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问题 老师,Blastall 报错的问题

...这一步报错如图: 具体: manager@bl8vbox[mcsanX] blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast                    [11:41AM] [blastall] WARNING: Unable to open output file mcscan/AT.blast: [blastall] FATAL ERROR: BlastFormattingInfoNew...

问题 想请教一下,conet网络构建的课程,用提供的数据文件分析完全可以,但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式,并把数据形式改成和课程提供数据完全一样,再转化成txt制表符文件格式后输入,选择第二选项(由biom格式转化来的文件),结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入,选择第三选项(biom HDF5格式,还是报错)。这是什么问题呢?

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

...的代码就可以照抄分析,提高分析数据效率,今天是第1数据,后续还有数据慢慢给大家分享: 数据介绍:GSE192575 来自谷歌翻译: 基于顺铂的化疗是不可切除膀胱癌最常见的治疗方法,并且也越来越多地用作手术和放疗之...

文章 环境因子分析

...底我是使用CCA还是RDA呢? DCA分析可判别使用哪方法更好: RDA还是CCA: - 根据看分析结果中Axis Lengths的第一轴的大小 - 如果大于4.0,就应选CCA(基于单峰模型,典范对应分析) - 如果在3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可 - 如果小于3...

文章 O2PLS-DA分析

...Partial Least Square with Discriminant Analysis ) O2PLS 模型用于两数据组间的整合分析,包括系统生物学组学间关联、分子调控机制-表型间关联等各种大数据组的内在联系都可通过此模型进行整合分析。该模型一方面可反映不同数据...

文章 SNP指纹图谱软件SNPT

...最少的SNP数据区分尽量多的样品,也就是指纹图谱DNA fingerprinting。这里介绍一软件可以做这事情: SNPT下载地址:http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt 这软件可以做的分析: Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);Calc...

文章 正则表达式

...向引用,即捕获组行为。     反向引用写法为\1 \2 ...或\g{1} \g{2} ...,相应的数字表示对应顺序的捕获组     例如:    $_="abba";      if (/(.)\1/){ #(.)\1表明会匹配两同样的字符。      print "bb";    }     反向引用不必紧...

文章 转录组必备说明书!

...的结果文件的时候,一定会想:这怎么下手?!如果再配说明书该多好啊! “说明书”应该具备的作用 一份合格的“说明书”应该能够让0基础的同学看懂庞杂的数据结果,知道结果背后的生物学意义,解决“是什么”的问...

文章 不会用管理工具,怎么做项目经理?

...之后,身边的朋友建议我找一些项目管理工具,来帮助我更好地管理手中的项目。 虽然朋友的建议很有道理,但是一旦真正开始寻找,很快我就意识到选择合适的项目管理软件可能与管理项目一样困难。 市面上的项目管理...

文章 heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果

使用参数说明: $ Rscript  heatmap_group_plot.r -husage: heatmap_group_plot.r [-h] -i filepath -m                                                          filepath -g group                                                          ...

文章 GFF3格式说明

GFF3每一行代表一序列元件(以#为开头的注释行除外),每一行有且只有9列(也就是每序列元件有9属性),列与列只能必须使用tab键来分割,如果某序列元件的某属性为空那么必须使用“.”来代替,格式如下: 2L ...

问题 安捷伦双色通道:探针表达值是什么?log2(R/G)还是 log2(G/R)

R是红色的处理组的荧光,G是绿色的对照组的荧光。这里的“对照组”是指健康人的标本吗?R/G的意义是什么,log2(R/G)就是探针表达量吗?下图有两channel 因此是双色通道,经过log2转换过。然而下面出现了log2(G/R),完全...

问题 请问老师,我做油菜的一基因家族,共线性分析没有加倍的基因,发文章会有影响码?

做了四植物,只有一有4基因加倍,其他都没有加倍的。发文章影响吗?

问题 基因家族启动子顺势作用元件预测网站plantcare对昆虫适用嘛?

...析? 此外还想请教一下根据mitof分析结果可以看到在一基因位置基因id:9852 发生了2拷贝,这种情况需要把这基因拆成2吗?9852在基因组注释结果里是1基因,中间没有终止密码子。 或者在命名的时候命名为9852_1, 9852_2?...

文章 大专、本科、研究生......你知道你的学历超过了多少人吗?

...9008万), 全国博士仅有80万(1978年至2017年之和), 这比例仅仅只有万分之五点七即5.7‱! 将一万人扔到操场上,正好可以站满标准操场, 但满场人头中找出的博士却只够站五人颁奖台, 而我站在操场的人群中,甚...