncRNA转录本对应多种外显子数的情况。 比如lncRNA1,有1外显子,也有5外显子的情况,就很困惑,他到底是有1还是5? 请问,这是为什么呢? 谢谢!

文章 比较好发、版面费又便宜的期刊推荐?

...问题就是:有没有那种好发的期刊推荐?......这真的是一非常要命的问题。。。。首先,没有任何一本期刊的官网标注着——“好发,审稿人傻,速来!”如果有的话,毫无疑问它一定是野鸡期刊。其次,“好发”的标准是...

问题 单细胞测序数据差异分析

#不同类型细胞差异比较: Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"  --ident.2 "B"   --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  这里只能进行两两分析吗?--ident.2后面...

文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...符。4.【Ctrl+Shift+G】查找类、方法和属性的引用。这是一非常实用的快捷键,例如要修改引用某方法的代码,可以通过【Ctrl+Shift+G】快捷键迅速定位所有引用此方法的位置。5.【Ctrl+Shift+O】快速生成import,当从网上拷贝一段...

文章 IT项目管理经验分享, 如何做好IT项目管理

...,没有优先级,是不可能的。底层向上要有淘汰率,才能更好的保证资源被用在具有竞争性的特性上。 4. 项目管理的数字化 这一点比较容易理解,绝大多数项目,都是可以有数字衡量效果的,上线的项目的情况、市场和客...